23.09.1941. «М-74» (на момент гибели находилась на консервации). Потоплена при налете немецкой авиации у выхода из средней гавани Кронштадта. В 1942 году поднята и сдана на хранение, но 2 декабря 1944 года отправлена на разборку.
05.10.1941. Плавучие зарядовые станции, бывшие подводные лодки типа «Барс»: «Б-7» «Красноармеец», первоначально «Леопард» и «Б-8» «Товарищ», первоначально «Тур». Затонули в результате огня немецкой полевой артиллерии в Ораниенбауме. В 1944 году подняты и сданы на слом.
10.1941. «С-8» (командир капитан-лейтенант И. Я. Браун). Погибла на мине заграждения «Вартбург» в 10 милях юго-восточнее маяка Несбю (южная оконечность острова Эланд). Погибло 48 (53) человек. Найдена в июле 1999 года в месте с координатами: 56°10′7″ с.ш./16°39′8″ в.д. До этого считалось, что «С-8» погибла после 12.10.1941; на мине западнее острова Кери в Финском заливе.
12.10.1941. «Щ-322· (командир капитан-лейтенант В. А. Ермилов). Погибла на мине западнее острова Гогланд в Финском заливе. Погибло 37 человек.
30.10.-01.11.1941. «Калев» (командир капитан-лейтенант Б. А. Ныров). Пропала без вести. 29 октября вышла в боевой поход с задачей высадки разведгруппы в районе Таллина и постановки минного заграждения. Больше на связь не выходила. Вероятно, подорвалась на мине западнее острова Найссар. Погибло 38 человек.
09.11.1941. «Л-1» «Ленинец» (командир капитан 3-го ранга С.С. Могилевский). Находилась на ремонте. Стояла на Неве в Ленинграде. Повреждена при артобстреле и затонула от повреждений в прочном корпусе. В 1944 году поднята и сдана на слом.
06-10.11.1941. «Щ-324» (командир капитан-лейтенант Г. И. Тархнишвили). Пропала без вести. Вероятно, погибла на мине в западной части Финского залива. Погибло 39 человек.
14.11.1941. «Л-2» «Сталинец» (командир капитан-лейтенант А. П. Чебанов). Следовала на минную постановку в составе четвертого конвоя на Ханко. Подорвалась на мине в районе острова Кери в Финском заливе. Погибло 50, спасено 3 человека.
14.11.1941. «М-98» (командир капитан-лейтенант И. И. Беззубиков). Погибла на мине в районе острова Кери в Финском заливе, находясь в охранении четвертого конвоя на Ханко. Погибло 18 человек.
24.04.1942. «Щ-411» (недостроена). Затонула в Неве в Ленинграде в результате полученных повреждений от артогня противника. Поднята. После окончания войны введена в строй.
13.06.1942. «Щ-405» (командир капитан 3-го ранга И. В. Грачев). Подорвалась на мине в районе острова Сескар при переходе в надводном положении из Кронштадта на Лавенсари или погибла в результате аварии. Погибло 36 человек.
15.06.1942. «М-95» (командир капитан-лейтенант Л. П. Федоров). Подорвалась на мине и погибла в районе острова Суурсари или, получив повреждения от подрыва и не имея возможности погружаться, была добита финским самолетом. Погибло 14 человек.
12.07.1942. «Щ-317» (командир капитан-лейтенант Н. К. Мохов). Потоплена глубинными бомбами шведского эсминца «Стокгольм» севернее острова Эланд. Найдена на грунте точки с координатами 57°52′ с.ш./16°55′ в.д. в 1999 году. До последнего времени считалось, что лодка подорвалась на мине и была добита глубинными бомбами минного заградителя «Руотсинсалми», сторожевого катера «VMV-6» (по другим данным — «VMV-16») и финского самолета в районе Калбодагрунда 15.07.1942. Погибло 42 человека.
11.09.1942. «М-97» (командир капитан-лейтенант Н. В. Дьяков). Подорвалась на мине заграждения «Насхорн» юго-западнее Порккалан-Каллбода. Весь экипаж (19 человек) погиб. В 1997 году обнаружена на грунте в точке с координатами 59°50′ с.ш./24°30′ в.д. До последнего времени считалось, что лодка потоплена 15.08.1942 сторожевым катером «VMV-5» к северу от Суурсаари или погибла на мине 14–15.08.1942 у острова Лавенсари.
