К делам религии Иоанн в целом был равнодушен. Когда место архиепископа Кентерберийского освободилось в 1205 году, король отказался кого-либо на него назначить. Он хотел, чтобы деньги от богатого прихода шли в его казну. Это был механизм, который он в прошлом использовал с другими епископствами. Папа Иннокентий III закрывал на это глаза, понимая королевские нужды, но его терпение не было безграничным. В 1207 году он назначил нового архиепископа Кентерберийского Стефана Лэнгтона. Возможно, Лэнгтон был далеко не лучшим выбором: он был англичанином из Линкольншира, но получил степень профессора теологии в университете Парижа. Также он был кардиналом-священником базилики Святого Хрисогона в Риме и каноником кафедрального собора в Йорке.
Иоанн в свойственной ему манере впал в ярость, градус которой постепенно повышался. Как это папа вмешался в дела его королевства? Он сам, как и его предшественники, будет назначать тех епископов и архиепископов, которых считает верными себе. Иоанн отказался признать право папы назначить архиепископа Кентерберийского без королевского позволения. Он изгнал из Англии кентерберийских монахов, которые выполнили требования папы. Он захватил все английские представительства итальянских епископов. Он отказался впускать в страну папских легатов. Весной 1208 года папа наложил на Англию интердикт, запрещающий проведение любых церковных служб; не должно было осуществляться никаких таинств, кроме крещения для новорожденных и последнего отпущения грехов для умирающих. Матфей Парижский, описывая этот интердикт, проиллюстрировал его изображением колоколов со связанными канатами. Святое время приостановилось.
Король ответил на это конфискацией всех церквей и церковных земель, заявив, что если церковь не функционирует, то и собственность ей не нужна. Иоанн был официально отлучен от церкви в 1209 году, что теоретически означало: администрация из числа священников не должна больше служить ему и подчиняться его приказам. Некоторые священнослужители покинули королевский двор и отправились на континент, но было более чем достаточно относящихся к духовенству юристов и администраторов, чтобы заставить работать государственную машину и церковь; по имеющимся данным, большинство епископов оставалось в Англии во время действия интердикта. Сама страна была достаточно безразлична к недовольству папы. Она никогда не обращала особого внимания на распоряжения Святого престола. Глубокая преемственность английской жизни и светские традиции оставались прежними. В результате начались долгие переговоры между английским двором и Святым престолом. В конце концов король вроде бы согласился принять Стефана Лэнгтона в своем королевстве, при условии, что это никогда не будет рассматриваться как прецедент. Ни одному папе в будущем не будет дозволено назначить архиепископа Кентерберийского без королевского одобрения. Папа требовал лучших условий. Это была война.
Говорят, что заботы наваливаются на королей разом и что темные небеса предвещают шторм. Первые признаки восстания внутри страны появились в 1209 году, когда некоторые северные бароны начали переговоры с королем Франции о возможном вторжении. Не случайно именно в этот год Иоанн отправился на север, чтобы подчинить себе короля Шотландии Вильгельма. Также он заботился о том, чтобы укрепить власть над своими северными землями. Вся конспирация пошла прахом. Три года спустя король счел необходимым укрепить свои замки, особенно в приграничных регионах, где магнаты всегда были более независимы. Пошли слухи о том, что бароны планируют свержение короля. В свою очередь, Иоанн потребовал заложников от самых несговорчивых из них. В 1213 году он сровнял с землей замки одного из магнатов, Роберта Фиц-Уолтера, который, как считалось, планирует восстание; после этого между ними вновь установился хрупкий мир.
Король был окружен слишком большим количеством врагов, и назрела необходимость задобрить самого важного из них. Ходили слухи, что в первые месяцы 1213 года папа Иннокентий III послал открытое письмо, низлагающее Иоанна и поощряющее короля Филиппа Августа захватить Англию. Как бы то ни было, весной Иоанн сдался. 15 мая он согласился принять все требования папы. Он даже пошел дальше. Он согласился передать свою страну папе и получить ее обратно как феодальное владение; он практически согласился стать феодальным вассалом папы. За тем, что казалось жалким поражением, стояло несколько веских причин. Король Филипп, который уже собирал армию, чтобы переплыть Ла-Манш, был вынужден отменить свое вторжение. Он не мог нападать на новое владение папы. Статус короля как вассала папы также мог остановить его мятежных баронов. Как показали последовавшие события, папа Иннокентий III сам стал защитником королевской власти от посягающих на нее подданных. Король Иоанн также превратился в недавно благословленного представителя Бога. Как постановил папский легат в Англии, «лорд-король — это еще один человек, которого коснулась благодать Господа».
Тогда лорд-король решил закрепить свое преимущество и сделать еще одну попытку отобрать свою Анжуйскую империю у французского короля. На следующий год он создал коалицию принцев, среди которых были император Священной Римской империи Оттон IV и граф Фландрский, и отправился завоевывать французские земли. Граф и император двинулись на французскую армию с северо-востока, а король Иоанн — из Пуату, с запада. План был великолепен, но его воплощение в жизнь не выдерживало критики. Произошло много бестолковых стычек и схваток, и 27 июля 1214 года силы Иоанна и Оттона были наголову разбиты королем Филиппом около местечка Бувин. Это была последняя битва за Анжуйскую империю. Иоанн потерял все, о чем так беспокоился.
Поражение в битве при Бувине стало прелюдией к восстанию баронов. Магнатов не слишком взволновала потеря империи, но они были в ярости от того, сколько денег ушло на это провальное мероприятие. Это окончательно подтвердило их мнение о том, что король не способен принимать решения и вести войны. После поражения возникло то, что получило название «баронская партия», ее сплотили многочисленные мотивы и недовольство, которые уже высказывались раньше. Повышение налогов и сборов, преобладающее влияние «дурных советников», а также то, что подошло к концу их социальное и военное превосходство, — все это мятежные бароны предъявили авторитарному и жестокому анжуйскому правлению.
Главные центры восстания находились на севере, западе и в Восточной Англии, но бароны не обязательно объединялись в заметные или сплоченные группы. Семьи пошли против семей, районы против районов. Группа из 39 баронов (всего их было 197) участвовала в открытом бунте против короны, у них было примерно столько же преданных сторонников. Остальные оставались в неопределенности и, возможно, боялись будущего.
Неожиданного союзника бунтари нашли в лице нового архиепископа; после своего возвращения в Англию Стефан Лэнгтон зафиксировал старые принципы в документе под названием Leges Henrici Primi, заявив, что от короля нельзя требовать ничего, кроме как действовать «по праву и благоразумно, по закону страны и по справедливости и в соответствии с решениями суда». Это явно никак нельзя было отнести к манере короля Иоанна управлять страной.
Король и мятежные бароны несколько раз встречались, но едва ли добились какого-то успеха. Папу убедили написать восставшим и запретить использовать силу против своего миропомазанного короля. Он писал и Стефану Лэнгтону, обвиняя архиепископа в том, что тот стал на сторону баронов. Затем король пошел на то, что считал ловким ходом. 4 марта 1215 года он принял крест крестоносца. Кто решится пойти против рыцаря Христова?