Командование флота выдвинуло сразу три возможные версии гибели лодки. Первая – о подрыве на дрейфующей мине – была сочтена ВС СФ маловероятной, т. к. взрыв мины мог быть хорошо виден с постов СНиС на м. Шарапов и Выев-Наволок. Кроме того, взрыв могли видеть и слышать на эсминцах «Гремящий» и «Стремительный», находившихся в тот день поблизости от «Д-1», в полигоне № 5. Тем не менее ни посты СНиС, ни корабли не зафиксировали никаких подводных взрывов.
Вторая версия – столкновение «Д-1» с каким-либо надводным кораблем была также не исключена, но в данном случае она отпадала. Дело в том, что в полигоне № 6 до 12.43 13 ноября находились эсминцы «Стремительный» и «Гремящий», которые еще до перехода туда «Д-1» ушли в полигон № 5. Торговые же суда в тот день, по наблюдениям постов СНиС и кораблей, в Мотовской залив не заходили. Таким образом, полигон № 6 был абсолютно пуст (если, конечно, исключить, что в данном квадрате оказалась неизвестная подводная лодка, что в итоге могло привести к столкновению).
Была выдвинута и третья версия гибели «Д-1» – провал лодки на глубину, превышающую предельную, из-за чего прочный корпус лодки мог не выдержать давления воды. Но командующий СФ решил, что эту версию «возможно исключить». Поводом для столь категоричного вывода была твердая уверенность А. Г. Головко в том, что «Д-1» прошла весь курс задач 2-й линии и готовилась к переходу в 1-ю линию, и, кроме того, «являлась на СФ одной из лучших».
Окончательно прояснить обстоятельства гибели «Д-1», как считал контр-адмирал А. Г. Головко, можно будет только после ее осмотра или поднятия с грунта. Но в своих мемуарах, изданных в 1960 г., А. Г. Головко писал: «Наиболее вероятным следовало предполагать роковую ошибку, допущенную командиром. Подводные лодки этого типа, принимая балласт, погружались довольно быстро. Скорее всего, Ельтищев не справился с управлением и не сумел удержать лодку хотя бы на предельной для нее глубине. А значит, “Д-1” раздавило давлением воды: щепки и пробка на поверхности подтверждали это».
Характерно, что в своем донесении о гибели «Д-1» от 14 ноября 1940 г., направленном Первому секретарю ЦК ВКП (б) И. В. Сталину, председателю СНК СССР В. М. Молотову и секретарю ЦК ВКП (б) А. А. Жданову, нарком ВМФ СССР Н. Г. Кузнецов, в основном, согласился с выводами А. Г. Головко, но все же не стал спешить с оценками и не исключил такую причину, как неправильные действия командира ПЛ при погружении на глубину. По его мнению, возможной причиной катастрофы мог быть либо уход на глубину свыше допустимой (при выполнении упражнения по подныриванию), «что могло иметь место при какой-либо неисправности управления глубиной погружения», либо какое-нибудь упущение при проведении учения по срочному погружению. А поскольку глубины в районе исчезновения лодки составляли от 250 до 300 м, при вынужденном уходе на большую глубину лодка была бы просто раздавлена давлением воды.
Действуя с санкции наркома ВМФ, командующий СФ объявил о снятии с занимаемой должности командира БПЛ капитана 2-го ранга Д. А. Павлуцкого и предании его суду военного трибунала. Остальные командиры, так или иначе причастные к гибели «Д-1», также были наказаны.
Впрочем, досталось и самому А. Г. Головко: нарком ВМФ объявил ему строгий выговор «за низкий уровень боевой подготовки на флоте» (хотя новый командующий пробыл в этой должности всего четыре месяца).
Четкого вывода о причине гибели «Д-1» так и не было сделано: имелись лишь предположения. Командование ВМФ в определенной степени склонялось к одной версии – провалу подводной лодки на глубину, превысившую предельную, из-за чего лодку просто раздавило давлением воды. Высказывались и другие причины, но все они были отвергнуты как недостаточно доказательные.
