Когда в 1689 году 17-летнего Петра опять собирались убить поднятые Софьиными сторонниками стрельцы и только предупрежденный случайным перебежчиком из этого лагеря Петр успел ускакать в одной рубашке и скрыться в Троицком монастыре, эта идея должна была еще более окрепнуть. И, получив полную власть, разогнав сторонников Софьи, молодой царь постепенно приступит к воплощению этой идеи в жизнь.
На рубеже XVII и XVIII веков Петру пришлось подавить множество заговоров против своей власти. И с каждым разом он все больше утверждался в мысли, что ни гвардия, ни преображенцы с их размытыми функциями, ни созданная им обычная городская полиция не могут до конца решить эту проблему контроля за государственной безопасностью в отстраиваемой им империи. Армия годилась для расстрела бунтующих толп стрельцов, но выявить их заговор до его начала никак уж не могла. Преображенцы хватали тех, на кого указали добровольно-стихийные доносчики или сам император Петр, усердно выбивали из арестованных показания, но наладить оперативную работу и создать постоянную агентуру осведомителей в обществе не могли. Характерно, что Петр, поняв интуитивно эту тупиковость Преображенского приказа, не стал создавать свою спецслужбу на его основе, а, построив ее здание отдельно от приказа, дал ему доживать по инерции параллельно Тайной канцелярии с заботами о сгоне рекрутов и армейском снабжении. Остатки же важнейшего ранее органа сыска он со свойственной ему практичностью тоже не закрыл, а приспособил под службу тылового снабжения армии, и в этом виден петровский образ мысли. Обычная полиция ни в одном государстве спецслужбу по понятным причинам заменить не может. Схватить пьяного, говорящего антиправительственные речи в кабаке или на улице, может, а выявить серьезный заговор среди властной элиты или армейского генералитета уже нет. К тому же петровская полиция кроме привычных нам сегодня полицейских функций была, как и преображенцы, занята массой посторонних дел наподобие надзора за закрытием уличных ворот или борьбой с пожарами в городах.
Все это Петр понимал с каждым подавленным заговором все острее, видел это на конкретных, очень доказательных примерах. Вот даже если взять дело о заговоре Соковнина, по которому в числе главных заговорщиков арестовали и упоминаемого Пушкиным его предка — стольника Федора Пушкина. Это еще 1697 год. Заговорщики под началом окольничего Алексея Соковнина собирались убить царя во время большого московского пожара и захватить власть. Поскольку они знали, как Петр любит ездить на тушение пожаров, то и пожар предполагалось организовать умышленно, пользуясь этой страстью царя. У них уже был разработан план, и никто не пресек бы заранее их выступление, если бы два участника заговора не донесли о нем самому Петру Алексеевичу. Работу сыска подменили опять доносчики-инициативники, но не это главное в истории заговора Соковнина, а процедура ареста лидеров заговора. Перебежчики из стана заговорщиков в тот день нашли Петра в его любимой Немецкой слободе, где он беспечно предавался очередной пьянке со своим любимцем Францем Лефортом, швейцарским офицером на русской службе. Возможно, именно это состояние опьянения определило дальнейшие сумбурные действия царя в этот день. Услышав от доносчиков о заговоре, Петр в своем стиле вспыхнул, вызвал к себе некоего капитана гвардии Лопухина и отправил его с отрядом солдат на квартиру Соковнина для ареста находившихся там главных заговорщиков. Но и сам не утерпел, помчался туда же по московским улицам с одним лишь ординарцем, да так спешил, что успел в штаб заговорщиков еще до подхода Лопухина с его ротой солдат. Здесь Петр проявил себя опять же в привычном для него стиле. Он сначала ударил в лицо самого Соковнина, объявив тому об аресте, а затем развернулся и ударил запоздавшего со своим подходом капитана Лопухина. Картина по нашим современным меркам сюрреалистичная: правитель с одним помощником сам летит для ареста лидера государственного переворота, опережая собою же направленный «спецназ», да еще лично кулаком молотит и преступника за измену, и командира спецназа за опоздание. Не говоря уже о том, как Петр рисковал собственной жизнью, ведь Соковнину с товарищами терять было уже нечего, они могли попытаться убить царя в отчаянии. Без сомнения, и Петр запомнил эту нелепую ситуацию. Тем более что Соковнин и на допросах указывал на то, что план заговора и покушения на царя строился с учетом этого пренебрежения Петром личной охраной и недостаточного уровня тайного сыска при петровской власти тех лет. В показаниях Соковнина осталось этому свидетельство: «Ездит государь вокруг посольского двора постоянно одначеством [в одиночку], и в то время ночью стрельцы подстерегли и убивство можно им учинить, и на пожаре бывает малолюдством — нет того лучше, чем тут учинить».
