Любопытно, что истребитель Xe-219 имел более двадцати вариантов вооружения. Состав вооружения часто зависел от тех авиационных пушек, которые на тот момент предоставляла промышленность. Например, пара пушек МG-151/20, или МК-103, или МК-108. В мае 1943 г. один Xe-219 получил четыре пушки МК-103, общим весом 830 кг, в нижнем обтекателе. Если пушки МК-108 имели короткие стволы, ограничивающие эффективную дальность стрельбы, но хорошо подходили для массового производства, то МК-103 имели длинные стволы, как следствие, высокую начальную скорость снаряда и хорошую настильность траектории. Однако МК-108 была на 40 % легче, чем МК-103. В результате предсерийные Xe-219A-0 оснащались пушками обоих типов. С МК-108 истребитель назывался Xe-219A-0/R-1, а с МК-103 – Xe-219A-0/R-2. На всех Xe-219 отводилось место под две 30-мм пушки МК-108 для стрельбы назад-вниз под углом 65° на установках «Шраге музик», но реально их ставили довольно редко.
Первые Xe-219A-2/R1 поступили на вооружение I группы 1-й эскадры ночных истребителей в 1943 г. Она оставалась единственным подразделением, эксплуатировавшим самолеты данного типа вследствие замедления поставок.
В ночь на 12 июня 1943 г. Xe-219A-0 под управлением майора Штрейба совершил свой первый боевой вылет. Во время этого вылета Штрейб сбил не меньше пяти британских бомбардировщиков. При возвращении в Венло Штрейб обнаружил, что закрылки не выпускаются. Самолет на большой скорости сошел с посадочной полосы и был разбит, хотя пилот и радиооператор, унтер-офицер Фишер не пострадали.
За следующие 10 дней после успеха Штрейба несколько Xe-219 из штабного звена I/NJG.1 в шести полетах сбили 20 британских бомбардировщиков, включая шесть «Москито», считавшихся до того неуязвимыми. 1 июля 1943 г. Штрейб стал полковником и командиром NJG.1. Штабное звено продолжало использовать несколько предсерийных Xe-219A-0, но, несмотря на требования Каммухбера присвоить самолету Хейнкеля наивысший приоритет, за последующие полгода удалось перевооружить только одну эскадрилью I/NJG.1, а остальные продолжали летать на Ме-110.
Поставки шли практически исключительно в I/NJG.1, ставшей единственной группой, вооруженной Xe-219. Хотя группа постоянно испытывала недостаток этих самолетов, результативность ее действий постоянно увеличивалась. 21 января 1944 г. погиб командир группы, капитан Манфред Мейрер, когда его Xe-219 столкнулся с «Ланкастером». Мейрер, имевший 65 побед, был одним из наиболее опытных пилотов-ночников. За ним следовал капитан Ганс Дитер Франк с 55 победами. Он погиб 27 сентября 1944 г. над Ганновером, когда его Xe-219 столкнулся с еще одним ночным истребителем. Но боевые потери были существенно меньше количества одержанных побед и не шли с ними ни в какое сравнение вплоть до появления над Германией ночных истребителей «Москито».
На службе в I/NJG.1 Xe-219A показал себя простым в техническом обслуживании, так как с самого начала был предусмотрен легкий доступ ко всем агрегатам. В частях технического обслуживания заменялись даже крупные узлы, а шесть истребителей вообще были собраны из запасных узлов обслуживающим персоналом. Хотя эти самолеты даже не получили заводских номеров и официально нигде не числились, они использовались в боях. С точки зрения пилотов Xe-219A выделялся отличной мощью огня даже при установке пушек минимального калибра. Запас снарядов, 300 штук для 20-мм пушек и 100 для 30-мм, был вполне достаточен. Экипаж, двигатели и боезапас были хорошо бронированы. К тому же Xe-219 был первым боевым самолетом, получившим катапультируемые кресла, – в этой области «Хейнкель» была пионером. Даже с полной нагрузкой Xe-219 имел избыток мощности, так что отказ мотора на взлете был неопасным. Реально зафиксированы случаи взлета на одном моторе.
