Главной заслугой Зубатова являлось то, что он поставил на прежде невиданную высоту две главные составляющие тогдашнего, еще не знавшего технических средств, политического сыска — наружное наблюдение (внешнее освещение) и агентурную работу (внутреннее освещение). Наружное наблюдение было выведено Зубатовым на высочайший уровень, и его филёры по праву считались лучшими в Европе. Спиридович так писал о филёрах созданного позднее Зубатовым в Департаменте полиции летучего отряда (по его образцу была перестроена и вся филёрская служба в охранных отделениях): «По деловитости, опытности и серьезности филёров, которые в большинстве брались из московских филёров, летучий отряд был отличным наблюдательным аппаратом, не уступавшим по умению приспособляться к обстоятельствам, по подвижности и конспирации профессиональным революционерам… филёр мог пролежать в баке над ванной (что понадобилось однажды) целый вечер; он мог долгими часами выжидать на жутком морозе наблюдаемого с тем, чтобы провести его затем домой и установить, где он живет; он мог без багажа вскочить в поезд за наблюдаемым и уехать внезапно, часто без денег, за тысячи верст; он попадал за границу, не зная языков, и умел вывертываться. Его филёр стоял извозчиком так, что самый опытный профессиональный революционер не мог бы признать в нем агента. Умел он изображать из себя и торговца спичками, и вообще лотошника. При надобности мог прикинуться он и дурачком и поговорить с наблюдаемым, якобы проваливая себя и свое начальство. Когда же служба требовала, он с полным самоотвержением продолжал наблюдение даже за боевиком, зная, что рискует при провале получить на окраине города пулю браунинга или удар ножа, что и случалось».
Еще более важным было то, что Зубатовым были разработаны основные принципы работы с агентурой, которыми до сих пор пользуется большинство спецслужб мира. Начальник Московского охранного отделения учил подчиненных следующим основам работы с секретными сотрудниками: «Вы, господа, должны смотреть на сотрудника, как на любимую женщину, с которой вы находитесь в нелегальной связи. Берегите ее как зеницу ока. Один неосторожный ваш шаг, и вы ее опозорите. Помните это, относитесь к этим людям так, как я вам советую, и они поймут вас, доверятся вам и будут работать с вами честно и самоотверженно. Штучников гоните прочь, это не работники, это продажные шкуры. С ними нельзя работать. Никогда и никому не называйте имени вашего сотрудника, даже вашему начальству. Сами забудьте его настоящую фамилию и помните только по псевдониму… Помните, что в работе сотрудника, как бы он ни был вам предан и как бы он честно ни работал, всегда, рано или поздно, наступит момент психологического перелома. Не прозевайте этого момента. Это момент, когда вы должны расстаться с вашим сотрудником. Он больше не может работать. Ему тяжело. Отпускайте его. Расставайтесь с ним. Выведите его осторожно из революционного круга, устройте его на легальное место, исхлопочите ему пенсию, сделайте всё, что в силах человеческих, чтобы отблагодарить его и распрощаться с ним по-хорошему… Помните, что, перестав работать в революционной среде, сделавшись мирным членом общества, он будет полезен и дальше для государства, хотя и не сотрудником; будет полезен уже в новом положении. Вы лишаетесь сотрудника, но вы приобретаете в обществе друга для правительства, полезного человека для государства».
Обратим особое внимание на зубатовские указания «никому и никогда не называть имени секретного сотрудника» и необходимость предвидения момента психологического перелома. Хотя Спиридович и считался талантливейшим учеником Зубатова, но зубатовские заветы он (как и его протеже Кулябко) в ходе киевских торжеств сознательно нарушал.
После успешной работы в Москве Спиридович в 1902 году назначается начальником Таврического охранного отделения с центром в Симферополе. Данное отделение имело специфические задачи — оно было в основном учреждено для охраны императорской семьи во время приездов в Крым. Там Спиридович приобретает навыки обеспечения комплексной безопасности царской семьи, в том числе и во время ее выездов за пределы резиденций.
