Владимир Винниченко выдвинул Петлюру на председательское место как представителя трех армий, часто бывающего на фронте и «знающего по опыту все страдания солдата», а также как социалиста из УСДРП, выдвигаемого от Центральной Рады и от ЦК УСДРП.
Однако подавляющее число делегатов съезда в первый раз слышало эту странную фамилию — Петлюра, да и его работа в «Земгоре» не очень импонировала фронтовикам. Солдаты хотели избрать председателем военного, и этим решил воспользоваться Михновский, влияние которого уже распространилось на часть зала.
Михновский выскочил на трибуну, перекрикивая Винниченко, заявил, что председателем съезда может быть только военный. Он требовал не избирать Петлюру как «не специалиста» и немедленно провозгласить автономию Украины и создание независимой Украинской армии. Зал загудел, заколебался, казалось, съезд превратится в общую драку. Множество делегатов съезда, крича и матерясь, ворвалось на сцену, перекрикивая один другого. Раздавались крики «Хотим председателем Михновского! Хотим независимой Украины! Долой соглашателей из Центральной Рады!»
«Самостийныки» стремились с помощью делегатов съезда провести немедленный военный переворот — арестовать начальника Киевского округа и объявить Украину независимым государством. Эти призывы были чистейшей провокацией, потому что неподготовленное выступление нескольких тысяч вооруженных людей было бы немедленно подавлено войсками, верными Временному правительству. А в мае 1919-го таких частей было 99%. Подобное выступление вызвало бы репрессии по отношению к украинским патриотам... Возможно, провокацией «самостийныкив» было и распространение среди солдат «Катехизеса» Михновского, который иногда называли десятью заповедями самостийности... В числе подобных «заповедей» были такие: № 2 — «Все люди братья, но москали, ляхи та жиды — враги нашего народа, пока они господствуют над нами и обирают нас»; № 3 — «Украина для украинцев! Следовательно, изгони отовсюду с Украины чужеземцев-угнетателей!»; № 10 — «Не бери себе в жены женщин из других народов, потому что твои дети будут тебе врагами; не дружи с врагами нашего народа...»
Газета «Киевская мысль» писала о настроениях съезда: «... именно неофиты, именно те, что не умели даже правильно говорить по-украински, были наиболее крайними, зажигательными, непримиримыми «националистами»... горели желанием сразу же, здесь совершить свою ненависть и свою любовь».
Казалось, съезд пойдет за стихией, за радикалами, превратится в митинг, однако блестящий оратор Винниченко своими пламенными революционными речами сумел повести съезд за собой. Винниченко, самый популярный тогда украинский лидер, «накинулся» на Михновского. Обличал его как «классово чуждого» «пана» — дворянина, помещика, офицера, который к тому же сам никогда не был на фронте. Винниченко умело использовал неприятие революционными солдатами офицерства, натравливал солдатские массы на командиров, поступал как пропагандист-большевик.
Другой эсдек, Борис Мартос, кстати «из дворян», упрекал лидеров-«самостийныкив» в том, что они «помещики или сынки помещиков», в то время как за Центральную Раду стоят «социалисты — сыны крестьянские и рабочие».
Когда стало ясно, что ни Петлюра, ни Михновский не пройдут в председатели съезда, было решено вообще не избирать руководителя съезда, а создать только президиум. Такой компромисс привел к тому, что в президиум были выбраны: С. Петлюра (от фронта), Н. Михновский (от тыловых частей), Ю. Капкан (от Украинского полка имени Б. Хмельницкого), В. Винниченко (от Центральной Рады).
Большинство съезда выступили за автономию Украины, за создание армии по «национально-территориальному принципу», за «украинизацию» Черноморского флота.
Винниченко тогда убеждал, что нужно бороться вместе с пролетариатом России против контрреволюции, что необходимо сохранить целостность революционной России. В то же время украинские социалисты доказывали, что регулярную армию необходимо превратилась в «краевую народную милицию». Он заявлял, что «украинского милитаризма не было и не должно быть». Он успокаивал съезд и доказывал необходимость сотрудничества с Временным правительством.
В мае—июле 1917 года Петлюра еще не был самостоятельным политиком. С приездом в Киев он автоматически вошел в «клан» Винниченко и руководствовался решениями «своего» ЦК УСДРП. Именно ЦК УСДРП вынесло «революционное решение» о замене регулярной армии милицией. Повторяя партийные установки, Петлюра заявил 6 мая на съезде:
«...нам нужна не постоянная армия, а всенародное вооружение, милиция... Опасность состоит в том, что когда организуется буржуазия, армия станет оборонять ее интересы против интересов демократии и крестьянства. Вот почему эти полки «имени гетманов» могут иметь в себе элемент опасности, когда они будут созданы на постоянной основе...»
В то же время Петлюра предлагал перевести всех солдат-украинцев на один фронт (Юго-Западный) и «вырвать» их «из рук российского командования». Лидеры украинских социалистов тоже хотели располагать «надежными штыками» для утверждения своей власти...
Съезд решил создать при Центральной Раде Украинский Генеральный военный комитет, который бы взялся за организацию украинского войска и проводил украинизацию «старых» регулярных частей. В «компромиссный» Генеральный комитет вошли; Винниченко, Петлюра, подполковники Капкан и Павленко, Михновский и его сторонник доктор Луценко, генерал Иванов и другие.
Во время выборов Генерального комитета Произошел экстренный случай. Винниченко сообщил съезду, что получил анонимное письмо с ультимативным требованием к нему и Петлюре — снять свои кандидатуры из списка будущего Генерального комитета, «иначе будете убиты». Оглашение этого письма привело к взрыву эмоций: Винниченко и Петлюра мгновенно стали «героями дня», солдаты устроили им овацию, некоторые делегаты выбежали на сцену целовать смелых революционеров. Зал уверовал в них как в «правдивых революционеров» и практически единогласно голосовал за них.
Вскоре структура Генерального комитета изменилась. Петлюра стал главой этого комитета, поручик В. Кедровский — его заместителем по делам армии, моряк Писменный — по делам флота, а капитан Певный — по делам Вольного казачества.
С мая 1917 года национальный вопрос стал одним из самых болезненных для новой власти. Попытки финских политиков провозгласить независимость Финляндии и разорвать единый фронт беспокоили Временное правительство не только как конкретная проблема, но и как симптом начала распада огромной империи. В этом ключе в мае 1917-го Временным правительством рассматривалось и развитие украинского движения в армии. В ответ на резолюции киевского военного съезда структуры Временного правительства не признали решений съезда, назвав Украинский генеральный комитет «полностью частной самостоятельной организацией». Также неодобрительно Временное правительство отнеслось и к идее «украинизации» армии.
Александр Керенский, тогда еще военный министр Временного правительства, прибыв в Киев 20 мая, заявил, что перегруппировка войск по национальному принципу в современных условиях войны просто невозможна, и решительно выступил против всего, «что может разорвать связь между национальностями». Проведя переговоры с членами Центральной Рады Керенский уточнил, что требования «украинцев» будут решаться только во время Учредительного собрания, то есть только осенью 1917 года.