Подводная лодка «Щ-405» КБФ (капитан 3-го ранга И. В. Грачев). 11 июня 1942 г. вышла из Кронштадта в очередной боевой поход. До Шепелевского маяка она шла в сопровождении «малых охотников», а далее направилась к острову Лавенсари самостоятельно в надводном положении, однако туда не прибыла. Ее движение наблюдал пост на острове Сескар. 15 июня между островами Пенисари и Сескар из воды подняли трупы помощника командира и старшего рулевого, а на другой день командира лодки. На погибших никаких признаков повреждений не обнаружили, взрыва мин никто не слышал. В финских трофейных документах отсутствуют данные об атаках наших подводных лодок. Предположительно, что при переходе из крейсерского положения в позиционное, лодка провалилась на глубину и затонула от поступления воды через рубочный люк.
В августе 1941 г. эта же лодка из-за низкой организации службы дважды проваливалась на глубину и ударялась о грунт (на глубинах 125 и 115 м) в аналогичных случаях. При этом погибли три человека. Но команда успевала задраивать рубочный люк и лодка, получив повреждения, прибыла в Таллин.
Подводная лодка «М-351» ЧФ (капитан 3-го ранга Белозеров) 22 августа 1957 г. отрабатывала маневр срочного погружения в полигоне боевой подготовки в районе Балаклавы. При погружении оказалась открытой захлопка шахты подачи воздуха к дизелям, хотя сигнальная лампа показывала закрытое положение захлопки. В результате поступления воды в VI отсек, несмотря на все предпринимаемые экипажем попытки, лодка затонула на глубине 83 м, войдя кормой в илистый грунт с дифферентом 60°. С большим трудом захлопку шахты личному составу лодки удалось закрыть. 26 августа лодку подняли на поверхность.
Подводная лодка «С-80» СФ (капитан 3-го ранга А. А. Ситарчик). 25 января 1961 г. в 5.30 вышла в Баренцево море, в полигон боевой подготовки, удаленный от побережья на 50 миль с целью отработки и совершенствования задач одиночного плавания. Сверх численности – 56 человек штатного состава – на борту находилась часть второго экипажа с его командиром, капитаном 3-го ранга В. А. Николаевым. На С-80 в море вышли 15 офицеров, 16 старшин и 37 матросов основного и резервного экипажей, всего 68 человек.
Ночью 26 января лодка находилась в Баренцевом море, идя в подводном положении на перископной глубине с открытым РДП (устройством для подачи воздуха к дизелям с перископной глубины). Волнение на море достигло 6 баллов при температуре воздуха –5 °C. Последнее сообщение от лодки поступило в 0.30 27 января. Это было сообщение о погоде в районе, где она находилась – в Баренцевом море севернее полуострова Рыбачий. В установленное время «С-80» на связь не вышла и в дальнейшем на запросы не отвечала.
Двадцать одни сутки силами СФ проводился интенсивный поиск пропавшей лодки. в операции участвовали до 40 кораблей, судов, самолетов и вертолетов, но море хранило молчание. Государственная комиссия под председательством главного инспектора МО СССР Маршала Советского Союза К. К. Рокоссовского в 1961 г. не смогла однозначно назвать причины гибели лодки, сделав лишь заключение, что «…на лодке произошла тяжелая авария, связанная с поломкой техники, с которой экипаж в условиях урагана не смог справиться».
Только спустя 7 лет, после появления новой спасательной техники, поиски «С-80» возобновились. Затонувшую лодку обнаружили 23 июня 1968 г. Лодка была обследована спасательным судном «Алтай» с помощью спускаемой наблюдательной камеры. После этого была разработана операция по подъему лодки, к месту гибели «С-80» прибыло только что построенное спасательное судно подводных лодок «Карпаты». Лодка была поднята на поверхность 24 июля 1969 г.