После основания Сургута началось активное продвижение русских отрядов и промышленников в районы Средней и Верхней Оби. Он стал опорным пунктом в Приобье для борьбы с союзом родственных ненцам селькупских племен, известным как «Пегая орда» (русские называли в те времена селькупов остяками, видимо из-за сходства материальной культуры и рода занятий). Возглавлял этот союз «князь» Воня, глава селькупской знати, связанной с Кучумом. В 1596 г. Кучум специально подошел к территории Пегой орды, чтобы совместно совершить нападение на Сургутский уезд. Именно для предотвращения возможного союза Вони с Кучумом в 1595 г. в центре территории Пегой орды был поставлен Нарымский острог и весь этот район присоединили к русским владениям. Из него промышленники и казаки продолжили продвижение вверх по реке в поисках новых «угодных» мест и «ясашных землиц».
Теперь страдавшие от набегов татар Кучума племена Средней и Верхней Оби убедились в силе Русского государства и надеялись получить от него защиту от набегов беспокойных южных соседей. Поэтому на Средней Оби русские обычно не встречали сопротивления и русская власть распространилась почти до р. Томи. Покорность новой власти и согласие на выплату ясака проявило все население по р. Кети, впадающей в Обь справа, приблизительно в 100 км выше Нарыма. В 1596 г. в нижнем течении Кети воевода Молчанов поставил Кетский острог.
Желание принять русское подданство изъявили чатские мурзы, барабинские и теренинские татары. С просьбой о строительстве в его землях русского острога, «чтоб от киргизских людей (имелись в виду воины казахских и калмыкских ханов. — М.Ц.) их оборонить», обратился приехавший в Москву князец эуштинских (томских) татар Тоян. В свою очередь он обещал оказать русским представителям содействие в подчинении окрестных племен.
Панорама Томска. С гравюры XVIII в.
В 1604 г. отряд, состоявший из русских тобольских и тюменских служилых людей, пелымских стрельцов, тобольских татар и кодских хантов под начальством воевод Г. И. Писемского и В. Ф. Тыркова поднялся из Сургута по Оби и на р. Томи в 65 км от ее устья поставил Томский острог, ставший важнейшей опорной базой для освоения Средней Оби (2, с.16). Местом для сооружения острога был выбран высокий мыс горы на правом берегу р. Томи у впадения в нее р. Ушайки против Тоянова поселения, расположенного на левом берегу Томи. Вскоре вслед за ратными людьми в Томском городке, как и в других сибирских городках, появились русские крестьяне и ремесленники. В начале XVII в. Томский городок был самым восточным городком Московской Руси.
В бассейне Верхней Томи, по рекам Кондома и Мрас-Су, жили оседлые шорцы, по происхождению и культуре близкие северным алтайцам. Русские назвали их кузнецами, так как в этом районе имелись богатые месторождения железных руд, а шорцы умели выплавлять железо и изготавливать из него доспехи, котлы, холодное оружие (стрелы, ножи и др.).
В этом краю русские казаки и промышленники открыли Салаирский кряж и Кузнецкий Алатау и вышли к западным склонам Абаканского хребта. Таким образом русские в этом крае попали в первую горную страну за Уралом, достигнув юго-восточной границы Западно-Сибирской равнины.
В 1607 и 1609 гг. несколько томских казаков посылались к «кузнецким татарам» для выяснения возможности сбора там ясака. Разведчики возвратились с самыми неутешительными известиями: «Живут в крепостях великих, и болота обошли и зыбели великие и ржавцы; а зимой живут снеги великие, и воевать их, кроме лета, из жары, неможно» (18, с.260).
Тем не менее зимой 1609–1610 гг. отряд атамана Ивана Павлова из 40 казаков отправился к «кузнецким татарам», но вынужден был возвратиться, не добившись успеха. Правда, летом 1610 г. атаман основал близ устья р. Кондомы Абинский городок (ныне г. Абагур).
