Маруся работала в одном из сельскохозяйственных учреждений, трудясь по 13–14 часов в сутки за скромный оклад, прибавлявшийся к пособию от ОГПУ (6 руб. 25 коп.), выдаваемому политическим ссыльным. В ней проснулась страсть к писательскому труду и обнаружились незаурядные способности. В относительно демократичные 20-е годы она написала книгу о Нерчинской каторге, которая была напечатана в журнале «Каторга и ссылка» и вышла отдельным изданием. Александра Измайлович тоже опубликовала свои воспоминания в этом историко-революционном вестнике, издаваемом в Москве с 1921 по 1935 годы.
К этому времени сильно изменился состав правящей верхушки страны. 21 января 1924 года умер, не назначив преемника, Ленин. Началась борьба за власть над Россией между Троцким и Сталиным. Перед смертью вождя Сталин ограничил доступ к нему сторонников, окружил его вниманием, постоянно навещая больного в Горках. Троцкий не был в Горках ни разу, но считал свое лидерство в партии делом решенным, не допуская и мысли, что Сталин — эта «выдающаяся посредственность» — может его обойти. Но тот ловко разыграл партию. Вначале переманил на свою сторону большинство членов Политбюро, напуганных диктаторскими замашками Троцкого. Затем, когда Ильич умер, Сталин сделал все, чтобы его соперник не попал на похороны, а сам предстал в глазах народа главным наследником вождя. Л.Д. Троцкий, Г.Е, Зиновьев и Л.Б. Каменев сблокировались для борьбы против И. Джугашвили, но это было сделано с большим опозданием, так как позиции Сталина и его сторонников Н.И. Бухарина, А.И. Рыкова и М.П. Томского стали весьма сильны. Так называемая «объединенная оппозиция» в конце 1927 года потерпела поражение. Почуяв неладное, Троцкий попросил отправить его в Германию «простым солдатом революции». Сталинское политбюро отказало, а в январе 1925 года сместило его с поста наркома, сделав председателем маловажного Электротехнического комитета. В 1928 году Сталин сослал Троцкого в Алма-Ату и через год депортировал из СССР. В 1940 году Троцкий был убит в Мексике агентом советских спецслужб. Все видные представители антисталинского блока были исключены из партии, а впоследствии уничтожены.
«К тому времени, — вспоминала И.К. Каховская, никто из нас четверых не считал возможным борьбу пробив линии большевиков; ни с какой оппозицией мы не солидаризовались идеологически, а тем более практически и с величайшим удивлением и волнением читали показания зиновьевцев, не веря своим глазам».
Неизвестно, имела ли Маруся какое-либо мнение о событиях, происходящих в Москве, но политической деятельностью она больше не занималась. Фактически она «разоружилась». «С 1922 г. я считаю партию левых социалистов-революционеров умершей. В 1923-24 гг. это уже агония. И без надежд на воскрешение, ибо рабочие и крестьянские массы ни на какие лозунги самого обольстительного свойства не поддадутся», — объясняла она впоследствии. В письмах к друзьям она описывала местную природу и условия жизни, в свободные часы читала в оригинале французских классиков.
Подругам было не скучно вместе, они вспоминали яркие события своего прошлого. Особенно любили слушать рассказ Ирины Каховской о киевском покушении на генерала Германа фон Эйхгорна, командующего группой армий «Киев», которая оккупировала южные районы Белоруссии, России и Украину. Он должен был обеспечить поставку зерна и продовольствия для изможденной в годы Первой мировой войны кайзеровской Германии. Эйхгорн, по воспоминаниям П. Скоропадского, — «был уважаемый дед в полном понимании этого слова, умный, очень образованный, с широким кругозором, доброжелательный, недаром же он внук философа Шеллинга. Ему не были присущи спесивость и заносчивость, которые иногда встречались среди немецкого офицерства».
Ирина вместе с возлюбленным, 24-х летним матросом Борисом Донским организовала теракт против Эйхгорна. 30 июля 1918 года в центре Киева раздался оглушительный взрыв, Эйхгорн был убит. Об этом эпизоде написал в «Белой гвардии» Михаил Булгаков: «Среди бела дня, на Николаевской улице… убили не кого иного, как главнокомандующего германской армией на Украине, фельдмаршала Эйхгорна, неприкосновенного и гордого генерала, страшного в своем могуществе, заместителя самого императора Вильгельма!». Спастись бегством террорист не смог и не захотел. Донского схватили и после страшных пыток 10 августа повесили.
Ирина попала в засаду возле дачи, где террористы устроили свою базу. Решением военно-полевого суда почти через месяц после казни Донского — в середине сентября 1918 года — ее приговорили к смерти через повешенье. Но по германским законам казнь женщины могла свершиться только после утверждения приговора кайзером. По разным причинам его согласие задерживалось. Голоса в защиту террористки стали раздаваться с разных сторон: в Москве Спиридонова опубликовала статью «Спасайте Ирину Каховскую!», на Украине ее освобождения требовали повстанцы во главе с Нестором Махно. В дело освобождения Каховской вмешался ЦК левых эсеров, непосредственно обратившийся к немецкой организации «Союз Спартака». Ответ был такой: террористка оставит тюрьму, когда из Киева уйдет последний немецкий солдат. Но и после этого Каховская находилась в заключении. Лишь благодаря настоятельному ходатайству высокопоставленного чиновника Центральной Рады она вышла на свободу в январе 1919 года.
Увидев, как попирают большевики идеалы революции и бросив им свое «Открытое письмо», в начале августа Ирина выехала обратно в Киев во главе группы боевиков вместе со своим помощником, талантливым астрономом, во время Первой мировой войны превратившимся из студентов Московского университета в прапорщика на австро-венгерском фронте, Михаилом Жуковым. После нескольких переездов из одного города в другой, боевики выследили маршрут передвижения главнокомандующего Вооруженными силами Юга России А.И. Деникина по Ростову-на-Дону и предполагали атаковать его автомобиль. Каховская вспоминала о том, как они наметили план действий: «Если первым снарядом будет лишь испорчена машина — вторым удастся поразить пассажиров». Осуществить эту операцию не удалось, поскольку боевиков внезапно свалил тиф. Каким-то чудом, после мытарств по съемным квартирам без медицинской помощи, им удалось выжить и дождаться занятия Ростова в январе 1920 года Красной армией. Каховская с Жуковым сразу приступили к восстановлению местной левоэсеровской организации, проведя несколько митингов и выпустив программную листовку. Работу эту пришлось свернуть, когда большевики запретили деятельность эсеров. После этого они выехали в Харьков, а оттуда в Москву. По дороге Каховская заболела возвратным тифом и из-за тяжелых осложнений полгода провела в больнице на станции Ховрино, где за ней, как верный рыцарь, ухаживал живший по нелегальным документам Михаил Жуков.
И вот теперь, несмотря на героическое прошлое, советская власть отправила героиню на край земли почти что умирать с голоду. В ссылку к Ирине снова приехала мать — Августа Федоровна. Здесь она и скончалась в начале осени 1926 года.
Житейские трудности не оставляли времени на печаль и сожаления. Разнообразя унылую советскую жизнь мирными занятиями, подруги старались не замечать постоянной слежки. Между тем, Спиридонова знала, что о каждом ее слове, о каждой встрече становится известно в ОГПУ.
По окончании ссылки, срок которой заканчивался в 1926 году, власти предложили ей поменять место жительства, однако Спиридонова отказалась и оставалась в Самарканде еще два года. Положение осложнилось после того, как ее уволили с работы — фактически, пришлось голодать, питаясь только фруктами.