Отмеченный императором за успешную службу в Таврическом охранном отделении, Спиридович переводится в 1903 году с повышением начальником Киевского. Работая в Киеве в сложный предреволюционный период, он благодаря прекрасно поставленной агентурной работе держал под контролем все революционные партии, раскрыл лабораторию по подготовке бомб и провел арест опасного эсеровского боевика Мельникова. Но его звездный час разыскника наступил 14 мая 1903 года. Спиридовичу удалось достичь огромнейшего успеха — арестовать создателя и первого руководителя эсеровской БО Григория Гершуни, которого безуспешно ловила вся полиция России (фон Плеве демонстративно поставил на рабочий стол фотографию руководителя БО).
Успех был достигнут профессиональным сочетанием внутреннего и внешнего освещения. Начальник охранного отделения получил от своего секретного сотрудника «Конька» информацию о приезде к киевским эсерам «кого-то очень важного» и интуитивно понял, что испуганный агент недоговаривает — речь идет о приезде самого Гершуни. Спиридович решил не давить на агента и перевел разговор на другую тему, но после этого немедленно просмотрел всю перлюстрированную корреспонденцию на адреса лиц, подозреваемых в связях с эсерами. Одна из телеграмм привлекла его внимание: «Папа приедет завтра. Хочет повидать Федора. Дарнициенко». Поняв смысл этого послания, Спиридович выставил на все железнодорожные станции Киева и пригородов наряды филёров. На станции Киев-2 ими и был схвачен Гершуни, который так удачно загримировался, что имевшееся описание его примет не помогло в опознании.
Однако в Киеве начальник охранного отделения допустил и ошибку, едва не стоившую ему жизни. Одним из его лучших секретных сотрудников по освещению деятельности местной большевистской организации был слесарь Петр Руденко. Непосредственно ведший секретного сотрудника Спиридович просмотрел момент психологического перелома, о котором предупреждал Зубатов. В результате он получил две пули от пытавшегося реабилитироваться перед товарищами большевика почти напротив охранного отделения, располагавшегося на Бульварно-Кудрявской, 29. Пройдет шесть лет, и Спиридович, согласно одной из версий, также не заметит (или не захочет заметить) такого же надлома в будущем убийце Столыпина.
Так, один из опытнейших разыскников зубатовской школы полковник Мартынов считал, что побудительные мотивы Руденко и убийцы Столыпина были одинаковы, как одинаковы были и допущенные Спиридовичем ошибки: «…У Спиридовича не оказалось налицо ни интуиции, дабы предвидеть намерение собственного же сотрудника, ни другой агентуры, достаточно осведомленной, дабы предупредить готовившееся покушение. В другом случае, позднее, а именно в 1911 году, в том же Киеве у того же Спиридовина не оказалось налицо ни той же необходимой всегда интуиции для понимания намерений и настроения Богрова, ни другой, осведомленной агентуры!»
Впрочем, у руководства репутация Спиридовича как мастера политического сыска нисколько не пострадала (после ранения его наградили орденом Святого Владимира 4-й степени), и вскоре он назначается заведующим Охранной агентурой, выполнявшей функции охраны императорской семьи (но не проводившей самостоятельной агентурной работы). Необходимо подчеркнуть, что Охранная агентура находилась в подчинении дворцового коменданта, а не МВД, и таким образом, Спиридович был единственным из ответственных за охрану киевских торжеств, кто не был подчиненным Курлова. Но это не значит, что он чувствовал себя независимым от шефа жандармов, в котором видел будущего министра внутренних дел. Курлов был доверенным человеком непосредственного начальника Спиридовича — дворцового коменданта Дедюлина, а сам начальник Охранной агентуры хотел вернуться с повышением в систему МВД (которому подчинялись и власти на местах, а не только общая и политическая полиция). О том, с какой предупредительностью Спиридович относился к генералу, свидетельствует то, что по просьбе последнего он откомандировал одного из служащих Охранной агентуры в распоряжение супруги Курлова, чтобы «подтянуть всю прислугу и шофера» и «обеспечить порядок» на даче.