Барьерными объектами были и другие крупные реки, через которые пришлось сооружать большие мосты, в том числе длиной 515 м через Томь и 950 м через Енисей.
Летом 1896 г. приступили к работе на участке от Иркутска до Байкала. В постоянную эксплуатацию эта часть Транссиба была принята в 1901 г. Из-за сложности рельефа, дальности подвоза и других причин перерасход средств при сооружении этого участка достиг 16 млн. руб., и 1 км дороги обошелся в 90 тыс. руб. По озеру от пристани Лиственничная была налажена паромная переправа до пристани Мысовая. Дальше дорога шла на Верхнеудинск.
Подвижной состав перевозился мощными паромами-ледоколами «Байкал» и «Ангара», которые регулярно курсировали на 73-километровой переправе. Такой смешанный способ транспортировки оказался впоследствии недостаточно эффективным, что особенно проявилось в период передислокации войск и военной техники на Дальний Восток. Это заставило ускорить рассмотрение вопроса об окончательных изысканиях и строительстве Кругобайкальской железной дороги.
Еще в 1891 г. рассматривались два варианта обхода озера Байкал — северный и южный. Северный был более простым. Экспедиция О.П. Вяземского установила, что южный вариант, несмотря на его сложность, все же предпочтительнее, так как местность здесь лучше обжита. Поэтому остановились на нем. Трасса проходила по скалистому берегу, огибая Байкал.
На Кругобайкальской железной дороге длиной в 260 км построили 39 тоннелей общей протяженностью 7,3 км, 14 км подпорных стен, 47 предохранительных галерей, виадуки, волнорезы, многочисленные мосты и трубы. Эта дорога уникальна по концентрации разнообразных искусственных сооружений. Она представляет собой как бы наглядную энциклопедию инженерно-строительного искусства. Объем земляных работ при сооружении дороги составил свыше 70 тыс. м3 на I км. Не случайно эту линию сооружали шесть лет. Самоотверженный труд строителей позволил в 1905 г. (на год раньше срока) начать регулярное движение поездов. В то же время паромная переправа просуществовала еще почти 20 лет. Для этого соорудили новую пристань Баранчук близ станции Байкал.
После Забайкальской дороги (Мысовая — Сретенск) вначале предполагалось строить Амурскую. В соответствии с этим в 1893–1894 гг. произвели изыскания от Сретенска до станицы Покровская на Амуре и далее до Хабаровска. Однако сложность условий, суровость климата, а главное, занятие Россией Порт-Артура заставили принять другое решение — вести железную дорогу к Порт-Артуру и Дальнему.
Утверждение России в Порт-Артуре шло параллельно с рядом дипломатических и коммерческих мероприятий русского правительства. В конце 1895 г. по инициативе министра финансов С.Ю. Витте был основан Русско-Китайский банк. Он был учрежден группой французских банков и Петербургским международным банком под покровительством русского правительства, которое обеспечивало своими представителями руководящее положение в правлении. Устав банка предусматривал самые разнообразные операции на Дальнем Востоке. Помимо обычных банковских функций, имелось в виду финансирование китайских властей, хранение налоговых поступлений, получение железнодорожных и иных концессий на всей территории Китая. Банк имел специальный фонд для подкупа китайских сановников.
В середине 90-х гг. между империалистическими державами началась жестокая борьба за право постройки железных дорог в Китае. Наиболее активно действовали финансовые группировки Англии, Франции и США. Каждую финансовую группу поддерживало свое правительство. Тут опять следует учитывать китайскую специфику. Концессии на строительство железной дороги в Китае предусматривали не только ассигнование средств, создание технического проекта железной дороги и получение дивиденда. В случае постройки дороги управляющий и технический персонал будет состоять в основном из граждан страны, которой передадут концессию, а для охраны железной дороги введут или иностранные войска, или китайскую охрану, вооруженную и контролируемую руководством железнодорожной компании.
Банковский синдикат США предложил китайскому правительству грандиозный проект железной дороги Кантон-Ханькоу — Пекин и далее, через Маньчжурию, до соединения с русской Транссибирской магистралью.
Министру финансов Витте удалось склонить Николая II к поддержке русского проекта Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД).
В конце апреля 1896 г. в Россию прибыл китайский сановник Ли Хун-чжан. Формальным предлогом было, видимо, участие в коронации Николая II. 3 июня 1896 г. Ли подписал так называемый Московский договор о союзе России и Китая. Ли получил взятку в 4 млн. руб., из которых 2 млн. ему выдали немедленно, а еще 2 — в течение последующих лет. Кстати, Ли вскоре умер, сэкономив 2 млн. руб. русской казне. По договору Китай давал согласие на строительство железной дороги через Северную Маньчжурию до Владивостока. Постройка и эксплуатация дороги должны были осуществляться Русско-Китайским банком.
Контракт на постройку и эксплуатацию КВЖД был подписан представителем китайского правительства и Русско-Китайским банком 8 сентября 1896 г. Для сооружения и эксплуатации этой дороги банк учредил Акционерное общество Китайско-Восточной железной дороги. Концессионный контракт устанавливал, что ширина колеи КВЖД должна быть такой же, как и на русских железных дорогах. Земли, принадлежавшие Обществу, а также его доходы освобождались от всяких пошлин и налогов. Обществу предоставлялось право самостоятельно устанавливать железнодорожные тарифы. Особое значение получало право Общества на «безусловное и исключительное управление своими землями», т.е. всей полосой отчуждения. Условия концессионного договора превращали эту полосу в нечто вроде большого, вытянутого русского сеттльмента. Общество КВЖД завело даже свою собственную вооруженную полицию. Через 80 лет железнодорожная линия должна была безвозмездно отойти к китайскому правительству. Через 36 лет оно приобретало право выкупа дороги. Практически Общество КВЖД существовало б значительной мере на средства русской казны.
Стоит отметить, что к концу 1898 г. Англия получила от Китая концессии на сооружение железной дороги общей протяженностью 2800 миль, Россия — 1530 миль, Германия — 720 миль, Франция — 420 миль, Бельгия — 650 миль, США — 300 миль.
Утром 16 августа 1897 г. жители пограничных сел и станиц Южно-Уссурийского края — Покровки, Константиновской и других — наблюдали интересную картину: двадцать две тройки одна за другой мчались по почтовому тракту в сторону китайской границы. В тройках ехали гости, приглашенные на церемонию официального открытия работ по постройке Китайско-Восточной железной дороги.
На противоположном, китайском, берегу реки Уши на возвышенности раскинулся большой круглый павильон в китайском стиле: с красными лакированными колоннами по периметру стен, с окнами, забранными резными деревянными решетками. По конькам и краям выгнутой черепичной крыши возвышались фигурки обезьян, собак, львов и драконов. Над павильоном развевался странный флаг: наполовину китайский, наполовину русский. По диагонали полотнище разделялось на два цвета — белый и желтый, на одной половине — солнце и дракон, на другой, в левом верхнем углу, — российский бело-сине-красный флаг. Это было знамя нового Общества КВЖД. Оно символизировало дружбу и сотрудничество России и Китая в постройке железной дороги.