Предотвращая один кризис, предложенный Ауном план порождал другой. Как христианин-маронит он не имел права занимать пост премьер-министра, который по условиям Национального пакта был зарезервирован за мусульманами-суннитами. Человек, который утверждал, что отстаивает Национальный пакт, фактически сам подрывал основы конфессиональной системы. Тем не менее за четверть часа до полуночи 22 сентября, когда истекал срок его полномочий, Амин Жмайель уступил давлению Ауна и подписал два последних указа. Первым указом он отправил в отставку исполняющего обязанности премьер-министра Салима аль-Хосса, а вторым назначил главой временного правительства генерала Мишеля Ауна. Аль-Хосс и его сторонники отказались признавать эти указы Жмайеля и заявили о своем праве руководить Ливаном.
За одну ночь Ливан превратился из страны без правительства в страну, имеющую два правительства с несовместимыми повестками дня: аль-Хосс хотел заменить ливанскую конфессиональную систему прямой демократией, которая обеспечила бы политическое доминирование мусульманскому большинству под сирийским внешним управлением; Аун надеялся восстановить ливанское государство на основе Национального пакта, сохранив господство христианского меньшинства и полную независимость от Сирии.
Наличие двух соперничающих правительств разделило Ливан на два мини-государства. Христианские политики отказывались работать в правительстве аль-Хосса, мусульманские политики — в правительстве Ауна. Аль-Хосс руководил суннитскими и шиитскими районами Ливана, Аун — христианскими. В соперничестве присутствовал элемент фарса: оба временных премьер-министра назначали своих министров, военачальников, глав службы безопасности и т. д. Только Центральный банк Ливана оставался в стороне от раскола, терпеливо финансируя расходы обоих правительств.
Между тем самая серьезная опасность исходила от внешних «покровителей» страны. Кабинет аль-Хосса открыто проводил просирийскую политику и пользовался полной поддержкой Дамаска. Аун считал сирийское присутствие угрозой суверенитету и независимости Ливана и нашел сильного союзника в лице Ирака. Багдад жаждал свести счеты с Дамаском, вставшим на сторону Ирана в ирано-иракской войне 1980–1988 годов, и Ливан с его гражданской войной давал ему хорошую возможность для этого. В августе 1988 года война с Ираном подошла к концу, и, имея колоссальные запасы оружия и боеприпасов, иракский режим оказывал Ауну щедрую военную помощь в его противостоянии сирийскому присутствию в Ливане.
Ободренный такой поддержкой, 14 марта 1989 года Аун объявил о начале освободительной войны против Сирии. В ответ сирийская армия установила полную блокаду христианских районов страны, находившихся под контролем Ауна. Стороны начали обмениваться артиллерийскими обстрелами — это были самые массированные обстрелы со времен израильской осады Бейрута в 1982 году, — от которых в первую очередь страдало мусульманское и христианское мирное население.
Два месяца ожесточенных боевых действий и огромные потери среди гражданского населения заставили арабские страны вмешаться. В мае 1989 года в марокканской Касабланке для решения ливанского кризиса собрался внеочередной саммит ЛАГ. Трое арабских лидеров — король Саудовской Аравии Фахд I, король Марокко Хасан II и президент Алжира Шадли Бенджедид — получили от саммита мандаты посредников, чтобы инициировать переговоры между сторонами, положить конец насилию и запустить процесс восстановления политической стабильности в Ливане.
Так называемый «комитет трех» призвал Сирию соблюдать режим прекращения огня и потребовал, чтобы Ирак перестал поставлять оружие армии Ауна и поддерживающим его ливанским ополченцам. Поначалу усилия тройки не возымели успеха. Сирийцы проигнорировали требования и усилили обстрелы христианского анклава, а Ирак продолжил снабжать своих союзников оружием через контролируемые маронитами морские порты.
