Подобные прожекты отнимали время и средства. Между тем в критическую для вермахта зиму 1941–1942 годов партизаны, из-за нехватки мин и взрывчатки, не смогли оказать сколько-нибудь значительного воздействия на коммуникации Восточного фронта, что помогло вермахту устоять перед советским контрнаступлением.
Москва сразу же постаралась поставить все созданные партизанские отряды под свой контроль. Сначала партизанским движением руководили Военные Советы соответствующих фронтов и находившиеся при них представители НКВД, а также компартии союзных республик и обкомы подвергшихся оккупации областей РСФСР. В конце декабря 1941 года П.К. Пономаренко приступил к формированию Центрального штаба партизанского движения, но уже через месяц эта работа была остановлена. Глава НКВД Л.П. Берия подал записку Сталину, где возражал против формирования такого штаба. Он считал, что партизанами должно руководить НКВД, которое только и сможет со своими кадрами организовать эффективные диверсии во вражеском тылу. 30 мая 1942 года при Ставке Верховного Главнокомандования был создан Центральный штаб партизанского движения во главе с первым секретарем компартии Белоруссии Пантелеймоном Кондратьевичем Пономаренко. Ему подчинялись штабы партизанского движения в некоторых оккупированных республиках и областях. К тому времени выяснилась зависимость партизанских отрядов от снабжения по воздуху оружием и боеприпасами, а в некоторых случаях, если речь шла о малонаселенных территориях Карелии и российского Северо-Запада или о горах Крыма – то и продовольствием. Центральный штаб в этом отношении располагал значительно большими возможностями, чем командование отдельных фронтов, поскольку мог привлекать для помощи партизанам авиацию дальнего действия и транспортную авиацию центрального подчинения. Кроме того, в сентябре 1942 года главнокомандующим партизанским движением был назначен член ГКО и Политбюро Климент Ефремович Ворошилов, которому был подчинен Центральный штаб партизанского движения. Однако очень скоро выяснилось, что аппарат главнокомандующего и аппарат штаба дублировали друг друга, и что Ворошилов превратился просто в еще одну передаточную инстанцию между Центральным штабом партизанского движения и Ставкой. Поэтому уже 19 ноября 1942 года, в день начала контрнаступления под Сталинградом, пост главнокомандующего партизанским движением был упразднен «в целях большей гибкости руководства партизанским движением, во избежание излишней централизации». Отставка Ворошилова стала фактически победой Пономаренко, недовольного, что в аппарате ЦШПД тот заменил бывших партийных работников армейскими офицерами. И.Г. Старинов, один из создателей и руководителей диверсионных подразделений, напротив, сожалел об уходе Климента Ефремовича: «Будучи Главнокомандующим партизанским движением, маршал К.Е. Ворошилов по существу превратился в Главнокомандующего партизанскими силами, так как, будучи членом Политбюро ЦК ВКП(б), мог быстро осуществить согласование действий партизанских формирований не только руководимых штабами партизанского движения, но отрядами и группами, руководимыми НКВД, ГРУ и начальниками инженерных войск. После ликвидации поста Главнокомандующего партизанского движения начальник ЦШПД по сути остался только с партизанскими формированиями, руководимыми штабами партизанского движения. И это приводило к тому, что на одном направлении иногда в одну ночь проводилось до десятка диверсий, но перерыв в движениях на участке вызывала только одна диверсия, ликвидация последствий которой была наиболее длительной. Остальные диверсии на пропускную способность участков влияли мало или даже вовсе не влияли и только приводили к расходу сил и средств на ликвидацию последствий диверсии (и, замечу, заставляли партизан тратить на эти диверсии свои силы и весьма ограниченные запасы взрывчатки. – Б.С.).
После упразднения поста Главнокомандующего партизанским движением деятельность ЦШПД стала как бы замирать. Продолжалась только кропотливая и весьма полезная работа по налаживанию радиосвязи с партизанскими формированиями. Планировались, но слабо обеспечивались осенне-зимние операции. Управления ЦШПД были преобразованы в отделы, и из штаба ушли весьма опытные и энергичные работники: генералы Сивков и Хмельницкий» (последний был многолетним адъютантом Ворошилова).
До осени 1942 года деятельностью ЦШПД руководили Пономаренко и представители НКВД и Главного разведуправления Красной армии. Затем П.К. Пономаренко стал единственным руководителем штаба.
Все-таки, как представляется, Старинов преувеличивал возможности Ворошилова. К осени 1942 года Сталин уже полностью разочаровался в способностях Климента Ефремовича как военного деятеля. Никаким авторитетом ни в Ставке, ни в ГКО, ни в Политбюро он не обладал и вряд ли бы мог оказать существенную помощь партизанам. Другое дело, что Пономаренко, как старый партийный руководитель, не обладавший опытом ведения партизанской или диверсионной войны, первое время упор делал на массовость партизанских отрядов и на их контроль над более или менее значительными по площади территориями в тылу врага. Между тем наибольший урон врагу наносили как раз точечные диверсии немногочисленных, но хорошо подготовленных диверсионных групп. Именно их деятельность в наибольшей мере сказывалась на положении на фронте. Но вместе с тем необходимо принять во внимание, что одной из важных задач партизан было уничтожение коллаборационистов и чинов оккупационной администрации, чтобы не дать возможность противнику эффективно эксплуатировать оккупированные территории. Для этой цели требовались как раз достаточно многочисленные отряды, причем уровень подготовки партизан здесь не играл большого значения.
На практике требовалось сочетать действия отрядов и диверсионных групп, но в целом в советском партизанском движении резко преобладали партизанские отряды и бригады численностью в несколько сот, а иногда и в несколько тысяч человек. Тут приходилось учитывать также желание жителей оккупированных территорий и окруженцев бороться с врагом, причем начиная с 1943 года ряды партизан все охотнее пополняли бывшие полицейские и бойцы коллаборационистских военных формирований. А вот хорошо подготовленных разведывательно-диверсионных групп советскому командованию не хватало всю войну. Здесь сказалось общее свойство советской системы – упор на количество, а не на качество, настороженное отношение к подготовке особо квалифицированных специалистов, тем более в такой деликатной области как диверсии. Иметь слишком много подготовленных диверсантов боялись – а то как бы они не стали после войны применять свои знания внутри страны.
В августе 1942 года была создана инженерная бригада особого назначения, подчинявшаяся Ставке Верховного Главнокомандования, и по одному инженерному батальону особого назначения в составе каждого фронта. Они предназначались для диверсий в немецком тылу. Однако из-за недостатка самолетов для переброски далеко за линию фронта диверсанты действовали в основном в прифронтовой полосе.
Стоит отметить, что в советском партизанском движении также активно участвовали истребительные батальоны НКВД. В конце июня 1942 года заместитель начальника штаба истребительных батальонов майор госбезопасности Александров докладывал Берии: «На основании постановления СНК СССР от 24 июня 1941 г. “О мероприятиях по борьбе с парашютными десантами и диверсантами противника” и приказа НКВД СССР № 00804 от 25.6.41 в областях, объявленных на военном положении, было приступлено к формированию истребительных батальонов. К 30 июня было сформировано 1489 батальонов, численностью в 227 201 чел.