На покорение «кузнецов» в конце 1615 г. отправился отряд из 200 казаков под командой атамана Бажена Константинова и сотника Ивана Пущина. Отряд, разделившись на несколько групп, поднялся в долины рек Мрас-Су и Кондомы. Казаки захватили несколько улусов, взяли там заложников и силой начали собирать ясак. На помощь местным жителям прибыло пятитысячное войско «татар» и окружило казаков, которые, просидев 2,5 месяца в тяжелой осаде, сумели все же вырваться с большими потерями и возвратиться в Томск.
Для укрепления русской власти в долине Томи в мае 1617 г. в устье Кондомы на земле «кузнецких татар»— кыштымов, чьи князцы были настроены явно антирусски, был основан Кузнецкий острог (теперь г. Новокузнецк), что значительно укрепило положение новых властей в Горной Шории. В то же время в бассейне р. Чулым, правого притока Оби, были поставлены небольшие острожки — Мелесский и Ачинский. Казаки и стрельцы этих острожков оберегали местных жителей от вторжения киргизских князьков и монгольских ханов.
Лишь в 1625 г. кузнецкие казаки сумели выйти на верховья Томи. В 1624–1625 гг. они перевалили Салаирский кряж из долины р. Кондомы на запад, добрались до долины р. Чумыша и, пройдя по течению реки, взяли ясак у местного населения.
В 1625 г. из бассейна Кондомы казаки прошли к югу и собрали ясак с жителей бассейна Нижней и Средней Бии, правой составляющей р. Обь. А покорение шорцев завершилось через два года, когда первый ясак был взят у жителей «Киченской землицы», то есть в верховьях рек Мрас-Су и Кондомы.
Зимой 1627 г. отряд атамана Петра Дорофеева на лыжах прошел на р. Кондому, а оттуда — на левобережье Бии и объясачил тубаларов (тюркоязычная народность, относимая теперь к северным алтайцам).
Вероятно, к началу 30-х гг. казаки узнали от алтайских племен об истоках Бии, вытекающей из Телецкого озера. Сын боярский Федор Пущин весной 1632 г. отплыл из Томска на больших лодках с отрядом служилых людей с задачей объясачить жителей долины Верхней Бии. Отряд спустился до устья Томи и поплыл вверх по Оби. В начале сентября, проплыв более 500 км по реке, Пущин достиг устья р. Чумыша. Там его не пропустили далее вооруженные «татары». После пятидневного сражения казаки отступили, и отряд возвратился в Томск.
Исток Бии открыл боярский сын Петр Собанский. С отрядом казаков он вышел из Томска и прошел на Бию, затем проследил ее до истока, то есть открыл Телецкое озеро. Зимой 1642 г. П. Собанский вторично побывал на озере и поставил на его северном берегу укрепление. Во время зимовки в нем казаки построили лодки и обследовали южную сторону этого горного озера, лежащего в крутых скалистых берегах.
Из расспросов местных жителей они выяснили, что с юга в озеро впадает р. Чулымшан, и собрали ясак с жителей ее долины. После окончания на Бие ледохода Собанский вернулся по Бие и Оби в Томск. Следовательно, после его похода русским стало известно все течение Оби (3650 км). Через год в бассейн Бии вышел большой отряд казаков, собравший ясак с местных жителей «новых захребетных земель» в междуречье Бии и Катуни (18, с.260, 261).
Очень сложно проходило присоединение к России южных районов Западной Сибири. Дело в том, что в середине 30-х гг. XVII в. в Западной Монголии образовалось Джунгарское ханство, претендовавшее на право сбора ясака с енисейских киргизов, тувинцев, чулымских тюрков, северных алтайцев, барабинцев и других жителей этого региона. Так что в южных уездах Западной Сибири (Тарском, Томском, Кузнецком и др.) местные племена много лет платили ясак в русскую казну и одновременно с них взимали дань сборщики джунгарских ханов.