Софийский собор в Тобольске
Затем русские отряды двинулись вверх по Иртышу. Воеводе князю Андрею Васильевичу Елецкому был дан наказ: «Идти города ставить вверх Иртыша, на Тару-реку, где бы государю было впредь прибыльнее, чтобы пашню завести, и Кучума-царя истеснить» (18, с. 255). Его отряд из 1500 бойцов состоял из русских стрельцов и казаков, пленной «литвы», 400 поволжских татар и башкир из Уфы, Казани и Свияжска и 550 сибирских татар, из них 300 под командой татарских командиров.
Зимой 1594–1595 гг. была закончена постройка Тарского острога в устье р. Тары, правого притока Иртыша. Затем Елецкий трижды посылал на юго-восток смешанные русско-татарские отряды на поиски Кучума. Сперва отряд из 90 воинов под командой Григория Ясыря прошел вверх по Иртышу примерно 100 км и собрал сведения о р. Оми, выше устья которой в «Черном городке» на берегу Иртыша была ставка Кучума.
Затем отряд из 276 бойцов под командой «письменного головы» Бориса Доможирова поднялся по Иртышу до «Черного городка» и захватил его. Отряд Кучума поспешно бежал. Ранней весной 1596 г. Доможиров с отрядом из 483 бойцов на лыжах вышел в Барабинский поход и покорил районы долин Тары и Оми, прошел до их верховьев и вышел в Барабинскую степь. Из-за оттепели он вынужден был повернуть в обратный путь. За время всех этих походов не было потеряно ни одного человека. В свою очередь, при столкновениях с русскими Кучум терял десятки, а то и сотни своих воинов, но хан не сдавался и не вступал в мирные переговоры, несмотря на то, что добровольно явилась в Тару мать царевича Маметкула, сдались некоторые другие родственники хана и влиятельные мурзы из его двора.
Московские власти все время запрашивали тарских воевод о месте пребывания Кучума и о его замыслах. 9 мая 1598 г. помощник тарского воеводы Андрей Воейков с отрядом в 400 бойцов — русских служилых людей (казаки, стрельцы) и служилых татар — вышел в очередной поход против Кучума. При воеводе находился казачий голова Черкас Александров. Захваченные им «языки» сообщили, что хан кочует на Черных водах и при нем 500 татарских воинов и 50 бухарскиих торговых людей. Пленные подтвердили, что Кучум откочевал на Обь и собирает бойцов, чтобы напасть на Тарский городок. А тут еще до русских воевод дошли сообщения о сосредоточении воинов-калмыков в двух днях пути от кочевий Кучума.
Воейков днем и ночью шел к ставке Кучума и 20 августа настиг его на Верхней Оби немного выше устья Берди, более чем в 500 км к юго-востоку от Тары. В бою погибли свыше 170 татар, 100 утонули в Оби и 50 пленных были повешены. Воейков пощадил попавших в плен 5 младших сыновей Кучума, 8 его жен из гарема и 13 дочерей, а также 5 высших чиновников. Но сам Кучум опять ушел. Воейков доносил в Москву: «Плавал я на плотах по Оби и за Обью рекою, по лесам искал Кучума и нигде не нашел» (12, с.630).
Историки полагают, что Кучум с небольшим числом слуг бежал к калмыкам в район озера Зайсан и кочевал там некоторое время в степях. Так точно и не известно, где погиб Кучум. Видимо, верно сообщение, приписываемое одному из его сыновей, что отца бухарцы заманили к калмыкам и там убили. Гибель Кучума ознаменовала прекращение существования Сибирского ханства. Западная Сибирь навеки стала неотьемлемой частью Московской Руси.
