В январе – феврале 1943 года немцы при поддержке хорватов и итальянцев провели операцию «Вайс I». Ее целью было уничтожить партизан в гористых районах к западу и северо-западу от Сараево, отбросив их к реке Неретва под удары итальянцев и четников. Немецкие войска, использовавшиеся в операции «Вайсс», включали 7-ю горную дивизию СС и 717-ю пехотную дивизию, недавно прибывшую 369-ю пехотную дивизию, и один полк 187-й пехотной дивизии. Итальянские войска состояли из V корпуса итальянской 2-й армии. Им помогали еще две хорватские дивизии. В ходе тяжелых боев на первом этапе операции немцы и их союзники нанесли партизанам потери в размере более 8500 человек, взяв 2010 в плен. Немецкие потери насчитывали 335 человек убитыми и 101 пропавшими без вести, хорватские потери были в той же пропорции. У державшихся пассивно итальянцев потери были значительно ниже. В то же время во время прорыва через итальянские линии партизаны 17 февраля 1943 года в Прозоре, у реки Рамы, пленили батальон итальянцев. Затем все пленные были расстреляны, кроме шоферов, которые должны были везти боеприпасы и раненых. Тела убитых были сброшены в Раму.
В конце февраля – первой половине марта 1943 года прошла операция «Вайс II». Она не принесла большого успеха из-за неудачных действий итальянцев, на которых на этом этапе пришлась основная тяжесть боев. Основной массе партизан, в том числе и Тито со своим штабом, удалось прорваться через позиции итальянцев и четников и скрыться на юге и юго-востоке в труднодоступных горных районах Герцеговины, Черногории и восточной Боснии. Единственным стратегически важным результатом операции стало обеспечение безопасности бокситовых рудников в Далмации. Кроме того, немцев в тот момент устраивало, что Тито нанес значительные потери четникам, которых опекали итальянцы и которых особо опасались немцы в случае союзной высадки на Балканах. Делегаты Тито в Горни-Вакуфе 11 марта 1943 года подписали соглашение с германскими представителями насчет совместной борьбы против западных союзников, в случае их высадки на Балканы, и четников. Для немцев это соглашение было лишь дипломатическим прикрытием следующей операции под кодовым названием «Шварц». Для Тито это тоже было дипломатической игрой с целью выиграть время и ослабить давление со стороны немецких войск. Воевать он собирался только с четниками, но отнюдь не с англо-американскими войсками.
В мае – июне 1943 года немецкие войска в Хорватии и Боснии провели операцию «Шварц», одной из целей которой было разоружение многочисленных отрядов четников, которым ранее итальянское командование поставляло оружие, рассматривая как противовес не только партизанам Тито, но и хорватам. Немецкое командование опасалось, что в случае высадки союзников на Балканах четники будут действовать заодно с американскими и британскими войсками. Под немецким давлением Муссолини незадолго до того, как был свергнут, распорядился прекратить помощь четникам. В качестве подкрепления немецкие войска получили 1-ю горную дивизию, прибывшую с Восточного фронта, а также боевую группу 104-й легкой дивизии из Сербии. Немецкое нападение оказалось для четников полной неожиданностью. Они понесли большие потери. Немцы взяли в плен командира четников в Черногории майора Джурисича вместе с 4 тыс. его бойцов, вынудив Михайловича бежать назад в Сербию с остатками своих войск. Вслед за этим 120-тысячная группировка немецких, итальянских, хорватских и болгарских войск нанесла поражение 20-тысячной армии Тито в сражении на берегах реки Сутьеска, в котором сам Тито был ранен в руку осколком бомбы. В этом сражении пленных не брали, а партизанам так и не удалось спасти своих раненых. Отступать титоистам пришлось под непрерывными бомбежками и артобстрелами. Партизаны потеряли убитыми более 7 тыс. человек.
20 июня 1943 года командующий немецкими войсками в Хорватии ген. Р. Лютерс доложил в ОКВ, что партизаны Тито «отлично организованы, имеют искусное руководство, чрезвычайно подвижны, активны в обороне и обладают высоким боевым духом, вызывающим изумление». А главнокомандующий Юго-Востока генерал-полковник люфтваффе Александр Лер так охарактеризовал бои на Сутьеске: «Сражение оказалось чрезвычайно тяжелым… Яростное наступление партизан на участке 2-го батальона 369-й дивизии (хорватской) привело к прорыву линии фронта у Йеласки и Мильевины. Силам противника удалось отступить через этот прорыв и скрыться в горах в северном направлении. Немецкие войска были слишком измотаны, чтобы помешать им, кроме того, у нас не было резервов». Тем не менее у Тито под непосредственным командованием осталось не более 10 тыс. человек, с учетом присоединившегося к партизанам отряда усташей под командованием Сулеймана Филипповича.
23 июня 1943 года Тито начал свой «долгий марш» из Черногории обратно в Боснию и Герцеговину. В начале августа партизаны оказались в Западной Боснии, откуда итальянцы только что отвели свои войска к побережью, поскольку после свержения Муссолини началась их эвакуация с Балкан. Армия Тито легко справилась со слабыми хорватскими отрядами. Далее путь лежал в Бихач. По пути титоисты сожгли несколько сербских сел, поддерживавших Михайловича, и казнили три сотни четников. В 1972 году Тито признавался: «Освободительная борьба была настоящей гражданской войной, но мы в то время не признавали ее таковой, потому что это могло нанести вред нашему делу».
После свержения Муссолини немцы начали готовиться к возможной капитуляции Италии и стали постепенно заменять итальянские гарнизоны на Балканах немецкими. Зачастую итальянцы оставляли территорию еще до прихода немцев, и немецким войскам приходилось очищать ее от партизан. Немцы рассчитывали, что часть оккупационных зон Италии в Югославии и Греции возьмет на себя Болгария, но царь Борис отказался перебросить войска с турецкой границы. Как отмечают Ланц и Гейссер, «сильно волнуясь из-за возможности вступления Турции в войну на стороне Союзников, болгары не использовали свои основные боевые силы, посылая для службы в гарнизонах в болгарской зоне в Греции и Югославии второразрядные дивизии и более старых резервистов». Наблюдалось также значительное падение боеспособности хорватской армии и полиции, из которой росло дезертирство. Более или менее боеспособными оставались только две дивизии хорватских легионеров, подготовленных немцами. Их первоначально собирались отправить на Восточный фронт, но затем бросили против югославских партизан.
К концу июня 1943 года из Франции, где она была на переформировании после использования на северном и центральном участке Русского фронта, прибыла 1-я танковая дивизия. Под начало вновь сформированного штаба LXVIII корпуса, который был резервом группы армий и получил задачу по защите Пелопоннеса, попали 1-я танковая и 117-я легкая дивизии. Две другие дивизии находились на стадии формирования – 100-я легкая дивизия в Хорватии и 297-я пехотная дивизия в Сербии. Болгары увеличили численность своих оккупационных войск до семи дивизий. К концу июня в распоряжении немцев были 3 болгарские, одна итальянская и 12 своих дивизий, разбросанных по тем районам Балкан, которые находились под номинальным немецким контролем. В их распоряжении также было несколько отдельных полков и охранных батальонов, Русский охранный корпус и некоторое количество батальонов береговой обороны и вспомогательных частей. Сербские и хорватские коллаборационистские формирования предполагалось использовать только для решения вспомогательных задач. После поражения в Северной Африке, высадки союзников в Сицилии и свержения Муссолини их надежность внушала законные сомнения.