03-06.10.1942. «Щ-320» (командир капитан 3-го ранга И. М. Вишневский). Пропала без вести. Возможно, подорвалась на мине в Финском заливе или потоплена германскими кораблями ПЛО вечером 3 октября у острова Гогланд. Иногда указывается, что подводная лодка стала жертвой торпеды финской подводной лодки «Ику Турсо» в районе Утё 27 октября 1942 года, что не соответствует действительности. Погибло 37 человек.
11-13.10.1942. «Щ-302» «Окунь» (командир капитан-лейтенант В. Д. Нечкин). Подорвалась на мине заграждения «3ееигель» севернее острова Суур Тутрсаари. Предположительно осталась на плаву и 14.10.1942 г. была добита финской авиацией. Погибло 37 человек.
15.10.1942. «Щ-311» «Кумжа» (командир капитан 3-го ранга А. С. Пудяков). Потоплена финскими сторожевыми катерами «VMV-13» и «VMV-15» у Порккала или ими же 12.10.1942 южнее острова Тайкерсаари. Погибло 38 человек. Есть пленные.
21.10.1942. «С-7» (командир капитан 3-го ранга С. П. Лисин) торпедирована ПЛ «Весихииси» (командир капитан-лейтенант О. Айтола) в 10–15 милях севернее маяка Содерарм в Аландском море. Спасено 4 человека, в том числе командир. В 1993 году найдена в точке с координатами 59°50′7″ с.ш./19°32′2″ в.д. и обследована на глубине 30–40 м шведскими водолазами.
10.1942. «Щ-308» «Семга» (командир капитан 3-го ранга Л. Н. Костылев). Пропала без вести. Возможно, стала жертвой торпед финской субмарины «Ику Турсо» (командир капитан-лейтенант Е. Паккола) на переходе к проливу Серда-Кваркен у острова Утё 27 октября 1942 года либо была потоплена ударом противолодочного корабля «Шифф-47» 19 октября 1942 года в районе Утё. Могла погибнуть на пути домой от полученных повреждений в результате этого удара. Возможно, уничтожена у острова Тайкесаари глубинными бомбами и артогнем финского сторожевого катера «VMV-2» 20 октября 1942 года. Не исключен подрыв подлодки на мине заграждения «Насхорн», «Юминда» или «Зееигель». Весь экипаж лодки (40 человек) погиб.
После 29.10.1942. «Щ-304» «Комсомолец» (командир капитан 3-го ранга Я. П. Афанасьев). Пропала без вести со всем экипажем (42 человека). Вероятно, погибла на мине в Финском заливе.
05.11.1942. «Щ-305» «Линь» (командир капитан 3-го ранга Д. М. Сазонов). Таранена финской ПЛ «Ветехинен» (командир капитан-лейтенант О. Лейко) северо-восточнее Симпнаса в Аландском море.
12-16.11.1942. «Щ-306» «Пикша» (командир капитан-лейтенант Н. И. Смоляр). Пропала без вести. Предположительно подорвалась на мине в Финском заливе. Погибло 40 человек (весь экипаж).
01.05.1943. «Щ-323» (командир капитан 2-го ранга А. Г. Андронов). Подорвалась на донной мине в Морском канале Ленинграда. Погибло 40, спасено 5 человек. В 1944 году поднята и сдана на слом.
23.05.1943. «Щ-408» (командир капитан-лейтенант П. С. Кузьмин). После длительного преследования потоплена группой финских кораблей, включающей в себя минные заградители «Риилахти» и «Руотсинсалми» и авиацией в районе маяка Вайндло. По советской версии, вынуждена была всплыть и вступить в артиллерийский бой с пятью немецкими сторожевыми катерами. Погиб 41 человек.
01.06.1943. «Щ-406» (командир капитан 3-го ранга Е. А. Осипов). Пропала без вести. Возможно, потоплена огнем финского минного заградителя «Риилахти» и немецкого самолета «Арадо-196» или позднее подорвалась на мине. Погибло 39 человек.