Начавшееся с XVII в. в Богоявленском монастыре в значительных масштабах каменное строительство велось главным образом на пожертвования бояр Салтыковых (которые устроили в нем фамильный некрополь), матери царя Михаила Федоровича Романова – инокини Марфы (Ксения Ивановна Шестова, умерла в 1631 г.), а также отца этого царя – патриарха Филарета (Федор Никитич Романов, 1554–1633 гг.) и многих других россиян.
Очень многое было сделано в этом монастыре при игумене Герасиме. В 1642–1672 гг. были построены новые монастырские каменные здания; вместо деревянной была построена (1642–1648) каменная монастырская стена высотой в 7 м; она имела 6 башен. На стене юго-западной башни в 1672 г. была написана Смоленская икона Божией Матери (она сохранилась даже после очень сильного пожара 1773 г., после чего началось ее особое почитание). Здесь сначала выстроили деревянную часовню, а в 1824–1825 гг. на средства костромского гражданина Ф.М. Обрядчикова архимандрит Макарий (Глухарев, канонизирован) построил небольшую церковь, которую в народе называли «Смоленская часовня». В 1814 г. в монастыре открыли Духовную семинарию, одним из ее ректоров был уже упоминавшийся выше архимандрит Макарий, который оставил о себе добрую память не только за дела в этом монастыре, но и как православный просветитель Алтая (см. текст о нем далее). В этой духовной семинарии учились 500–600 семинаристов, а монахов в монастыре осталось всего около десятка. Ведь в конце ХVIII – первой половине ХIХ вв. Богоявленский монастырь пребывал в упадке, сократилось число братии, многие здания пустовали. С 1779 г. в пустовавшие монастырские здания поместили все присутственные места города, они здесь размещались до 1809 г. В 1847 г. сильный пожар превратил монастырь в пепелище и развалины (этот пожар истребил чуть ли не половину строений Костромы). После этого пожара Богоявленский монастырь был закрыт. Затем целые 16 лет городские власти продавали кирпич из монастырских развалин, а щебень отдавали бесплатно для мощения улиц. Тогда были разобраны Сретенская и Трехсвятительская церкви, паперти Богоявленского собора, звонница, часть ограды, почти все жилые и хозяйственные постройки, часть стен. К 1864 г. монастырь окончательно перестал существовать.
Игуменья Мария (Давыдова) развивала со второй половины XIX в. (см. с. 199) монастырский комплекс, помня о его трех исторических корнях – монастырях Богоявленском, Крестовоздвиженском, Анастасиином. Монастырь стали называть Богоявленским Анастасииным. Был расширен Богоявленский собор, к нему сделали 3 пристройки, а сам древний собор был превращен в алтарь. Была устроена каменная галерея, соединившая собор со Святыми вратами под колокольней. Обновленный собор освятили в 1869 г. Еще раньше, в 1867 г., была устроена церковь святого великомученика Никиты и преподобного Сергия Радонежского. Возрожден был Никольский храм. Были проведены работы по развитию и украшению Смоленской церкви. С конца XVIII–XIX вв. сильно усилилось почитание написанной на штукатурке и обрамленной деревянным киотом Костромской Смоленской иконы Божией Матери в юго-западной башне монастырской ограды в часовенном храме во имя Смоленской иконы Божией Матери; этот образ не был утрачен даже после пожаров 1773, 1779, 1847, 1887 гг. Костромскую Смоленскую икону стали почитать как чудотворную. Как уже отмечалось, в 1824 г. на средства костромича Ф.М. Обрядчикова построили небольшую каменную Смоленскую церковь, или Смоленскую часовню. После пожара 1847 г. Смоленская церковь была возобновлена на средства костромича П.В. Голубкова; эту церковь перестроили в 1892 г.
Несколько монахинь Богоявленского Анастасиина монастыря основали в 1891 г. в Эстонии Пюхтинский монастырь, ставший центром распространения православия на Эстонской земле и центром православного социального служения (при эстонском монастыре действовали бесплатная лечебница, аптека, приют для девочек-сирот).