Только через полгода боевых действий, в сентябре 1989 года, тройке удалось убедить все стороны принять режим прекращения огня. Ливанским парламентариям было предложено собраться в городе Таиф в Саудовской Аравии, чтобы начать процесс национального примирения на нейтральной территории. Оставшиеся в живых ливанские депутаты отважились покинуть свои безопасные убежища во Франции, Швейцарии, Ираке и Ливане и приехали в Таиф, чтобы решить будущее своей страны. На выездную сессию парламента собрались 62 депутата — половина из них христиане, половина мусульмане, — что обеспечило необходимый кворум для принятия решений от имени ливанского народа. Саудовский министр иностранных дел, принц Сауд аль-Фейсал, открыл первое заседание 1 октября 1989 года с предупреждения о том, что «неудача недопустима».
Чтобы договориться, парламентариям потребовалось гораздо больше времени, чем ожидалось. Предполагаемая трехдневная сессия превратилась в 23-дневный марафон, результатом которого стал ни больше ни меньше как, по сути, проект Второй ливанской республики. Условия политической реконструкции Ливана, закрепленные в Таифских соглашениях, сохраняли многие из элементов конфессиональной системы Национального пакта, но предусматривали ряд структурных изменений, отражающих демографические реалии современного Ливана. Так, места в парламенте по-прежнему распределялись по конфессиональному принципу, но соотношение шесть к пяти в пользу христианской общины было изменено на равномерное распределение мест между мусульманами и христианами. При этом количество мест в парламенте было увеличено с 99 до 108, чтобы число мусульманских депутатов могло быть увеличено без сокращения числа христианских.
Реформисты не смогли достичь своей главной цели — сделать все государственные посты доступными для всех граждан без дискриминации по религиозному признаку. Почти сразу стало очевидно, что такое наступление на конфессиональный порядок не пройдет. Было принято компромиссное решение сохранить распределение государственных постов в соответствии с Национальным пактом, но перераспределить полномочия между ними. Президентом Ливана по-прежнему мог быть только христианин-маронит, но его роль во многом была сведена к церемониальной функции «главы государства и символа единства страны». Премьер-министр и его кабинет, Совет министров, стали главными бенефициарами перераспределения власти. Отныне исполнительная власть передавалась суннитскому премьер-министру, который должен был председательствовать на заседаниях правительства и отвечать за реализацию государственной политики. Более того, хотя премьер-министр по-прежнему назначался президентом, отправить его в отставку мог только парламент. Спикер парламента — высший пост, доступный мусульманам-шиитам, — также получил значимые новые полномочия: например, отныне президент мог назначить премьер-министра только с согласия шиитского спикера. Таким образом, марониты были удовлетворены тем, что сохранили за собой все ключевые посты в государстве, а мусульмане — тем, что получили больше властных полномочий, чем христиане. Как реформа политической системы Таифские соглашения представляли собой единственный компромисс, на который были готовы согласиться все стороны, пусть даже все они остались недовольны.
Сторонники Ауна потерпели неудачу в попытке использовать Таифские соглашения, чтобы заставить Сирию уйти из Ливана. «Комитет трех» натолкнулся на решительный отказ Хафеза Асада идти на уступки относительно положения Сирии в Ливане, а без сирийской поддержки любые договоренности были бессмысленны. Таким образом, Таифские соглашения выражали официальную благодарность сирийской армии за оказанную помощь, легитимизировали текущее присутствие сирийских войск на территории Ливана и откладывали решение вопроса о завершении сирийского военного присутствия на неопределенный срок. Также они призывали правительства Ливана и Сирии формализовать свои «особые отношения во всех областях» посредством двусторонних договоров. Словом, Таифские соглашения легализовали положение Сирии в Ливане и предусматривали дальнейшее сближение двух стран. Собравшиеся в Саудовской Аравии ливанские политики хорошо осознавали текущие реалии и приняли компромиссное решение в надежде на улучшение ситуации в будущем. Окончательный вариант Таифских соглашений был утвержден ливанскими парламентариями единогласно.