А в исполком Коминтерна она писала: "Рабочие и работницы жестоко разочарованы, потому что все результаты их усилий и жертв оказались напрасными, они стали лишь достоянием оформившегося в касту всемогущего партийного аппарата".
Дыбенко назначили комендантом поверженного Кронштадта. Он радостно писал жене: "Партия снова мне доверяет". Его отпустили сдавать экзамены в академии. "Скупой на письма, — записала Коллонтай в дневнике, — Павел привез их целый пакет. Все ко мне и все не отправлены. В них отражение и его мук. Значит, еще любит? Значит, чувство еще живо? <…> И все-таки мы душевно не слитны, и все-таки, Павел, большой мой ребенок, ты не видишь, не слышишь, не умеешь угадать всей той мучительной работы, что проделала моя душа за эти недели. О, если бы понял! Если б услышал! Как бы тогда стало легко, как полно бы стало наше чувство, как совершенна близость! Но этого нет".
В марте 1921 года во время дискуссии о профсоюзах, развернувшейся после выступления Троцкого, заявившего о необходимости расширения прав профсоюзов, Коллонтай вместе со своим бывшим любовником А.Г. Шляпниковым возглавила "рабочую оппозицию", которая предлагала передать управление всем народным хозяйством всероссийскому съезду производителей, объединенных в профсоюзы, которые она считала высшей формой организации рабочего класса. Программа "рабочей оппозиции" была представлена в выпущенной к X съезду РКП(б) брошюре Коллонтай "Рабочая оппозиция", осужденной в ленинской резолюции "О синдикалистском и анархистском уклоне в нашей партии". Лишь 45 делегатов X съезда партии поддержали "рабочую оппозицию", и почти никто из них не уцелел в огне сталинских чисток.
Несмотря на постановление X съезда партии о единстве партии, Александра Михайловна продолжала защищать идеи "рабочей оппозиции". После последнего предупреждения, вынесенного ей на XI съезде РКП(б) в 1922 году, и окончательной ликвидации "рабочей оппозиции" Коллонтай была вынуждена отказаться от своих взглядов на роль профсоюзов. Резкое ухудшение отношений с Лениным явилось тяжелым ударом для Коллонтай. Но она утверждала, что оппозиция полезна прежде всего потому, что она будит "спячку мысли".
"Рабочие не хотят быть при бюрократах, — записала Коллонтай в дневнике. — За это В.И. обозвал их синдикалистами. И дал указание отправлять строптивых на самые трудные участки, чтобы все недовольство масс обрушилось на них".
Впервые Коминтерн обсуждал разногласия в РКП(б) на своем III конгрессе в июне — июле 1921 года. Она выступила в прениях по докладу Ленина о тактике РКП(б). Александра Михайловна не согласилась с докладчиком, что укрепление диктатуры пролетариата надо вести через союз рабочего класса с крестьянством, а также за счет свободы торговли и оживления капиталистических элементов. Она считала, что укреплять власть Советов нужно прежде всего путем раскрытия еще не полностью исчерпанных возможностей рабочего класса. Коллонтай назвала наметившиеся в русской Компартии тенденции архибюрократическими, представляющими "смертельную опасность для революции, которая теряет свою главную опору — рабочих". Она призывала указать русским товарищам "от имени коммунистов всех стран" на их "ошибки" и "возродить в партии дух свободных и открытых дискуссий, допускающих полную свободу выражения мнений и право на инакомыслие".
