Пятнадцатого апреля 1605 года на утренней молитве в каменной церкви Пресвятой Богородицы к Филарету подошёл игумен Ареф.
— Брат мой во Христе, ноне ночью в час бдения ястреб в часовню влетел и упал на амвоне замертво. Спросил я преподобного Антония, к чему бы сие. Он же велел колоколами попечаловаться. А кто преставился, не поведал. Посоветуй, как быть?
И Филарет попросил прощения у Отца Предвечного. Арефу же дерзнул ответить:
— Звони в колокола, преподобный отец. Вчера преставился государь всея Руси. — Самому Филарету стало жутко от сказанного. Что, ежели всё обернётся не так, как усмотрел? «Ан нет, не я усмотрел, а Святые Духи сокровенное донесли. Как им не верить?! Так и от Господа Бога можно отшатнуться!» — сурово упрекнул себя Филарет. И утвердил сомневающегося игумена: — Звони, брат мой во Христе, звони!
И по утренней заре над Антониевым островом, над озером и вдали над лесами и рекой Сией разнеслись плачевные звоны. Никто в обители не знал, по ком звонят колокола, потому как ни Ареф, ни Филарет никого не просветили.
Звонарь изливал колокольную печаль долго и усердно. И сей звон был услышан в далёком селе Звозы, и там старенький священник сам поднялся на маленькую колоколенку и сам ударил в стопудовик, тоже стал звонить-печаловаться.
Да было же в тот апрельский день Иверской иконы так, что от первопрестольной Москвы покатились плачевные звоны на все четыре стороны света и в тот же день достигли северных земель. И уже к вечерней молитве долетели до Антониево-Сийского монастыря, и обитель узнала, что умер царь Борис Годунов.
Перед вечерней трапезой игумен Ареф при стечении всей братии трижды поцеловал Филарета и сказал:
— Брат мой, ты был чтим мною в иноках и в священниках. Ныне склоняю голову пред тобой за чудотворную силу. Преподобному Антонию я поверил с сомнением. Ты укрепил мой дух. Да хранит тебя Господь Бог долгие лета.
Филарет внимал словам Арефа с благодарностью. От него он не испытывал притеснений за все годы пребывания в монастыре. Да пришло время расставания. И бывший князь-боярин Фёдор Романов в сердечном порыве опустился на колени и поцеловал руку игумена.
— Спасибо, отец преподобный, ибо я есть твоими молитвами и заботами. В том твоё милосердие ко мне.
В ночь с пятнадцатого на шестнадцатое апреля, когда шло празднование Светлой Седмицы сплошной и в монастырской церкви состоялась всенощная, Филарет не сомкнул глаз. Он много молился с братией, пел псалмы, каноны, покаянный к Господу Иисусу Христу и молебный Пресвятой Богородице и Ангелу Хранителю.
И в эту благостную ночь за молитвами и пением к Филарету пришло очищение и исцеление от греховных мыслей, от чёрной ненависти к Борису Годунову. Он прощал усопшему рабу Божьему все его грехи, все злодеяния, причинённые роду Романовых. Он прощал Борису и то, что тот захватил трон неправедным путём, оттеснив его, Фёдора, от трона, как наследника царя Фёдора по материнской линии — по кике.
На рассвете, который наступил рано, Филарет тихо вышел из храма, из монастыря и долго бродил по острову, размышляя о том, что ждало его в будущем. И пришёл к твёрдому убеждению и намерению остаться на всю отпущенную Всевышним жизнь священнослужителем. Только служение Богу и его детям, россиянам, может дать человеку ощущение всей полноты бытия, счёл Филарет. Как важно в этом суровом мире, в державе, повергнутой в смуту, дать страждущим надежду на вечное блаженство в Царстве Небесном после праведных трудов на грешной земле.
