Для нарушения наших коммуникаций противник использовал и минное оружие, хотя масштабы его применения нельзя считать большими.
Еще в середине февраля, когда командование кригсмарине убедилось в том, что наши войска прочно удерживают Малую Землю, была предпринята первая попытка заблокировать снабжение плацдарма. В качестве способа избрали минные постановки с воздуха. Они начались в ночь на 25 февраля и продолжались по меньшей мере до 27 марта. В немецких документах число выставленных мин обнаружить не удалось, по данным же Новороссийской ВМБ за 1-й квартал была отмечена постановка 236 мин, что несколько преувеличенно, так как в цифру вошло некоторое количество упавших в воду авиабомб. Из-за сильной ПВО района Геленджика и ветров в саму Геленджикскую бухту упало всего 72 мины, что говорит о невысокой точности немецких пилотов. Еще 33 мины упали на берег, из них 24 взорвались, причем некоторые через несколько суток, а девять удалось разоружить. В ночь на 28 февраля одну постановку (24 мины) на маршруте движения конвоев выполнили «шнелльботы».
Эти заграждения заметно осложнили минную обстановку в зоне ответственности Новороссийской ВМБ, которая изначально почти не обладала средствами траления неконтактных мин. В результате безопасность перевозок достигалась в основном не путем уничтожения мин (за 1-й квартал средствами ПМО НВМБ было уничтожено всего 12 мин, за 2-й квартал – 56, еще 8 мин взорвались сами), а в результате тщательного наблюдения за местами их падения, обвеховыванием и проводкой военными лоцманами. За пределами Геленджикской бухты наблюдение было не таким тщательным, и хотя плотность постановок там была значительно меньше, именно они нанесли основные потери. Постановка катерами осталась незамеченной, а сам ее район, находившийся в зоне обстрела вражеской береговой артиллерии, контрольным тралением не проверялся. Всего между февралем и августом в зоне ответственности НВМБ на минах подорвалось 18 кораблей и судов (минный заградитель, 2 тральщика, 7 сторожевых катеров, 2 катера-тральщика, транспорт, 2 буксира и 3 сейнера), 16 из которых затонули. На первом этапе, вкупе с артиллерийским обстрелом судов в пункте выгрузки и морскими причинами, эти потери вызвали довольно напряженную ситуацию с судовым составом. 14 апреля, т. е. за трое суток до начала противником операции «Нептун», командующий 18-й армией доложил в штаб Северо-Кавказского фронта, что снабжение войск на Мысхако резко ухудшилось. Для перевозки грузов имелось всего шесть шхун и сейнеров, при помощи которых можно было покрыть около 50 % ежесуточной потребности. Из-за этого с 11 апреля войска на плацдарме получали только 75 % нормы продовольствия. Благодаря этому сигналу НВМБ получило дополнительное количество плавсредств, что оказалось весьма своевременным.
Начиная с апреля противник ставил мины с воздуха лишь эпизодически (если ставил вообще) и выставил еще одно небольшое поле силами катеров (48 мин 1 июня у м. Дооб). Сколько-нибудь заметных результатов это не имело, как и единственная постановка на участке Туапсе – Батуми. Ее 20 сентября близ Поти выполнила подлодка U 20 (9 мин). В апреле 44-го на одной из мин погибла баржа.
Однако все это было не единственными проявлениями минной войны со стороны противника. С момента освобождения Новороссийска в сентябре на повестку дня вышло разминирование освобожденных портов. Отсутствие достаточных сил и современных средств, а конкретно тралов, которые могли бы тралить мины с комбинированными замыкателями, привело к тому, что начавшееся 17 сентября траление продолжалось до 18 января. При этом ценой расхода 2034 глубинных бомб, подрыва и повреждения двух трал-барж и трех катеров-тральщиков были вытралены все 32 донные мины.
Отдельного рассмотрения требуют действия вражеского флота по блокаде малоземельского плацдарма – операция «Нептун».