В 1593 г. специально сформированный в северорусских уездах и Приуралье отряд был послан Москвой против сильного Пелымского княжества, во главе которого стоял князек Аплыгерым — активный союзник Кучума и противник русских. Русский отряд, выступивший из Чердыни во главе с воеводами Н. В. Траханиотовым и П. И. Горчаковым, состоял из служилых людей, собранных в северных уездах Руси, строгановских ратных людей и отряда приуральских манси. Строгановы еще в 1592 г. получили царский наказ для похода поставить 100 человек в полном вооружении «с рушницами и с луки, с кремни и с рогатинами, и со всяким ратным боем», чтобы направить их в Сибирь на судах с воеводою Никифором Траханиотовым. Кроме того, Строгановых обязали выделить 50 человек «с пищалми конных» «в войну на Пелымского» (6, с.103).
Сопротивление Аплыгерыма было сломлено, и подвластная ему территория вошла в состав Московской Руси. Попали в плен и были отправлены в Москву младший сын князька Таутай и его внук Учет.
Летом 1593 г. воины русского отряда начали строительство на берегу р. Тавды около устья Пелыма укрепления — Пелымского городка, который должен был прикрывать путь между Лозьвинским городком и Тобольском. После окончания строительства городка П. И. Горчаков с частью отряда остался в нем в качестве гарнизона, другая часть отряда с Н. В. Траханиотовым убыла в Тобольск. В составе первых жителей Пелыма кроме стрельцов и казаков были и присланные из Каргополя, Перми и Вятки крестьяне. Царский наказ Горчакову предписывал устроить под новым сибирским городком крестьянскую слободу, выделив переведенным крестьянам места под дворы и наделы под пашню. Наделы под пашню получали и оставленные на жительство в Пелыме стрельцы и казаки. Такая же политика проводилась властями и в других создаваемых русских сибирских городках.
К концу XVI в. русские укрепленные городки появились на всей Нижней Оби. Прибывший с Н. В. Траханиотовым из Пелыма в Тобольск отряд был пополнен тобольскими служилыми людьми и летом 1593 г. направился на стругах вниз по Иртышу и Оби для основания в Югорской земле русского укрепленного городка. Местом для нового городка Траханиотов выбрал левый берег Северной Сосьвы, примерно в 20 км от места ее впадения в Обь (у 64° с. ш.).
Там проходил древний путь из Руси в Приобье, который назывался Зырянской дорогой, или Русским тесом. Он начинался с Печоры и ее притоков и шел через «Камень» к югорскому городку Ляпин на р. Сыгве и далее по Северной Сосьве на Обь. Рядом находилось заброшенное югорское укрепление под названием Березовый город. Так что новый русский городок был назван Березовским острогом (17, с.34).
Зимой 1594 г. из Березова отряд «письменного головы» Ивана Змеева выступил в поход против вогулов, живших южнее, на р. Конде. Дело в том, что кондинские вогулы воевали с кодскими остяками (хантами), во главе которых был князь Игичей Алачеев, сын Алачи, союзника русских со времен похода Ермака. В результате Кондинское княжество потеряло независимость и стало выплачивать ясак царю. В бассейне Нижней Оби жили вперемежку остяки и вогулы, а в устье Оби кочевали ненцы.
С помощью все тех же кодских князей были присоединены обдорские земли в низовьях Оби, где в 1595 г. у полярного круга был основан Обдорский острог (Носовой острог, теперь г. Салехард), служилые люди которого производили сбор ясака и с окрестных самоедов (ненцев).
В феврале 1594 г. из Москвы в Обский городок отправился небольшой отряд служилых людей во главе с воеводамии Ф. П. Барятинским и В. Аничковым с целью закрепить за Московской Русью земли Приобья выше устья Иртыша. В Обский городок из Березова для усиления присланного московского отряда воевода Траханиотов послал отряд березовских служилых людей и кодских хантов. Соединенный отряд поплыл вверх по течению Оби во владения принявшего русское подданство остяцкого «князца» Бардака и поставил в центре «княжества» на правом берегу Оби при впадении в нее р. Сургутки новый город Сургут. Туда перевели служилых из ликвидированного по приказу Москвы Обского городка.