Но жаждая служить Господу Богу, Филарет не думал заточить себя в монастырских стенах. Он хотел быть священнослужителем белого духовенства. Ничто земное ему ещё не было чуждо. И он слишком любил жизнь такою, какая она есть. Он любил семью, детей. Где-то за Белоозером была в ссылке его жена. Он тосковал по своей Ксении-костромичке. В прежние годы кто-то пускал слухи, что его, Фёдора, оженили на Ксении силою, дабы унизить достоинство князя с родством низкого происхождения. Ан нет, не удалось недругам опорочить князя-боярина. Ксения была дворянкой уважаемого костромского рода Шестовых. И всю жизнь они прожили в согласии и детей нажили, коих без любви не обретёшь.
Мысль о детях всегда глубоко ранила Филарета. Одних уже не было в живых, умерли во младенчестве, другие — неведомо где. О двух дочерях до него так и не дошли никакие слухи за время пребывания в монастыре. Сумеет ли он собрать их под своё крыло, как вернётся из ссылки? Ещё Филарета волновало разорение. Ежели ему не вернут того, что силою отторгнул-изъял Борис Годунов, то он — нищий.
Много загадочного и неразрешимого возникало перед Филаретом в последние дни жизни в обители. Не было у него и ответа на главный вопрос: встанет ли на российский трон царевич Дмитрий? Не благословил ли Борис Годунов на царство своего сына Фёдора? Ой как не желал последнего Филарет. И с нетерпением ждал из Москвы новых вестей. А их всё не было и не было. Но вот в день Радуницы — поминовения усопших — пришли в монастырь богомольцы и поведали то, чего так боялся Филарет. Они принесли весть о том, что сына Бориса Годунова, семнадцатилетнего Фёдора, венчали на царство.
Филарет сник духом. Не ждал он себе милости от младшего Годунова, да больше от его окружения. Надо думать, считал Филарет, Семён Годунов останется при власти и за ним — Разбойный приказ.
Но после богослужения и поминовения усопших к Филарету на исповедь подошёл молодой торговый гость, с живыми карими глазами и, как показалось Филарету, очень похожий на десятского Матвея. «Не сын ли стрельцам?» — подумал Филарет. И не ошибся.
— Отец преподобный, батюшка мой, десятский Матвей, шлёт тебе низкий поклон, — тихо прошептал он. — Велено тебе передать, чтобы ждал скорого облегчения. Царевич Дмитрий стоит в Серпухове.
— Вести отрадные. Спасибо, сын мой. Да хранит тебя Господь в пути и в ночи. Как твой батюшка мается?
— Истинно мается. Матушка и два моих братца да три сестрицы от моровой язвы умерли в голодные годы. А батюшка постригом озабочен, от мирской маеты уйти надумал.
— А ты как?
— Дай Бог долгих лет жизни тётушке Катерине и дяде Сильвестру. Их заботами в Казани торговому делу учился при владыке Гермогене.
— Как он, достойный воитель?
— В силе пребывает и в Москву отбыл.
Филарет был благодарен судьбе за то: что послала ему Антона, будто родного человека встретил. И провожал его с грустью. А после отъезда Антона две недели никаких новых вестей не приходило. Да была надежда у Филарета на то, что их принесут богомольцы на день Святой Троицы — праздник Пятидесятницы — явления Духа Божия в церкви. К сему дню стекались православные христиане из многих селений северной земли, расположенной на сотни вёрст от монастыря. Филарет корил себя за то, что ждал богомольцев с нетерпением, но избавиться от него не мог.
И пришёл День Святой Троицы, большой Господень праздник. Было погожее солнечное июньское утро, северная природа торжествовала. С полуночи три больших лодки-завозни едва успевали перевозить жаждущих помолиться Господу Богу, Сыну Божьему и Святому Духу. Среди богомольцев вновь был Антон. Он сходил за товарами в Тверь и принёс оттуда короб вестей. Филарет не стал ждать часа исповеди, а позвал Антона в камору за алтарём, там приласкал и спросил: