Имена "беспокойный" и "кантонист", которым его исподтишка наделяли сослуживцы, имевшие "честь" дворянского происхождения, преследовали адмирала всю жизнь. Но и в условиях застоя, в обстановке почти постоянного недоброжелательства, адмирал не отступал от своих убеждений. Его творческая мысль прорывала пелену застоя, принуждала высшие сферы власти к организационным улучшениям флота и конструктивным усовершенствованиям кораблей. Немало предложений высказал он и о броненосцах серии "Бородино".
В сентябре 1902 г. С.О. Макаров обратился к председателю МТК с основательно мотивированным письмом, в котором возражал против не поддававшегося объяснению решения артиллерийского отдела (№ 25 от 31 августа). В нем вместо уже, казалось бы, тактически отработанных боевых указателей в системе управления артиллерийским огнем для броненосцев "Бородино" и "Император Александр III" (что, понятно, предстояло распространить и на остальные корабли, включая "Славу") предлагалось ввести более чем легкомысленные указатели направлений неприятельского судна с надписями "передний", "задний", "средний". Тем самым исключалось и ведение кораблями залповой стрельбы, необходимость применения которой С.О. Макаров настойчиво и последовательно отстаивал. "Пока приборы управления артиллерийским огнем не сбиты, до тех пор всю артиллерию можно держать в руках, действуя залпами и направляя ее к определенной цели. Когда приборы собьют, то этого огромного средства у корабля не станет, и он в этом отношении сравняется с броненосцами "Бородино" и "Император Александр IH", на которых боевые указатели не предположено ставить". Участь такой же разоруженности в бою угрожала и последующим кораблям серии "Бородино" вместе со "Славой".
В этой борьбе за сохранение на флоте самого мощного средства воздействия в бою на противника С.О. Макаров оставался почти в полном одиночестве. С поразительным легкомыслием большинство адмиралов на совещании МТК в 1898 году приняло решение отказаться от существовавших ранее систем залпового огня. В безумном самоослеплении адмиралы наперебой излагали тогда свои "доводы". А.А. Бирилев ставил крест на залповой стрельбе только потому, что однажды, командуя крейсером "Минин", он сделал в океане 13 залпов, оказавшихся безрезультатными. В.П. Верховский, одержимый маниакальным экономическим синдромом, предлагал вовсе отказаться от удручающих его своей сложностью ПУАО, которые, как он любил повторять, не способствуют повышению процента попаданий. Замечательное письмо к совещанию (журналом МТК по артиллерии № 70 от 19 мая 1898 г.) прислал старейшина флота вице-адмирал с 1889 г. Н.И. Казнаков (1830-1906). В нем говорилось: "Остались еще теоретики, которые думают, что залп может служить для пробития брони, как я слышал от некоторых идеалистов, но я полагаю, что нам и следует оставить им пробивать броню залпами на бумаге, а в практику и на суда не вводить". Напрасно последователь С. О. Макарова А.С. Кроткое предостерегал собравшихся от опрометчивого решения лишать командира или адмирала эскадры "одного из средств, которым он может воспользоваться в решительную минуту". Экономия и на этот раз бесповоротно победила. Журнал МТК № 25 от 31 августа 1902 г. напоминал, что интеллектуальный уровень верхов и на исходе осуществления программы судостроения продолжал оставаться на том же невысоком градусе, каким он был вначале.
Справедливости ради надо признать, что Ф.В. Дубасов после немалых, видимо, размышлений, а может быть, и встречи с С.О. Макаровым с его доводами согласился и 3 февраля 1903 г. на решении МТК наложил резолюцию: "журнал этот признаю необходимым для пользы дела отменить". ПУАО были восстановлены в правах, и "Слава" могла вступить в строй с полноценной системой приборов. Не столь однозначным и, очевидно, заведомо запоздалым (проект типа "Бородино" от С.О. Макарова прямо-таки оберегали) было вышесказанное адмиралом 2 марта1901 г. предложение на уже построенном "Императоре Александре III" ликвидировать тонкую противоминную броневую переборку по внутренней стороне бортового коридора. Ввиду такой защиты коридор даже не предусматривался для хранения угля. Но, как писал С.О. Макаров Управляющему Морским министерством, "опыты с отсеком французского броненосца "Генрих IV" показали, что предложение это неосновательно и лучшую защиту от минного взрыва представляет уголь". Поэтому было бы целесообразно "поставленную броню снять, а бортовые коридоры наполнить углем и считать таковой запасным". Ведь на "Цесаревиче", сняв таким образом 323-тонную броневую переборку, можно будет разместить 450 т угля.
