Задержанные спуском корабли ожидали теперь новые напасти. Их работы, хотя и по другим причинам, подобно "Славе" в 1904 г., были фактически поставлены во вторую очередь. То и дело в их ход вклинивались заказы, делавшиеся для готовившихся к постройке и заложенных в 1909 г. четырех дредноутов. Усиливалась и угроза перегрузки. В.П. Костенко в своей несравненной книге "На "Орле" в Цусиме" (Л., 1955, с. 147) рассказывал, как строитель "Орла" корабельный инженер Яковлев, видя корабль всем своим главным броневым 178-мм поясом, целиком ушедшим в воду (вместо проектного возвышения верхней кромкой на полтора фута), удрученно закачал седой головой.
А главный корабельный инженер Санкт-Петербургского порта Д.В. Скворцов, глядя на мерки углубления корабля, заметил: "загрузили так, что уже толстая броня скрылась в воде. Не знаю, о чем "они думают". И вот теперь, спустя два года, Скворцов должен был переживать за судьбу кораблей новой серии, которым, как и прежним, грозили перегрузкой не прекращавшиеся переделки. На этот раз, войдя во вкус "творчества", и не считаясь с нехваткой средств, МТК задался целью, ни много, ни мало, начисто перекроить уже законченные работы на огромных пространствах (от 28 до 89 шпангоута) средней и нижней броневой палуб. Их двухслойную броню следовало заменить на однослойную (увеличенной до 31,7-мм толщины) на пространстве от 13 до 99 шпангоутов, забронировать продольные переборки бортовых коридоров и котельные кожухи. Под верхней палубой броню борта требовалось продлить до форштевня, носовую оконечность переделать под новое якорное устройство. Таких масштабных переделок верфи не знали со времен перестройки в 1870 гг. крейсера "Минин".
Против неслыханного варварства, которое могло вызвать еще и возмущение рабочих, дружно выступили и Д.В. Скворцов, и начальник Балтийского завода П.Ф. Вешкурцев. Объем переделок был существенно сокращен, но полностью от своих усовершенствований МТК не отказался. Движимый заботами об улучшении боевой плавучести, он предложил новую грандиозную перекройку проекта. Недавно же одобренное двухслойное бронирование средней палубы на шпангоутах 28–89, принятое по инициативе представителя МГШ лейтенанта А.В. Колчака, а также нижней броневой палубы заменялось на однослойное. Остававшийся почему-то не забронированным участок борта ниже верхней палубы покрывался броней. Так осуществлялась принятая затем и на отечественных дредноутах концепция "размазывания" брони по всей площади борта.
Из-за брони, затраченной на оконечности, оказывалось невозможным дать подобающее бронирование жизненным частям корабля. "Попутно" предлагалось переделать носовую часть под бортовой клюз с втягивающимся якорем без штока. Трудно судить, на какой процент эти и серия других изменений увеличивали сопротивляемость корабля действию вражеских снарядов. Вряд ли в МТК утруждали себя вычислением этих процентов. Гораздо печальнее было то, что ради новых сомнительных, или по крайней мере, не бесспорных усовершенствований МТК намеревался значительную часть уже почти построенного корабля "резать по-живому".
В МТК, зная о тяжелом финансовом положении министерства, тем не менее не видели беды в том, что как докладывал Д.В. Скворцов, осуществление решения МТК требовало разобрать все продольные и поперечные переборки, выгородки для погрузки и перегрузки угля, сходные шахты котельных и машинных вентиляторов. Все они были уже заклепаны и прочеканены.
Такое обилие разрушений, только что добротно выполненной работы, не брались объяснить рабочим ни Д.В. Скворцов, ни новый начальник Балтийского завода П.Ф. Вешкурцев. МТК, одумавшись, от глобальных переделок отказался. Бронирование нижней палубы сохранили без перемен. Бронирование верхней средней или бывшей батарейной палубы в средней части меняли на 25,4-мм однослойное. Все эти работы, заставлявшие вспомнить "Тришкин кафтан" великого баснописца, вместе с другими кончили в январе 1908 г. Обошлись они в 743425 руб. — стоимость современного миноносца.
Где-то в перспективе виделись очертания "усовершенствованной" серии с заменой 8-дм пушек на 10-дм. Этим и другим новшествам открывала путь задержка с изготовлением башен, также переживавших множественные усовершенствования. Журналом по артиллерии № 31 от 17 июля 1908 г. МТК должен был обратиться к обсуждению просьбы Металлического завода об ускорении испытаний стрельбой находившихся на морской батарее Охтинского поля, четвертого станка для "Иоанна Златоуста" и двух станков кормовой башни "Андрея Первозванного". Эта башня (игравшая роль эталонной для обоих кораблей — P.M.) уже настолько продвинулась в готовности, что отсутствие станков задерживало все работы по ее сборке.
В числе считавшихся необходимыми новшеств на строившихся кораблях явилось скороспелое (поспешный, но не оправдавшийся вывод из уроков войны) решение об установке одной мачты. Именно в таком виде пришел из Франции построенный по слегка откорректированному проекту "Баяна" крейсер "Адмирал Макаров". Краткий период увлечения одиночной мачтой успел оставить свой след на "Императоре Павле I" сменившими один другого проектами треногой мачты (по образцу "Дредноута") с вариантами установки дальномеров сначала на открытой площадке, потом в закрытой рубке. Но тогда же в марте 1908 г. явилась новая мода — на мачты по примеру американских дредноутов. Мачт решили установить две. Мало обоснованным было намерение МТК установить на крыше каземата 120-мм орудий по бортовой рубке для дальномеров. Особенно велик был перечень усовершенствований по артиллерии, включавший установку продольных и поперечных переборок между орудиями для их защиты, увеличение углов возвышения 12-дм орудий до 35°, переделку погребов и системы подачи под новые удлиненные (965 мм) снаряды, введение раздельной наводки, добавление соответствующих комендорских площадок у 120-мм орудий и другие зачастую весьма полезные, но почти всегда запоздалые новшества. Разбираться в них вместе со строителем приходилось второму командиру корабля капитану 1 ранга П.В. Римскому-Корсакову (1861–1927).
В отличие от первого, по существу виртуального, командира капитана 1 ранга Н.М. Яковлева (1856-?), получившего эту должность в виде синекуры и в воздаяние за пережитую на броненосце "Петропавловск" катастрофу 31 марта 1904 г., второй командир вынес на своих плечах главную тяжесть неимоверно затянувшегося достроечного периода. Именно ему приходилось вести борьбу с бьющими через край проектными инициативами МТК, искать пути наиболее безболезненного осуществления действительно необходимых усовершенствований (особенно по артиллерии) и предлагать собственные, вызванные потребностями корабля инициативы. Ему же достался и чрезвычайно важный, определявший будущее корабля труд формирования команды и офицерского состава, организации службы, освоение техники и боевой подготовки. В этом ему помогал богатый опыт, приобретенный в прежних должностях старшего офицера на броненосце "Ослябя" в 1892–1899 гг. и крейсере "Громобой" в 1899–1902 гг. и командира крейсера "Дон", переоборудованного в 1904 г. из приобретенного в Германии пассажирского парохода.