В связи с угрозой немецкой линии обороны на Таманском полуострове, создаваемой нашим плацдармом в районе Мысхако, вражеское командование в начале апреля приступило к планированию операции по его ликвидации. Задачей флота в этих условиях являлось установление морской блокады Малой Земли, на которую в ночное время нашими малыми судами доставлялись подкрепления и предметы снабжения. Приказ на проведение операции адмирал Черного моря подписал 3 апреля. Его замыслом предусматривалось еженощное в течение всего периода наземной операции нанесение ударов по каждому из участков советской прибрежной коммуникации Туапсе – Мысхако. При этом от Туапсе до мыса Чуговкопас должна была действовать подлодка U 24 (из-за неисправности еще до начала операции ушла в Констанцу и заменена на U 19), от Чуговкопаса до Геленджика – торпедные катера итальянской флотилии, от мыса Дооб до Суджукской косы – флотилия «шнелльботов», от Суджукской косы до пристаней Мысхако – три моторных тральщика с усиленным артвооружением (одно из двух 20-мм автоматических орудий на них было заменено на 37-мм полуавтоматическое). Помимо выполнения основной задачи, немецкое командование рассчитывало, что демонстративные действия катеров заставят советскую сторону усилить противодесантную оборону в районе Геленджика, тем самым отвлекут часть сил, подготовленных для отправки на Малую Землю. Общая продолжительность операции, по предварительным оценкам, должна была составить две ночи. В качестве базы блокадных сил была определена Анапа, ПВО которой была усилена за счет переброски на здешний аэродром двух эскадрилий истребителей.
Тральщики прибыли в базу 12 апреля, но тут выяснилось, что из-за погодных условий операция начнется позже, чем запланировано. До ее начала «раумботы» успели совершить три групповых выхода к Мысхако, причем в ходе последнего вступили в артиллерийский бой с кораблями нашего конвоя, что, впрочем, не имело никаких последствий. После серии переносов наземное наступление было назначено на утро 17 апреля. Для флота этот перенос был весьма нежелателен, поскольку наступил период полнолуния, практически исключавший возможность внезапных атак.
Днем 17 апреля в Анапу перешли пять немецких (в т. ч. два с 40-мм автоматическими пушками) и семь итальянских торпедных катеров, которые тем же вечером вышли на отведенные участки. В первую же ночь в результате активных действий немецких катеров и тральщиков снабжение на плацдарм было сорвано – сойти на берег смогли только 130 бойцов пополнения. Погибли два сейнера, причем в их уничтожение вклад внесла как дальнобойная артиллерия, так и «шнелльботы», выпустившие по причалам 10 торпед. Поскольку положение на Малой Земле складывалось критическое, реакция вышестоящего командования последовала немедленно. Днем 18-го Ставка ВГК своей директивой № 30093 потребовала от командующего ЧФ решительных действий по поддержке десантной группы и безусловного обеспечения ее коммуникаций. После этого охранение конвоев было усилено с пяти до 10–11 сторожевых и торпедных катеров. Совместно с береговыми батареями (несколько батарей было развернуто и на плацдарме), прожекторами и использовавшимися в качестве ночных бомбардировщиков летающими лодками МБР-2 они успешно противодействовали всем попыткам противника прорваться к конвоям и в последующие ночи ни разу не допустили срыва снабжения. До 24 апреля, когда операция была прекращена, противник произвел в общей сложности 23 катеро-выхода «шнелльботов» (по судам и причалам ими была выпущена 31 торпеда), 21 итальянских катеров и 15 тральщиков. Наш флот потерял в результате артиллерийских и бомбовых ударов три сейнера, баржу, мотобот и речной тральщик, на минах – два сторожевых катера. В боях с кораблями противника пострадали три сторожевых и один торпедный катер. Вражеские блокадные силы потеряли итальянский катер, поврежденный в Анапе попаданием авиабомбы и не восстановленный впоследствии, кроме того, в боях незначительные повреждения получили тральщик и немецкий торпедный катер. Главным же итогом стало то, что, несмотря на ожесточенное противодействие противника и связанные с ним потери, объем доставленных в апреле на плацдарм грузов не только не снизился, а даже несколько возрос. Так, в марте на Малой Земле были выгружены 3966 человек, 19 орудий, 2095 т грузов, в апреле – 9554, 24 и 2104 соответственно.