Игуменья Мария сделала чрезвычайно многое для развития и упрочения авторитета Богоявленского Анастасиина монастыря. Ее последние силы ушли на восстановление монастыря после пожара 1887 г., она смогла завершить ремонтно-восстановительные работы, но вскоре умерла (1889).
В царский период Богоявленский Анастасиин монастырь славился как мощный религиозный центр и действенный центр социального служения. Особенно славились находившиеся в его ведении 4 лечебницы, содержавшиеся на его монастырские средства, и помощь Красному Кресту.
Крестовоздвиженский монастырь, основанный в конце XIV в., первоначально был мужским, потом он стал женским (с 1764 г.). В ведение женского Крестовоздвиженского монастыря был передан упраздненный после пожара (1847) Богоявленский монастырь.
Анастасиин женский монастырь был основан в первой половине XVI в. первой и любимой женой царя Ивана Грозного Анастасией Романовной. Но ряд исследователей считают, что этот монастырь был основан в 1400 г. дочерью московского князя Дмитрия Донского Анастасией. Название монастырь получил в честь святой преподобномученицы Анастасии Римляныне. Анастасиин монастырь в 1764 г. был упразднен, его инокинь перевели в Крестовоздвиженский монастырь, ставший с тех пор женским. Вскоре исторический Анастасиин монастырь сгорел. Но в 1774 г. он был восстановлен на прежнем месте, куда и вернулись его инокини; с этого времени монастырь стал называться Анастасииным Крестовоздвиженским. В 1863 г. игуменья этого монастыря Мария (Давыдова) подала прошение о передаче ее монастырю бывшего Богоявленского монастыря с условием его восстановления. В 1863–1864 гг. Анастасиин Крестовоздвиженский монастырь был переведен на место упраздненного Богоявленского монастыря.
Была восстановлена местами почти полностью разрушенная монастырская стена, ее западная башня над Святыми вратами была перестроена в звонницу. В 1871 г. к уцелевшему остатку стены с древним изображением лика святого Николая Чудотворца была пристроена деревянная часовня, замененная в 1892 г. каменной.
Были возведены 3 жилых корпуса для сестер и настоятельский корпус, а также двухэтажный, с подвалом – Трапезный корпус. Позже к западной стене Смоленской церкви пристроили 2 корпуса – казначейский и больничный. Вели ремонт старых зданий и построили новые в Анастасиино-Крестовоздвиженском монастыре на территории Костромского кремля. Этот монастырь игуменья Мария предназначала для учебно-благотворительных целей. Игуменья Мария устроила в монастыре училище для бедных девочек и девушек, из которых готовили сельских учительниц, в 1873 г. открыла первую в России лечебницу для селян (народа), а на фельдшерских курсах стали готовить еще и сестер милосердия. Во время Русско-турецкой войны в монастыре работал лазарет, который возобновили в 1914 г., в период Первой мировой войны. В монастыре были со временем созданы разные мастерские, особенно славились золотошвейная и живописная мастерские.
В царский период каждый год тысячи богомольцев-паломников приходили в Богоявленско-Анастасиин женский монастырь, в том числе и члены царского дома Романовых. Например, в 1619 г. здесь молился молодой царь Михаил Федорович, также побывали в этом монастыре императоры Александр III и Николай II (канонизирован). Дважды посетил этот монастырь отец Иоанн Кронштадтский (канонизирован).
Богоявленский Анастасиин монастырь закрыли в 1919 г., его ценности были конфискованы представителями советской власти. По сути, обитель была разорена, обворована. Но в Богоявленском соборе службы еще продолжались. В соборе с 1918 по 1922 г. служил протодиаконом Василий Разумов, которого расстреляли в 1937 г., со временем он был канонизирован. Богоявленский собор закрыли в 1925 г., к 1936 г. разрушили Никольскую церковь, стены и башни монастыря (к 1928 г.), засыпали пруд, уничтожили монастырское кладбище. В закрытых Богоявленском соборе, Смоленской церкви, звоннице разместили Костромской государственный архив, который размещался в них до пожара 1982 г. Тогда погибли дивные соборные фрески.