Русская колонизация в Сибири также сделала значительные успехи в царствование Михаила Феодоровича. Здесь она выразилась не столько построением новых городов и острогов, сколько заведением русских сел и деревень в тех уездах и областях, которые заключались между Каменным Поясом и рекою Обью, каковы уезды Верхотурский, Туринский, Тюменский, Пелымский, Березовский, Тобольский, Тарский и Томский. Укрепив новозавоеванный край городами и населив их служилыми людьми, московское правительство заботилось теперь о заселении его крестьянами-земледельцами, чтобы не только обрусить этот край, но и снабжать его собственным хлебом, который все еще с большими усилиями и затратами доставлялся в Сибирь из внутренних областей. В деле крестьянской колонизации правительство действовало обдуманно и постепенно. Например, в 1632 году из ближайшего к Европейской России Верхотурского уезда велено было отправить в Томский сотню или по крайней мере полсотни крестьян с женами, детьми и со всем «пашенным заводом» (т. е. с земледельческими орудиями). Но чтобы бывшие их верхотурские пашни не оставались впусте, приказано в Перми Великой или в Чердыни, в Соли Камской и Кай-Городе биричам кликать «по многи дни», вызывая охотников из вольных гулящих людей, т. е. нетяглых, которые бы согласились ехать в Верхотурье и садиться там на готовые уже распаханные земли; причем им выдавались ссуда и подмога. Таких новоприбранных крестьян воеводы должны были с женами, детьми и со всем их движимым имуществом отправлять в Верхотурье, давая подводы от обывателей; с них же собиралась и подмога. Если мало находилось охотников к переселению «по прибору», тогда правительство отправляло переселенцев «по указу» из собственных дворцовых сел; причем давало им подмогу, т. е. кроме денег снабжало их скотом, домашней птицей, сохой, телегой и прочей «житейской рухлядью».
Кроме указанной сейчас колонизации служилыми людьми и пашенными крестьянами, Сибирь в это время получает еще прирост русского населения от ссыльных: именно в царствование Михаила Феодоровича она делается по преимуществу местом ссылки для разного рода преступников. Правительство при этом преследует две цели: с одной стороны, избавить коренные области от людей беспокойных и опасных, которых содержание в тюрьмах дорого ему стоило; а с другой — воспользоваться ими для заселения сибирских пустынь, для обработки там земли или для государевой службы, смотря по тому, к какому классу принадлежали ссыльные; крестьян и посадских оно сажало там на пашни, а служилых людей верстало на службу.
Вообще русская колонизация в Сибири совершалась по преимуществу путем правительственных мероприятий. Вольных русских поселенцев приходило туда очень мало; что было естественно при малонаселенности ближних окраин, т. е. областей Покамских и Поволжских, которые сами еще очень нуждались в колонизации из центральных Московских областей. А суровые условия жизни в Сибири того времени были настолько тяжелы, что и сами переселенцы нередко пытались при удобном случае перебраться назад за Камень в родные края.
Особенно неохотно шло в Сибирь духовенство, столь необходимое для устроения и распространения там Православной церкви. Русские поселенцы и ссыльные, живя вдали от высшего правительственного и духовного надзора, среди полудиких иноверцев, естественно, предавались всякого рода порокам и небрегли об исполнении правил христианской веры. Ради церковного благоустройства патриарх Филарет Никитич учредил особую архиепископскую кафедру в Тобольске и первым архиепископом Сибирским поставил Киприана, архимандрита Новгородского Хутынского монастыря, в 1621 году. Киприан привез с собою в Сибирь некоторое количество черных и белых священников и деятельно принялся за устроение своей епархии. Он нашел там несколько уже прежде основанных монастырей, но без соблюдения правил монашеского жития. Например, в Туринске был Покровский монастырь, в котором жили монахи и монахини. Киприан построил для монахов особую обитель, а в Покровской оставил монахинь; он основал еще несколько обителей, которые по его ходатайству были снабжены землями и разными угодьями. Но вообще архиепископ сей нашел нравы своей паствы крайне распущенными, а для водворения здесь благочестия и христианской нравственности встретил большое противодействие со стороны воевод и служилых людей. Он послал царю и патриарху подробное донесение о найденных им беспорядках. На основании его донесения Филарет Никитич прислал ему укорительную грамоту с описанием сих беспорядков. Очевидно, по желанию самого Киприана, не хотевшего еще более озлобить против себя воевод, патриарх пишет, будто о безнравственности сибиряков он узнал от самих воевод и приказных людей, и грамоту эту указывает читать всенародно в церквах.
