Мария Фёдоровна в столь трудные для неё дни держалась самоотверженно: присутствовала на церемониях, принимала соболезнования множества именитых гостей, прибывших в Петербург почти из всех владетельных европейских домов, чтобы отдать последний долг русскому царю.
На престол вступил великий князь Николай Александрович. Через неделю после похорон состоялось его бракосочетание с принцессой Гессенской, ставшей в православии Александрой Фёдоровной. Отныне она первая дама в государстве, а Мария Фёдоровна получила официальный титул «вдовствующая императрица». Но казалось, что переход в новое качество датскую принцессу-вдову мало беспокоил. Её сердце переполняло одиночество.
Великий князь Константин Константинович после обряда венчания Николая II записал в своём дневнике: «Больно было глядеть на бедную Императрицу. В простом, крытом белым крепом, вырезном платье, с жемчугами на шее, она казалась ещё бледнее и тоньше обыкновенного, точно жертва, ведомая на закланье; ей невыразимо тяжело было явиться перед тысячами глаз в это трудное и неуютное для неё время». Но Мария Фёдоровна достойно выполняла свой долг. Из Зимнего дворца, где свершилось бракосочетание сына, она первой уехала в свой Аничков дворец, чтобы приготовиться к приёму новобрачных. За праздничным столом она осталась лишь короткое время, извинилась и ушла. В этот вечер сдержать слёз она уже не могла.
В письме сыну Георгию Мария Фёдоровна «вылила» свою душу: «У нас два дня назад наш дорогой Ники женился. И это большая радость видеть их счастливыми. Слава Богу, этот день прошёл. Для меня это был настоящий кошмар и такое страдание. Эта церемония с помпой при такой массе народа! Когда думаешь, что это должно проходить публично, сердце обливается кровью и совершенно разбито, это более, чем грех. Я всё ещё не понимаю, как я смогла это перенести. Это было жутко, но добрый Бог дал сверхчеловеческие силы, чтобы перенести всё это. Без Него это было бы невозможно. Ты представляешь, как же должно быть страшно, несмотря на эмоции и резкую боль, присутствовать на свадьбе Ники без любимого Ангела Папы. Однако я чувствовала его присутствие рядом с нами, и что он молился за счастье нашего дорогого Ники, и что его благословение всё время снисходит на нас свысока».
Сын-император из любви и уважения к своей дорогой «Мама» поселился с молодой женой в Аничковом дворце. Он не хотел оставлять мать одну. Почти два месяца у них гостила сестра Марии Фёдоровны Александра, герцогиня Уэльская. Когда она уезжала, вдова русского царя горько плакала.
В жизни датской принцессы наступил новый период. Отныне она как вдовствующая императрица лишь присутствовала, правила же германская принцесса. И это несмотря на то, что сын, император Николай II, оставил за матерью все привилегии. Сохранил он за ней и некоторые обязанности. Как и прежде, Мария Фёдоровна должна была руководить главной благотворительной организацией России, так называемым Ведомством учреждений императрицы Марии, основанным ещё супругой Павла I принцессой Вюртембергской, а также Обществом Красного Креста.
В Аничковом дворце Николай II с супругой прожили до весны. Затем молодые переехали в Царское Село, которое стало их любимым местом пребывания. Мать имела возможность наблюдать, что Ники действительно влюблён в свою принцессу. Конечно, она была рада за сына, но и обеспокоена: ей казалось, он становится слишком зависимым от этой женщины, несколько замкнутой и скованной в поведении и, что называется, нелюдимой. Свекрови, прожившей в России уже почти тридцать лет, было трудно понять, что невестка не стремится приобретать популярность, не старается обязательно нравиться. Аликс достаточно было, что муж её безгранично любит.
Напряжённость, возникшая в отношениях между Марией Фёдоровной и её невесткой, никогда не приводила к открытому конфликту, но нередко достигала опасной грани. Обе женщины разительно отличались своими характерами, привычками и взглядами на жизнь. Так что соблюдалась лишь формальная сторона общения. Всё это тоже накладывало определённую тяжесть на душу вдовы.
