Юнкера, понтонный полк и полк Капкана атаковали «полуботковцев», заставив их вернуться в свои казармы.
Делегация во главе с Петлюрой предложила бунтовщикам немедленно сложить оружие и дать согласие на отправку на фронт. Но «полуботковцы» ответили молчанием, тогда солдаты Первого украинского полка имени Хмельницкого силой ворвались в казармы, ранив девятерых обороняющихся. Этим и закончилась попытка Михновского круто изменить положение на Украине... Именно Петлюра 6—8 июля провел переговоры с представителями взбунтовавшегося полка, в ходе которых солдаты согласились немедленно отправиться на фронт. Через неделю «полуботковцы» были ехать на фронт, а Михновскому было приказано покинуть Киев и отбыть на Румынский фронт, где его ждала должность военного прокурора.
В середине июля Петлюра первый раз едет как официальное лицо в Ставку Верховного главнокомандующего генерала Брусилова для обсуждения вопроса «украинизации» отдельных частей. Генерал Брусилов пообещал больше не противиться «украинизации» и не запрещать деятельность украинских культурно-просветительных комитетов в частях. В ходе переговоров Петлюра добился решения главкома провести «украинизацию» несколько пехотных корпусов, одной конной дивизии и Киевской школы прапорщиков.
19 июля Верховным главнокомандующим становится генерал Лавр Корнилов, и уже он подписывает приказ об украинизации десяти дивизий, а также проект создания 1-го и 2-го украинских корпусов. В середине июля 1917 года в среде генералитета бытовало мнение, что «украинизация» некоторых частей может привести к возрастанию их боеспособности и отвлечет солдат-украинцев от большевистской пропаганды. В июле требование Петлюры казалось русским генералам «наименьшим злом», Петлюра считался «управляемым» политиком, который поддерживает идею «обороны родного края» — «революционного оборончества».
Корнилов даже разрешил солдатам и офицерам украинского происхождения подавать ходатайства на перевод их в «украинизованные» части, а Петлюра издает приказ, по которому в «украинизованных» полках русские офицеры заменялись офицерами украинского происхождения.
С этого времени все активнее начали формироваться новые «украинизованные» тыловые части в Одессе и Киеве. 21 июля Петлюра призывает перейти к формированию украинских ударных фронтовых батальонов «Спасения Украины», по типу ударных «батальонов смерти», что формировались для фронта Борисом Савинковым и Михаилом Муравьевым.
Но, казалось бы, успешно начавшуюся работу по «украинизации» частей оборвала кровавая провокация 26 июля. Кстати, виновные в ней так и не были найдены и наказаны... В тот жаркий день на фронт торжественно, с парадом на Софийской площади, провожали Первый украинский полк имени Богдана Хмельницкого. Солдаты полка с цветами и украинскими песнями были посажены в вагоны на станции Киев-2 и отправились защищать единую Отчизну от «немецких супостатов».
После того как эшелон уже тронулся, солдаты дали прощальный ружейный салют в воздух и... сразу же были обстреляны «неизвестными, предположительно из 30 винтовок» со стороны соседней со станцией Батыевой горы. У первой загородной станции Пост-Волынский эшелон полка Хмельницкого был обстрелян уже из нескольких пулеметов... Поезд был остановлен, оцеплен частями из донских казаков и кирасир, солдат украинского полка выгнали из вагонов, разоружили; некоторые из них были избиты, а офицеры арестованы. В ходе обстрела эшелона погибло 16 солдат полка Хмельницкого, около 30 человек было ранено...