Здесь самыми мрачными красками изображается развращение сибирских нравов. Например, многие православные люди ни крестов на себе не носят, ни постных дней не соблюдают, а едят мясо и «всякие скверны» вместе с татарами, остяками и вогулами. Но особенно грамота нападает на семейный разврат: православные люди живут с татарками и язычницами как с своими женами или женятся на близких родственницах, даже на сестрах и дочерях; служилые люди, отправляясь в дальние места, закладывают своих жен товарищам с правом пользования, и если в назначенный срок муж не выкупит жену, то заимодавец продает ее другим людям. Сильные отнимают жен у слабых. Некоторые сибирские служилые люди, приезжая в Москву с денежною или соболиною казною, сманивают с собою жен и девиц, а в Сибири продают их литовцам, немцам и татарам. Священники венчают с другими мужей от живых жен, а жен от живых мужей. Воеводы не только не унимают людей от таких беззаконий, но и сами подают пример всякого воровства; ради своей корысти чинят всякие насилия торговым людям и улусным иноверцам.
В том же 1622 году царь посылает сибирским воеводам грамоту, в которой запрещает им вступаться в духовные дела и приказывает наблюдать, чтобы служилые люди в этих делах подчинялись суду архиепископа и его десятильников. Наказывает им также, чтобы служилые люди, посылаемые к инородцам для сбора ясака, не делали им насилий и не брали лишнего, чтобы и сами воеводы насильств и неправд не чинили, посулов и поминок не брали и наказывали за душегубство, которое особенно часто случается, когда люди в пьяном виде бьются и режутся друг с другом. Но все подобные грамоты и наказы мало сдерживали произвол и насилия воевод и служилых людей, а потому нравы улучшались очень медленно. И после того нередко встречаем жалобы архиепископских десятильников на то, что живущие в беззаконии мужчины и женщины не поддаются духовному суду, находя покровительство и защиту у воевод и приказных людей. Впрочем, и самые духовные власти не всегда соответствовали своему высокому назначению. Киприан оставался в Сибири только до 1624 года, когда он был переведен в Москву митрополитом Сарским или Крутицким на место удаленного на покой Ионы, которым патриарх Филарет не был доволен (особенно за его возражения против перекрещивания латинян на духовном Соборе 1620 года). Ближайшие преемники Киприана на Сибирской кафедре более известны заботами о стяжании, нежели попечениями о своей пастве.
В Москве Сибирь ведалась в Казанском и Мещерском дворцах; но в царствование Михаила Федоровича появляется уже Сибирский приказ, сначала как отделение при этом дворце, а потом (с 1637 г.) как самостоятельное учреждение. В самой Сибири высшее областное управление сосредоточивалось сначала в руках тобольских воевод; а с 1629 года томские воеводы сделались от них независимы, и между ними разделялись воеводы других сибирских городов. Зависимость сих последних от главных воевод была преимущественно военная; так без разрешения главного воеводы они не могли посылать служилых людей против неприятеля. Это правило нередко мешало своевременной отправке отрядов при нападении на русские области калмыков и татар. Но, по-видимому, оно не всегда соблюдалось, по крайней мере, не препятствовало дальнейшему распространению русского владычества и обложению ясаком сибирских инородцев.