Преступников Лопухин все же отконвоировал затем в Преображенский приказ. Среди заговорщиков опять оказались стрельцы и их полковник Иван Цыклер. Соковнина, Цыклера и еще несколько заговорщиков после следствия четвертовали. Не случилось ни переворота, ни очередного стрелецкого путча, ни покушения на царя, ни большого пожара, который заговорщики в ненависти к Петру не боялись организовать в деревянной Москве с риском больших жертв и разрушений в городе. Но император должен был уже тогда сделать выводы — нужна отдельная служба для выявления таких заговорщиков, их ареста и следствия по таким делам.
В 1698 году во время нахождения Петра в длительном отъезде в Европу стрельцы поднялись в очередной раз под знаменами староверов, подбадриваемые слухом о смерти царя за границей, и пошли на Москву. Оставленный Петром главным в стране Федор Ромодановский растерялся и попытался вступить с мятежниками в переговоры. Узнав об этом, Петр бросился в Россию. В этот год он окончательно понял, что из преображенцев настоящего органа тайного сыска не создать, они хороши только как каратели уже выявленных злоумышленников. В письме с дороги он ругает не оправдавшего его надежд Ромодановского, а с ним и всю свою несовершенную систему государственной безопасности: «Зело мне печально и досадно на тебя, для чего ты сего дела в розыск не вступил. Богу тебя судить! Я не знаю, откуда на вас такой страх бабий! Неколи ничего ожидать с такой трусостью!»
Этот стрелецкий бунт был просмотрен Ромодановским, как свидетельствует история, из-за загруженности оставленного главным в стране князя-кесаря другими государственными заботами и традиционной причиной — очередным долгим запоем в отсутствие царя. Мятеж, как и в 1682 году, вызревал долго и готовился почти в открытую. Высланные на польские границы стрельцы сбегали, засылали в Москву своих разведчиков, смогли связаться с заключенной в Новодевичьем монастыре опальной царевной Софьей и убедиться в широкой поддержке своего выступления среди москвичей. В Преображенский приказ к Ромодановскому регулярно доставляли таких лазутчиков и агитаторов, утверждавших на улицах, что Петр погиб за границей, а немцы-еретики привезут вместо него своего агента-двойника для истребления Руси и ее старой веры, что нужно всем подниматься и идти на Кремль, опять сажать на трон свергнутую Софью Алексеевну. И при всем этом известие о том, что четыре стрелецких полка, перебив командиров, идут боевым порядком брать Москву, Ромодановского выдернуло из затянувшегося празднования и ввергло во временный шок. Имея в тот момент всю полноту власти в России и орудие Преображенского приказа под рукой, Федор Юрьевич несолидно заметался, а затем затеял мирные переговоры со стрельцами, чем и разгневал своего сверхрешительного правителя. Ведь положение для власти Петра действительно складывалось угрожающее: прорвись стрельцы в Москву, их там встретила бы мощная пятая колонна в лице заточенной в монастырь Софьи, антипетровского боярства, собственных стрелецких семей и огромного количества москвичей, бывших совсем не в восторге от «прогрессивных» реформ Петра через всеобщее принуждение к ним.