Эти события были поданы командованием армии как бунт полка и отказ ехать на фронт. Главком Корнилов, а также генерал Деникин (командующий Юго-Западным фронтом) посчитали, что в трагических событиях 26 июля виноваты сами «украинцы». Генералы решили приостановить «украинизацию» войск, запретили Генеральному комитету поддерживать непосредственные контакты со Ставкой, а командующим армиями было приказано прекратить всяческие отношения с Петлюрой и его секретариатом. Главком Корнилов потребовал строго наказать виновных, при этом он видел виновных только в солдатах полка Хмельницкого. Он заявил, что если следствие покажет, что полк Хмельницкого первым начал стрельбу по войскам, то он вообще прекратит «украинизацию» и расформирует уже «украинизованные» части. Генерал Деникин прекратил «украинизацию» на Юго-Западном фронте, запретил деятельность украинских Рад (Советов) в войсках, привлек к судебной ответственности члена Генерального комитета полковника Поплавко.
По Киеву снова поползли слухи о скором разгоне Центральной Рады войсками киевского гарнизона.
Через три дня состоялись торжественные похороны 16 погибших солдат полка Хмельницкого. У могил с гневными речами против провокаторов выступали Грушевский, Петлюра... Но солдатские массы были недовольны их «примиренчеством», они требовали отставки командующего округом Оберучева, водворения в Киеве для охраны Центральной Рады полка имени Хмельницкого, отзыва из Киева частей кирасир и донских казаков, которые были замешаны в событиях 26 июля. К этим требованиям присоединились лидеры Центральной Рады...
Петлюра снова метался между двух огней, он хотел оставаться «выразителем чаяний солдатских масс» и одновременно не хотел обострения отношений с Оберучевым и Корниловым. После встречи с Петлюрой Оберучев освободил арестованных офицеров полка Хмельницкого и пообещал, что верные ему части будут охранять Центральную Раду и не допустят новых провокаций.
Почти одновременно с трагическим событием в Киеве началась травля главы Генерального секретариата Винниченко. Его стали обвинять в германофильстве, после того как в одном интервью Винниченко сказал о «германофильских настроениях» на Украине. Событиям, связанным с полками имени Полуботка и Хмельницкого, пытались придать видимость «германской интриги»... Публиковались статьи против украинского движения, вновь всплыли данные о «Союзе вызволэння Украйины» (освобождения Украины) и мифы о том, что все украинское движение «живет на немецкие деньги».
Временное правительство тогда получило от российской контрразведки некоторые данные о связях отдельных деятелей Центральной Рады с «галицкими украинцами», которые, в свою очередь, были связаны со структурами австро-венгерской разведки. Это дало дополнительный повод для атак на «хитрых хохлов». Пресса тиражировала лживые утверждения о том, что в Центральной Раде находятся офицеры германского и австрийского генеральных штабов, которые помогают украинцам в их «сепаратной работе». Вместе с тем процесс «украинизации» в армии стал рассматриваться в Петрограде только как повод для дезертирства с фронта.
Временное правительство добивалось от Центральной Рады отставки Винниченко.
После провала июньского наступления и потери больших территорий Галичины и Буковины обострился кризис «революционного оборончества» и наблюдался стремительный развал фронта; 19 августа немцы начали наступление на Ригу и вскоре захватили город и окрестности. В августе возникла реальная угроза похода немцев на Петроград. В планах немецкого командования на 1917 год первым пунктом был разгром России и выведение ее из войны.
4 августа Временное правительство издает «Временную инструкцию Генеральному секретариату», по которой Украинский Генеральный секретариат подпадает под непосредственное руководство Временного правительства и выводится из-под контроля Центральной Рады. «Инструкция» также ликвидировала четыре генеральных секретарства: военный, связи, железнодорожный, продовольственных дел. Генеральному секретариату предписывалось отдать одну треть секретарских портфелей представителям национальных меньшинств проживающих на Украине. С ликвидацией военного секретарства запрещались непосредственные контакты генеральных секретарей с центральными учреждениями. Теперь связь генеральных секретарей с официальными учреждениями могла осуществляться только через отдельного комиссара, которого назначило Временное правительство. Ограничения коснулись и возможной территории автономной Украины. Теперь планировалось, что в автономию войдут только территории Киевской, Волынской, Подольской, Полтавской и большей части Черниговской губерний. Центральная Рада была вынуждена согласиться, пойдя на добровольный отказ от своих завоеваний.