Суслов исходил из того, что никто не может быть выше партии, и это несколько ограничивало чекистов. Михаил Андреевич помнил те времена, когда даже партийные секретари боялись своих подчиненных-чекистов…
В годы войны как секретарь Ставропольского крайкома Суслов стал членом военного совета Северо-Кавказского фронта. В 1942 году немцы взяли Ставрополь, но Суслова за это не наказали, хотя обычно командование фронта несло ответственность за крупные поражения. После того как город освободили от немцев, в мае 1943 года, он распорядился взорвать семидесятиметровую колокольню Казанского кафедрального собора. Собор разобрали до основания еще в 1930-е годы, а колокольня стояла. Говорят, Суслов решил, что колокольня может быть ориентиром для немецких бомбардировщиков, хотя к тому времени город уже не бомбили. Осенью 1943 года Михаил Андреевич помог НКВД провести депортацию карачаевского народа, который несправедливо пострадал вместе с балкарцами, калмыками, чеченцами и ингушами.
В 1944 году Суслова назначили председателем бюро ЦК ВКП(б) по Литовской ССР. В республике существовали свои органы власти, но им не очень доверяли. Все нити управления Литвой были в руках Михаила Андреевича. Ему поручили «проведение мероприятий по решительному пресечению деятельности буржуазных националистов и других антисоветских элементов».
На Суслове лежит ответственность за послевоенные депортации из Литвы, за репрессивную политику, которая усилила нелюбовь литовцев к России. Именно в Литве сопротивление советской власти было самым яростным. Поначалу (в 1944–1946 годах) там действовали крупные партизанские отряды численностью до полутысячи человек (см. «Отечественная история», № 3/2007), которые вели настоящие бои с подразделениями Красной армии. О масштабе боевых столкновений свидетельствуют цифры. За вторую половину 1944 года были убиты почти две тысячи литовских партизан, более пяти тысяч арестованы.
После того как в Москве была осознана серьезность литовского подполья, в аппарате наркомата внутренних дел образовали главное управление по борьбе с бандитизмом, а в Прибалтийском военном округе — штаб оперативного руководства войсковыми операциями. С Северного Кавказа в Литву перебросили 4-ю стрелковую дивизию НКВД. Самые крупные отряды были разгромлены. Тотальные зачистки дали результат, «лесные братья» растворились в лесах и перешли к чисто партизанской, диверсионной тактике — взрывали мосты и железные дороги и, главное, уничтожали тех, кто служил советской власти. Ответом стали облавы и массовые аресты, были схвачены десятки тысяч литовцев.
24 мая 1945 года Суслов проводил заседание бюро ЦК по Литве с повесткой дня «Об активизации буржуазно-националистических банд и мерах усиления борьбы с ними». Он считал, что карательные органы недостаточно активны: «Врагу не была показана наша реальная сила». В решении бюро записали: «Органы НКВД и НКГБ должным образом не перестроили своей работы в соответствии с новой тактикой врага».
Суслов обратился к наркому внутренних дел Берии с просьбой направить в республику дополнительное количество оперативных сотрудников, перебросить свежие части НКВД, депортировать из каждого уезда Литвы «пятьдесят — шестьдесят семей главарей банд и наиболее злостных бандитов» и провести открытые процессы над пойманными «лесными братьями».
В Литву прислали девять полков НКВД для проведения чекистско-войсковой операции. Но наркоматы внутренних дел и госбезопасности спешили поделить ответственность за размах антисоветского партизанского движения с местным партаппаратом и жаловались, что «партийно-советские органы не ведут необходимой политической работы среди населения». Секретарь ЦК Георгий Маленков отправил в Литву инспекторов. Они доложили, что партийное руководство республики напрасно возлагает на чекистов вину за «активизацию буржуазно-националистических банд». На оргбюро ЦК в Москве республику критиковали за крупные недостатки.
Но Суслов стоял на своем, считая, что репрессии — главный инструмент борьбы с врагами советской власти. В 1945 году военный трибунал войск НКВД Литвы осудил по 58-й (политической) статье восемь с половиной тысяч человек, из них почти полтысячи приговорил к расстрелу. А Суслов считал, что трибунальцы либеральничают.
Возмущенный Михаил Андреевич обратился к Маленкову:
«Учитывая обостренную политическую обстановку в республике, эту карательную политику военного трибунала войск НКВД отнюдь нельзя считать жесткой. Скорее наоборот».
Непримиримость Суслова не осталась незамеченной. Весной 1946 года Сталин с подачи Маленкова перевел Суслова в Москву. Его ввели в состав оргбюро ЦК и утвердили заведующим отделом внешней политики. Название отдела не соответствовало его реальным задачам. В обязанности Михаила Андреевича входило надзирать за действиями иностранных компартий, через него поступали деньги коммунистам по всему миру.
Потом он возглавил в ЦК ключевой отдел пропаганды и агитации и работал под руководством члена политбюро Андрея Александровича Жданова, который в ту пору неофициально считался вторым человеком в партии. Суслов проявил себя образцовым аппаратчиком, не позволявшим себе никакой инициативы. Его любимая фраза тех лет: «Это нам не поручено».
В 1946 году Суслову поручили еще и курировать работу Еврейского антифашистского комитета, что его явно не обрадовало. Он почувствовал: комитет, созданный в войну для борьбы с нацизмом, не только больше не нужен, но и вызывает раздражение Сталина. И составил записку в ЦК со своими предложениями:
«Еврейский антифашистский комитет распустить, а функции по пропаганде за границей передать Совинформбюро. Газету „Единение“ как орган ЕАК, не оправдывающий своего назначения, закрыть».
Но это предложение в тот момент не было принято. Михаил Андреевич торопил события.
Суслов сделал карьеру на послевоенных идеологических кампаниях, которые были замешаны на антисемитизме. Он составлял записки о «засоренности» различных учреждений евреями, докладывал Сталину и Жданову о том, что во многих учреждениях культуры и науки «укоренились низкопоклонство и угодничество перед заграницей и иностранцами, потеряны бдительность и чувство советского патриотизма».
17 мая 1947 года Суслов представил Жданову записку о «засоренности» евреями аппарата Всесоюзного общества культурной связи с заграницей (ВОКС). Заодно он вскрыл «крупные политические ошибки» в работе ВОКС.
Михаил Андреевич доложил руководству страны о «возмутительном случае»: в ВОКСе отмечали столетие со дня рождения американского изобретателя Томаса Эдисона (почетного члена Академии наук СССР), и академик Михаил Викторович Кирпичев назвал Эдисона «тем идеалом, к которому все стараются стремиться», а американцев «замечательной нацией».
Суслов и его подчиненные из агитпропа подготовили проект секретного постановления политбюро от 21 июня 1950 года «О мерах по устранению недостатков в деле подбора и воспитания кадров в связи с крупными ошибками, вскрытыми в работе с кадрами в Министерстве автомобильной и тракторной промышленности».
Все советские ведомства получили указание ежегодно представлять в аппарат ЦК отчеты о своей кадровой работе с обязательным указанием национальности ответственных сотрудников. Даже людям далеким от политики вскоре стало ясно, что ЦК интересует только количество евреев и что хороший отчет — этот тот, который свидетельствует об избавлении от работников-евреев на сколько-нибудь заметных должностях.