Но замена скончавшегося П.П. Тыртова новым Управляющим, видимо, помогла бюрократии спрятать "под сукно" инициативу адмирала. 20 мая он повторяет запрос о судьбе своего доклада и, не получив ответа, в новом докладе новому Управляющему повторяет свои доводы. К ним он прибавляет и крайне озадачившие его впечатления от личного осмотра в Кронштадте броненосца "Император Александр III". На нем (как, понятно, и на всей серии – Авт.) не предполагается ставить сетей. Как объяснили адмиралу (до такой же степени простиралось его неведение о проектах новейших броненосцев! – Авт.), защитная роль сетей возлагается на противоминную броневую переборку. Вновь напоминая об опытах на "Генрихе IV", обнаруживших, что такая броня кораблю не поможет, С.О. Макаров ответственно заявлял, что "Император Александр III" и остальные броненосцы серии не обеспечены защитой от минных взрывов, тем более, что на них отсутствует даже слой угольной защиты.
Предполагая, что прежний доклад от 3 марта мог в министерстве потеряться, С.О. Макаров вновь настаивал на приспособлении под уголь бортовых коридоров, на ликвидации, если возможно, броневой переборки и на снабжении "Императора Александра III" (о других кораблях он дипломатично умалчивал) сетевым заграждением, которое он считал "единственным средством против минных взрывов". Доклад удостоился истинного шедевра бюрократической увертливости. Резолюция Ф.К. Авелана гласила: "Его высочество не признал возможным изменять на строившихся судах утвержденных чертежей, а приказал обсудить этот вопрос для вновь заказываемых броненосцев в 16600 т". Зная, что адмирал такой отпиской вряд ли удовлетворится, 2 июля ему за подписью Ф.К. Авелана было направлено (сочиненное, понятно, в МТК) обстоятельное увещевание. В нем отсутствие сетей на "Императоре Александре III" (речь в силу известного бюрократического лукавства об одном корабле, а не о всей серии) объяснялось не ошибочным мнением адмирала о будто бы предусмотренной замене их броневой переборкой, а ходатайством предшествовавшего Управляющего Морским министерством. Мотивировалось оно, с одной стороны, затруднительной установкой сетей на броненосцах типа "Цесаревич" (еще одна гримаса этого чрезмерно вычурного проекта), а с другой, состоявшейся во французском флоте отменой сетей. Никакой неловкости от столь откровенного обезьянничания "его превосходительство Федор Карлович", видимо, не ощущал. Плохо, очень плохо знал он С.О. Макарова, думая, что его можно убедить столь жалкими аргументами.
Что касалось опытов с кессонами "Генриха IV", то результаты их признавались еще слишком неопределенными, и без собственных опытов выводы делать было слишком неосторожно. Наконец, надо учесть, что противоминная переборка на броненосцах типа "Цесаревич" склепана из двух слоев стали одинаковой толщины, и извлекать ее из уже собранного корпуса – дело, конечно, безнадежное. Не так велик был бы и выигрыш от снятия переборки: не 323, как считал С.О. Макаров, а только 208 т. Вес переборки на "Императоре Александре III" вместе с соответствующими днищевыми стрингерами составляет 290 т, так как конструкция ее не тождественна конструкции "Цесаревича". Тут надо еще и вычесть 20 т на обыкновенную переборку, которую пришлось бы, надо понимать, устанавливать взамен снимаемой броневой. В заключение, чтобы, видимо, адмирал не считал свою инициативу напрасной, приводилось указание генерал-адмирала об обсуждении ее при рассмотрении проекта броненосца водоизмещением 16600 т (будущего типа "Андрей Первозванный").