1 октября 1944 г. группа потеряла своего третьего командира – разбился майор Форстер. Со 2 октября 1944 г. до конца войны группой командовал Вернер Бааке. К тому времени майор имел 41 победу. Некоторые пилоты на Xe-219 демонстрировали просто потрясающие успехи. Так, старший сержант Морлок в ночь на 3 ноября 1944 г. всего за 12 минут сбил шесть самолетов и еще один предположительно, но следующей ночью сам погиб от атаки «Москито».
Потери на исходе 1944 г. постоянно росли. С начала 1945 г. к ним добавились потери от штурмовых ударов по аэродромам. 10 января 1945 г. 1/NJG.1 имела 64 истребителя Xe-219A, из которых 45 были боеспособными. Штаб NJG.1 имел 20 самолетов Xe-219 и Ме-110, из которых 18 были боеспособными. Хотя I/NJG.1 так и осталась единственной частью, использующей Xe-219, два или три экземпляра истребителя были в так называемой ночной истребительной эскадрильи «Норвегия» в V воздушном флоте.
Истребитель Xe-219 имел следующие модификации:
A-0/R-1 – удлиненный фюзеляж со стандартным крылом; двигатели DB-603A; две МК-108 в подфюзеляжном обтекателе, две MG 151 в корне крыла, дополнительные наборы вооружения M1—М3; радар FuG 212 С-1.
A-0/R-2 – такой же, как A-0/R-1, но с усиленным шасси; четыре МК-103 в подфюзеляжном обтекателе; FuG-212C-l.
A-0/R-3 – прототип для серии А-2; двигатели DB-603A; четыре МК-103 в подфюзеляжном обтекателе, две MG-151 в корне крыла; FuG-212C-2.
A-0/R-6 – прототип для серии А-5; DB 603A; четыре МК-108 в подфюзеляжном обтекателе, две MG-151 в корне крыла, 2 наклонно установленные МК-108 в фюзеляже; FuG-212 и FuG-220.
А-1 – запланированная серийная версия А-0 с удлиненным фонарем; DB 603A/B.
A-2/R-1 – улучшенный А-0; увеличенная дальность полета; DB 603A/B; две МК-103 в подфюзеляжнм обтекателе, две MG-151 в корне крыла, две наклонно установленные МК 108; радар FuG-220.
A-2/R-2– подобный A-2/R-1, но с пламегасителями, с дополнительным 900-литровым топливным баком и сокращенным составом оборудования, двухместный, планировался, как бомбардировщик; DB-603, DB-603A/B/E/F/G; FuG-220.
А-4 – доработанный А-2 для выполнения «противомоскитной» и разведывательной роли; уменьшено бронирование и сокращено штатное вооружение; системы GM-1 и откачки выхлопа; двухместная кабина; DB 603A/B или Jumo-222; две МК-108 в корне крыла и две МК-103 в подфюзеляжном обтекателе.
A-5/R-1 – доработанный А-3, предшествующее обозначение A-O/R-6; DB-603A; две MG 151 в корнях крыла, две МК-108 в подфюзеляжном отсеке, две наклонно – установленных МК-108 в фюзеляже; FuG-212 и FuG-220.
A-5/R-2 – предшественник A-7/R-4; DB-603A; две MG-151 в корне крыла, две MG-151 в подфюзеляжном отсеке и пара наклонно установленных МК 108 в фюзеляже; FuG-220.
A-5/R-3 – серийный вариант, на основе Xe-219 V28; DB 603E; две MG-151 в корнях крыла, две МК-103 на подфюзеляжной платформе, две наклонно стреляющие МК-108 в фюзеляже; FuG-220.
A-5/R-4 – доработанный А-3 с трехместной кабиной, увеличенная дальность полета и оборонительное вооружение, как на Xe-219V34; DB-603E; две MG-151 в корнях крыла, две MG-151 в подфюзеляжном отсеке, две наклонно установленные МК-108 в фюзеляже, возможно, оборонительное вооружение, установленное в кабине; FuG-220.
А-6 – версия А-2 без вооружения; DB-603E; две MG-151 в корнях крыла, две MG-151 на подфюзеляжной платформе; FuG-220.