Первые недели после избрания Генерального комитета для Петлюры были временем огромного перенапряжения. Хотя он жил в доме у своего друга Понятенко на Марьинско-Благовещенской улице, туда он приходил только на несколько ночных часов. Собрания всевозможных комитетов, комиссий, лож, ЦК, Центральной Рады захватили Петлюру. Он стал наверстывать упущенное за два первых революционных месяца. Сотни новых знакомств, новых идей, новых документов... Необходимо было прежде всего разработать сам принцип «украинизации», подготовить документы для обсуждения на Втором Всеукраинском военном съезде, который было намечено провести уже через месяц после первого. Петлюра разрабатывает структуру Генерального военного комитета, подкомитетов и его президиума.
По «военным вопросам» Петлюра постоянно общался с командующим Киевским военным округом «революционным» полковником Константином Михайловичем Оберучевым. Пятидесятидвухлетний полковник был эсером «с подпольным стажем», к тому же масоном, так что Петлюра на первых порах достаточно легко с ним сработался. Генеральный комитет надеялся распространить свое влияние и на солдат Юго-Западного и Румынского фронтов, однако с «украинизацией» там были большие проблемы.
В то же время Петлюра был руководителем без власти... Генеральный комитет пока только на словах мог на что-то влиять, ведь большинство военных руководителей его игнорировали.
26 мая 1917 года Центральная Рада официально обратилась к Временному правительству с предложением признать автономию Украины в составе России. Но уже через три дня из Петрограда был получен категорический отказ... Именно этот отказ подтолкнул Центральную Раду к более решительным действиям.
Очевидно, сразу после получения отказа Центральная Рада решила готовиться к «самовольному» провозглашению автономии Украины. Уже 1 июня 1917 года Грушевский заявил (на Всеукраинском селянском съезде): «Праздник революции окончен!» Тогда эта фраза была большинству не понятна, и никто не догадывался, что Грушевский решил идти «напролом».
В начале июня Генеральный комитет получил от «самого» Керенского предписание с запретом проведения Второго Всеукраинского военного съезда. В те дни такой запрет рассматривался солдатами как покушение на завоевания революции и революционные свободы. Этот запрет не соответствовал декларируемым Временным правительством свободам — слова и собраний. Уже приехавшие на съезд делегаты были возмущены... Петлюра направил военному министру телеграмму протеста, указывая на то, что такой запрет подрывает доверие солдат-украинцев к власти и ослабляет сопротивление армии на фронте.
А тут еще провокация начальника киевской милиции, который в это же время распустил слух о том, что Всеукраинский военный съезд хочет провести переворот: захватить государственные учреждения, губернский банк, казначейство. Полковника Оберучева ввели в заблуждение относительно «агрессивности украинцев». Эта провокация имела результат: усиленные патрули и охрана на улицах Киева и слухи о скором разгоне Центральной Рады и военного съезда.
Второй Всеукраинский военный съезд, который открылся 7 июня 1917 года, стал первым триумфом Петлюры — он знаменовал рождение его как политика. Петлюра начал постепенно выходить из тени Винниченко. Около 2 тысяч делегатов, собравшихся в зале оперного театра, представляли полтора миллиона солдат и матросов с Украины. Открывая съезд, Петлюра сказал: «Мы все только переодетые члены украинской демократии». Именно тема защиты демократии была доминирующей на съезде. Как защита демократических прав народа трактовалась и необходимость утверждения автономии Украины и «украинизация» войск. Вместе с тем Петлюра предостерегает съезд от неверных шагов, связанных с немедленным провозглашением автономии Украины и независимой украинской армии.
Съезд утвердил Петлюру в качестве главы Генерального комитета и еще 10 кандидатов в члены комитета, 10 военных специалистов, которых рекомендовал Петлюра. Это была полная победа над оппозицией «самостийныкив».
«Самостийныки» еще пытались провести своих кандидатов в Генеральный комитет и проваливать кандидатов Петлюры. Но Петлюра как лидер съезда потребовал голосовать за весь предложенный им список и таким образом добился утверждения «своих» кандидатов. «Самостийныки» же и на этом съезде требовали «разговаривать кулаком» с Временным правительством, толкали к конфликту с властью, но Симон Петлюра уже уверенно контролировал ситуацию и окончательно свел все усилия своих оппонентов на нет.
Для того чтобы влиять на события, Генеральному комитету требовались хоть какие-то властные полномочия, но Временное правительство не допускало Генеральный комитет к армейским структурам. Это привело к тому, что съезд утвердил решение о том, что отныне приказы Генерального комитета будут обязательны для всех воинов-украинцев и украинских военных организаций. Съезд ультимативно потребовал у российского командования признать Генеральный комитет и его приказы. Однако не было выработано никаких гарантий и механизмов для исполнения этих приказов, и Генеральный комитет так и остался практически «безвластным», полностью завися от настроений в Петрограде.
Грушевский отметил парадокс ситуации, указав, что, с одной стороны, было наличие миллиона украинских штыков и ощущение огромной потенциальной силы, а с другой — невозможность реализовать эту потенцию, использовать эту силу в «украинских целях».
10 июня 1917 года произошло событие, которое определило политическую борьбу на Украине в последующие полгода. Пятая сессия Центральной Рады, без согласования с Временным правительством, приняла свой «Первый Универсал» (Манифест). Универсал провозглашал автономию Украины «не отделяясь от России, не разрывая с государством Российским». Будущей Высшей властью на Украине объявлялось Всенародное украинское собрание — Сейм. В Универсале говорилось о скорой национализации и переделе земли помещиков, о перевыборах местной администрации и о введении особого налога на «родное дело».
Утром 11 июня на Софийской площади Киева, при большом скоплении народа, был зачитан Универсал. После его провозглашения на площади прошел парад Первого украинского полка. После прочтения Универсала под колокольный звон Софии Грушевского пронесли на руках к зданию Центральной Рады... Где-то среди ликующих военных на Софийской площади был и Петлюра. Он понимал, что жребий брошен, что мало провозгласить автономию, нужно еще ее достичь, создать, отстоять... Неясной еще была позиция Петрограда, можно было опасаться репрессий за «самоуправство и призыв к бунту».
Универсал вызвал в Петрограде взрыв возмущения, протестов и обвинений в адрес Центральной Рады в «нелояльности», «анархизме»... Появились заявления в прессе о том, что этот шаг — «нож в спину революции», что «народ Украины обрусел и не хочет автономии»... даже призывы «оружием покарать изменников» и «австрийских шпионов». Так, газета «Речь» писала, что «украинцы играют недобрую игру с Россией» и своими действиями помогают Германии. Но в то же время более либеральная газета «Русская воля» считала, что необходимо не бороться с Украиной, а вести переговоры. Газеты «Русская воля» и «День» предлагали перестать кричать «Караул!» по поводу украинской автономии, смириться с ней и не выискивать в Универсале намеков на полное отделение.