В июле 1895 года Мария Фёдоровна стала бабушкой: великая княгиня Ксения Александровна родила свою единственную дочь Ирину, а в ноябре того же года родилась дочь и в семье сына-императора. Имя первой дочери Николай II согласовал со своей «дорогой Мама». Мария Фёдоровна писала сыну Георгию на Кавказ: «Ники буквально купается в счастье от своей новой роли отца».
Прошёл год со дня смерти императора Александра HI. Годичный траур истёк, но Мария Фёдоровна оставалась в трауре. Она посещала официальные церемонии, бывала на балах и даже по традиции сама давала бал в Аничковом дворце, считая, что не следует лишать других права веселиться. Но печаль не проходила, постоянно рядом была тень её незабвенного Саши.
В мае 1896 года в Москве состоялась коронация Николая II. Для Марии Фёдоровны радость за сына сочеталась с тоской по ушедшему. Ей всё напоминало то время, когда тринадцать лет назад супруг-император венчал её короной. Но слёз души она не показывала никому, держалась стойко, улыбалась, принимала знаки внимания, поздравления.
Сыну Георгию она написала: «Наконец-то я счастлива оттого, что всё это уже позади. Я благодарна Богу за то, что Он помог мне справиться с моими собственными чувствами, и за то, что Он помог мне выполнить этот страшный, но священный долг — присутствовать на короновании моего дорогого Ники и помолиться за него и рядом с ним в этот самый большой и важный момент, самый серьёзный в его жизни».
А через несколько дней, уже вернувшись в свою Гатчину, она написала сыну о страшной катастрофе, случившейся в Москве на Ходынском поле. Там собрались тысячи людей для получения царских подарков по случаю коронации, внезапно началась давка, и очень многие погибли.
«Я была очень расстроена, увидев всех этих несчастных раненых, наполовину раздавленных, в госпитале, и почти каждый из них потерял кого-нибудь из своих близких. Это было душераздирающе. Но в то же время они были такие значимые и возвышенные в своей простоте, что просто вызывали желание встать перед ними на колени».
Постепенно вдовствующая императрица стала изредка участвовать в светской жизни. Но новое большое горе опять выбило её из колеи. 28 июня 1899 года в Аббас-Тумане скончался её любимый сын Георгий. Двух лет не дожил он до своего тридцатилетия, болезнь одолела его, медицина оказалась бессильной.
Великая княгиня Ольга Александровна вспоминала: «После того как острота потери притупилась, мама снова окунулась в светскую жизнь, став при этом ещё более самоуверенной, чем прежде. Она любила веселиться; обожала красивые наряды, драгоценности, блеск огней, которые окружали её. Одним словом, она была создана для придворной жизни. Всё то, что раздражало и утомляло папу, для неё составляло смысл существования. Поскольку отца не было больше с нами, мама чувствовала себя полноправной хозяйкой. Она имела огромное влияние на Ники́ и принялась давать ему советы в делах управления государством. А между тем прежде они нисколько её не интересовали. Теперь же она считала своим долгом во всё вмешиваться».
Положением дел в стране после смерти своего мужа Мария Фёдоровна была недовольна. Она считала, что при Александре III бразды правления были в сильных руках, в годы царствования её сына как в государстве, так и в императорской семье Романовых стали возникать шатания и разброд. Одному близкому человеку она как-то сказала, что «как будто царствования её мужа никогда и не было — так велика разница между тем, что было тогда, и тем, что происходит теперь». Потрясением для вдовствующей императрицы явился подписанный Николаем II 17 октября 1905 года Манифест о введении демократических прав и о выборах в Думу. В то время она находилась в Дании у родителей и о событиях в России узнавала из газет. Прошло одиннадцать лет со дня смерти Александра III, и сын, клявшийся перед Богом сохранить в неприкосновенности оставленную ему в наследство власть, пошёл на её ограничение. А ведь отец оставил ему надёжную империю.