Кроме того, после начала войны на территории республики возникло большое количество отрядов «лесных братьев», не имевших ранее связи с германскими спецслужбами. Руководство этих отрядов инициативно искало контакта с наступающими германскими войсками и националистическим бандподпольем для координации своей деятельности.
Еще накануне войны отдельные вооруженные группировки латвийских националистов действовали в лесах вблизи Дундаги под Вентспилсом, в Ратана и Инчукалнсе под Ригой и в Тервете (последнюю возглавлял будущий гауптштурмфюрер войск СС Жанис Буткусс140, семья которого была депортирована накануне войны)141.
Так, например, в мае — июне 1941 г. в Елгавском уезде Латвии был организован небольшой отряд скрывавшихся от депортации «лесных братьев» во главе с бывшим заведующим Кримунским маслозаводом Августом Педраудзе, к которому с началом боевых действий примкнули несколько десятков националистов. Отряд вырос до 50 чел., занял железнодорожную станцию Кримунас и начал искать контакты с другими националистическими формированиями и командованием немецких войск.
Кримунский отряд неоднократно участвовал в боестолкновениях с частями Красной армии, в период немецкого наступления проводил прочесывание лесов в прифронтовой полосе совместно с передовыми частями вермахта и облавы в районе Аугусткалнской волости Латвии. Члены отряда арестовали свыше 100 бойцов Красной армии и партийно-советских работников, убили более 30 активистов. Впоследствии отряд был реорганизован в подразделение латвийской вспомогательной полиции.
С началом войны многие отряды латвийских националистов (численность некоторых из них превышала 100 чел.) перешли к открытым военным действиям против Красной армии. Воспользовавшись отступлением частей РККА, они захватили несколько городов еще до прихода немцев. Так, в окрестностях Риги действовало два крупных отряда — один под командованием подполковника Виктора Хасманиса142 действовал в Межапарке, другой под командованием лейтенанта Яниса Вилипса — в Болдерая143. Особенно активно действовал отряд националистической организации «Яунлатвиеши» под командованием подполковника Волдемара Вейсса144, а также отряд Латвияс сарги под руководством подполковника Роберта Осиса145, будущего командира латвийского полицейского полка СС «Рига»146.
Особой активностью отличалась резидентура СД под руководством бывшего ассистента химического факультета Латвийского университета Петериса-Феликса Рикардса, завербованного в январе 1941 г. Под его руководством работали 18 агентов, в том числе несколько офицеров 24-го Латвийского территориального стрелкового корпуса РККА. Усилиями резидентуры Рикардса была создана диверсионная группа, намечены места возможной высадки немецких парашютных десантов в Рижском, Валмиерском и других уездах, созданы вооруженные отряды в Рижском, Цесисском, Елгавском, Валмиерском и Талсинском уездах. В первые дни войны эти отряды не только помогли немцам захватить местные учреждения власти, но и активно участвовали в арестах и массовых казнях советских активистов и евреев147. Сам Рикардс в июле 1941 г. также был одним из руководителей еврейских погромов в Риге148.
Всего летом 1941 г. в республике действовало 129 националистических групп, которые принимали активное участие в боевых действиях с Красной армией, поиске и уничтожении партийных и советских работников, попавших в окружение красноармейцев, лиц еврейской национальности149.
Одновременно приобрело массовый характер дезертирство из 24-го Латвийского территориального стрелкового корпуса РККА, сформированного на базе бывшей Латвийской армии. Многие его офицеры и солдаты присоединялись к националистическому вооруженному сопротивлению. Так, 285-й стрелковый полк (бывший 7-й Сигулдский полк) под командованием подполковника Яниса Авотыньша150 почти полностью дезертировал близ Алуксне151. Ежедневно из частей корпуса дезертировали по 100–150 военнослужащих. За первую неделю войны (до 29 июня) из подразделений корпуса дезертировало с оружием 124 офицера. Во время боестолкновений с немецкими войсками на сторону врага переходили целые подразделения с оружием и всем имуществом152.
25 июня отдельный батальон связи в составе 48 чел. во время передвижения подразделения (после получения приказа об эвакуации из Латвии) также поднял бунт. Его командир, подполковник Карлис Аператс153, приказал разоружить находившихся под его командой 8 русских красноармейцев и с остальными офицерами и солдатами-латышами, захватив 5 автомашин, радиостанцию, вооружение и боеприпасы ушел в леса близ г. Царникава. Впоследствии группа дезертиров под командованием Аператса действовала в районе городов Мадонна и Гулбене. Здесь же Аператс попытался создать латвийскую дивизию, получив подкрепление из военно-учебных лагерей в Литене и Островиеши, откуда солдаты дезертировали практически каждый день. Был создан штаб дивизии и даже артиллерийская часть, а общая численность отряда составила около 2000 чел.154.
2 июля 1941 г., за два дня до подхода немецких войск, отряд лейтенанта Волдемара Паулса занял город Сигулда155. 5 июля отряд полковника Арвида Крипенса156 занял г. Смилтене и блокировал дорогу на Псков. В тот же день, 5 июля, латвийские «лесные братья» захватили город Алуксне, также сравнительно недалеко от трассы Рига — Псков, но вечером того же дня были выбиты оттуда отступавшими на Восток частями Красной армии, вместе с которыми эвакуировались и члены правительства Латвийской ССР. Наутро советские войска продолжили отступление, и «лесные братья» вновь взяли город под свой контроль. До прихода немцев (7 июля 1941 г.) они занимались перехватом обозов Красной армии и небольших отступающих частей РККА157. Близ деревни Малупе, неподалеку от Алуксне, латвийские «лесные братья» атаковали штаб отступающей 183-й стрелковой дивизии РККА, убили командира дивизии и нескольких офицеров штаба и захватили транспорт и все припасы158.
Наиболее ожесточенные бои против советских войск велись 4 июля в Лимбажи, 5 июля — в Олайне, 9 июля — снова в Алуксне. Все эти города были захвачены латвийскими боевиками до прихода германских войск. Всего же ими было занято более 30 городов и сельских районов159.
В связи с этим 1 июля 1941 г. командование РККА издало приказ «О демобилизации граждан Латвийской ССР из Красной армии» в связи с их «политической неблагонадежностью». С целью «очистки частей корпуса от антисоветских элементов» до 1 июля было уволено 2080 военнослужащих, в том числе — бывших офицеров Латвийской армии, занимавших командные должности в РККА — 635 чел., лиц рядового и младшего командного состава — 1445. Все уволенные военнослужащие разошлись по домам, многие из них сразу же пополнили ряды участников националистических группировок. Вместе с советскими войсками отступило лишь около 3000 солдат160.
В первые дни войны авиацией противника, диверсионными группами и отрядами националистов было нарушено управление войсками и выведены из строя линии связи, что привело к тому, что штаб фронта в период с 23 по 26 июня не мог связаться с 11-й армией.