С критикой позиции А.М. Коллонтай на III конгрессе Коминтерна выступили Л.Д. Троцкий, Н.И. Бухарин. К. Радек и Г. Роланд-Гольст. Единодушное принятие резолюции с одобрением политики РКП (б) было вполне предсказуемо, поскольку Коминтерн полностью зависел от руководства РКП(б) и, естественно, не мог позволить себе его критиковать. Троцкий в своей речи обратил внимание на то, что ЦК РКП(б) не возражал против выступления Коллонтай в дискуссии по докладу Ленина, хотя было известно, что она не согласна с линией ЦК партии. Он напомнил делегатам, что в большевистской партии принято предварительно рассматривать вопрос о том, кто будет участвовать в дискуссии: "Мы сочли вполне естественным, что незначительное политически и едва заметное в этом вопросе меньшинство хочет ознакомить международный конгресс со своим собственным мнением, со своей тенденцией". Из заявления Троцкого следует также, что если бы группа "рабочей оппозиции" была бы более влиятельной, Коллонтай, возможно, была бы лишена слова.
В ноябре 1921 года, разочаровавшись, Коллонтай попросила освободить ее от заведования отделом ЦК партии по работе среди женщин.
Тем временем Коллонтай написала за Павла дипломную работу о роли личности полководца в военных действиях. В результате Дыбенко благополучно окончил академию и стал начальником черноморского сектора Одесского военного округа. Она еще не знала, что в Одессе у него новая любовь. Получив отпуск, Александра поехала в Одессу, где Дыбенко жил в роскошном особняке. Произошло объяснение. Коллонтай записала в дневнике: "Мы объяснялись несколько часов. Павел приехал днем. Я ждала его напряженно. Надела новое платье. Напудрилась. Ждала. А пропустила момент, когда подъехал автомобиль. Павел прошел в свой кабинет. Вхожу — уткнулся в угол дивана. Плачет. Не сразу растаяло сердце. Не сразу захлестнуло теплом. Но понемногу оттаяла. Павел выкупал все мое платье в слезах. <…> Потом… неизбежные объятия, поцелуи. Пока чувство живо — обычный финал. И внешне примирение состоялось. Но на душе у каждого осадочек. И оба очень бережны друг к другу, будто боимся ранить".
Затем Дыбенко получил задание Троцкого представить свои соображения о том, как следует реорганизовать Красную армию. Текст привычно писала за него Коллонтай. Она отметила в дневнике: "Мы работаем. Павел не пьет, выдерживает характер. Оба стараемся друг другу "сделать удовольствие". Я снова взялась за хозяйство. Души наши после всего пережитого еще далеки друг от друга, но страсть, тяготение вспыхнули с новой силой. Страсть ли? Не больное ли сладострастие, когда разжигаешь друг друга, чтобы получить еще одно доказательство любви другого? <…> Чувствую, что за эти годы созрела. Наконец любовь перестала быть важным моментом жизни. Набралась мудрости. Выросла. И переросла себя, ту, что была еще три-четыре года назад…
Совместная работа над военной доктриной — одно из самых больших моих увлечений. Тезисы мои легли в основу. Вторая и последняя главы вообще написаны только мною. <…> Особая гимнастика мозга, ума. Читала военные книги, освоилась с тактикой, стратегией, военными понятиями. <…> Это особое наслаждение".
Тем временем на Александру обрушилась новая беда, о чем она поведала дневнику: "Новое горе <…> камнем придавило плечи: поход на женотделы. Организованный и решительный.
Где корень? В чем? Суть ли в том, что хотят дискредитировать меня, или же это узость, доктринерство и тот формальный подход к вещам, который мертвит нашу работу?"
Павел писал из Одессы: "Шура, милая, ты ничего не пишет, от тебя ни звука, я окончательно потерял голову. Что это значит? Я боюсь, что ты лежиш больная и снова от меня скрывает. <…> Разве я могу спокойно работать, когда около меня не витает твой, ИМЕННО ТВОЙ, любящий дух? Шура, Шура, что ты делаеш со мной? Неужели ты не знаеш своего Павла? <…> Ты безжалостно его бросает. Шура, милый Голуб, когда же ты поймет меня, скажи, я жажду твоих слов, Тебя, и я тоскую невероятно. <…> Хочется бежат, бежат, что-то бурное совершит, сломат себе голову и на время хотя бы успокоит себя. <…> Жажду Тебя. Твой Павел".