Когда удалось обнаружить новую ставку Тито в южнохорватской деревне Дрвар, во второй половине мая 1944 года, по этому населенному пункту был нанесен концентрический удар, начавшийся с выброски батальона стрелков-парашютистов на его восточной окраине. Тито с большим трудом спасся от плена бегством в горы, граничащие с деревней Дрвар и покрытые большими лесными массивами. Затем он покинул Хорватию и до начала эвакуации немецких войск с Балкан находился на оккупированном англичанами острове Вис».
В ходе карательных операций в Югославии в последние месяцы 1943 года немцы взяли в плен 12 тыс. партизан. В конце года они расстреляли 220 пленных партизан, захваченных на острове Корчула в Далмации, в отместку за казнь бойцами Тито 27 пленных немецких солдат и офицеров в районе города Мостар, причем один из офицеров был кавалером Рыцарского креста.
С конца 1943 года снабжение четников со стороны англичан почти полностью прекратилось, а британские офицеры связи от них были отозваны. Поток грузов, прежде направлявшийся четникам, был переадресован партизанам Тито. Как отмечали Ланц и Гейссер, «не было сомнений в лояльности самого Михайловича королевскому правительству Югославии в изгнании. Однако было много ясных свидетельств того, что ряд его подчиненных заключал соглашения о перемирии с оккупантами и даже иногда помогал им. Будучи уверенным, что немцы и их союзники рано или поздно покинут Балканы, Михайлович считал партизан, находившихся под опекой Москвы, более серьезным препятствием для реставрации прежнего правительства».
Британский военный представитель при Тито генерал Фитцрой Маклин 6 ноября 1943 года сообщил в Лондон, что партизанская армия Тито насчитывает 220 тыс. человек, из которых 50 тыс. находится в Боснии, 15 тыс. – в Санджаке, 50 тыс. – в Хорватии, 10 тыс. – в Славонии, 50 тыс. – в Словении и Истрии, 25 тыс. – в Далмации, 10 тыс. – в Воеводине и 30 тыс. – в Сербии и Македонии. Они сковывали 14 дивизий вермахта, как полагал британский офицер. На самом деле, конечно же, все эти дивизии не действовали в одно и то же время против партизан, также находясь в готовности отразить ожидавшуюся высадку союзников. Однако бывали периоды, когда партизан было одновременно брошено до пяти немецких дивизий.
Маклин полагал, что предпочтительнее делать ставку на людей Тито, а не на четников, поскольку пока партизаны воюют с немцами, четники либо выступают на стороне немцев, либо вообще ничего не делают. Как раз в это время с помощью дешифровальной системы «Ультра» («Энигма») англичане перехватили немецкое донесение о том, что за последние недели потери армии Тито составили 6 тыс. убитыми, а четников – всего лишь 15 человек. Маклин также утверждал, что титоисты поддерживают образцовый порядок в контролируемых ими областях, обеспечивают свободу вероисповедания и неприкосновенность частной собственности, а сам Тито вынашивает планы по созданию Югославской федерации, чтобы решить столь болезненный для страны национальный вопрос. И союзники совсем перестали оказывать помощь Михайловичу, целиком переориентировавшись на Тито.
29 ноября 1943 года в занятом партизанами боснийском городе Яйце Антифашистское вече народов освобожденной Югославии провозгласили создание Югославской Федерации. Но это событие на первых порах не отразилось на деятельности партизанской армии. Даже наоборот, партизаны в последующие месяцы подверглись наиболее сильным ударам.
В конце мая 1944 года вермахтом была проведена операция «Ход конем», главной целью которой было уничтожение или захват штаба Тито. Вот как эта операция описана в труде Ланца и Гейссера: «В ходе нее планировалось использовать части 1-й горной дивизии, части дивизии “Бранденбург”, 202-й танковый батальон, 92-й моторизованный пехотный полк (отдельный), парашютно-десантный батальон СС и ряд хорватских частей.
25 мая парашютный десант и части на планерах были высажены у штаба Тито в Дваре, в то же время танковые и пехотные части вышли из Бихача, Банья Луки и Ливно. Хотя самому Тито удалось спастись, был захвачен штаб партизан и обширная система связи. 1-я и 6-я партизанские дивизии были сильно потрепаны в боях, потеряв всего около 6000 человек, также были захвачены огромные трофеи. Хотя это был и не смертельный удар, операция достигла своей цели, поскольку цепочка командования партизанами была временно разгромлена до тех пор, пока Тито не обосновался на острове Вис под британской защитой, а тяжелые людские и материальные потери заставили повстанцев прекратить операции в этом районе для реорганизации и перегруппировки. Но удовлетворение немцев от результатов операции было несколько испорчено потерями, которые понесли нападавшие, когда они были неожиданно атакованы американской и британской авиацией при зачистке района Дрвара».
В ходе операции на боснийский город Дрвар и пещеру близ города, где размещался штаб партизан, были сброшены авиабомбы, а следом приземлилась тысяча парашютистов, высаженных как на парашютах, так и на планерах. Одновременно к Дрвару подошли части трех немецких дивизий и хорватский полк. Немцы захватили то, что осталось от Дрвара после бомбежек, но сам Тито, члены советской и англо-американской военных миссий, офицеры Верховного штаба Народно-освободительной армии Югославии (НОАЮ) и члены Политбюро ЦК компартии ушли – по пещерным ходам, канатным спускам и горным тропам. Через несколько дней всех их самолетом вывезли в Бари, а затем английские корабли доставили их на остров Вис, откуда Тито продолжил руководить партизанами. Но лишь осенью 1944 года с уходом немцев из Сербии и Греции он смог вернуться на полуостров и вновь установить контроль над партизанскими отрядами по всей стране.
В августе ряд операций немецких войск в Югославии был направлен на то, чтобы освободить пути отхода из Греции. Показательно, что с середины 1944 года немецкие командиры в приказах начали называть части партизан бригадами, дивизиями и корпусами. На совещании 21 сентября фельдмаршал фон Вайхс выразил свое мнение о том, что размеры, вооружение, организация и операции частей партизан оправдывают тот факт, что немцы рассматривают их не менее серьезно, чем регулярные вооруженные силы противников Германии. Тогда же вместо прежнего термина «бандиты» стало употребляться нейтральное «партизаны».
В сентябре 1944 года после обращения со стороны премьер-министра Недича Сербская государственная гвардия и охранные части получили дополнительные боеприпасы. Однако, как пишут Ланц и Гейссер, «было очевидно, что уже слишком поздно укреплять как сербских коллаборантов, так и деморализованных хорватских усташей. Четники, которым грозило полное уничтожение в руках партизан, оказывали кое-какие услуги в качестве охранных частей, но не было никакой уверенности в том, что они не будут нападать на небольшие немецкие части при такой возможности». В тот момент немецкие части в Сербии, Македонии и Черногории были сконцентрированы в крупных населенных пунктах и заняли там круговую оборону, эвакуировав предварительно весь женский персонал. Все боеспособные части из тыловых гарнизонов были переброшены в район Скопье. Тысячи четников, усташей и бойцов гвардии Недича присоединились к отступающим немцам. Фактически после падения Белграда 20 октября 1944 года, который вместе с войсками 3-го Украинского фронта брал и I партизанский корпус Тито, партизанская война завершилась. После войны англичане выдали Тито 26 тыс. югославских эмигрантов – четников, усташей и бойцов других антикоммунистических формирований. Большинство их было казнено. Были уничтожены также десятки тысяч четников и солдат хорватской армии, захваченных в плен в самой Югославии.