Окончательно установив, что Россия находится в полной изоляции (русско-французский договор фактически не распространялся на Дальний Восток), а Япония обеспечена поддержкой Лондона и Вашингтона, Совет Министров Японии 14 декабря 1903 года решил, «несмотря на продолжающиеся дипломатические переговоры, действовать так, как будто их результат представляется несомненным». В январе 1904 года на Японских островах началось планомерное сосредоточение транспортов и скрытая мобилизация.
Состояние русской армии и флота, вооружение, боевая подготовка в полной мере отражали уровень экономического, государственного и культурного развития России. Если сравнивать общую численность вооруженных сил Японии и России, то сразу заметно подавляющее превосходство последней. Втрое превышая Японию по численности населения (соответственно 140 и 46 миллионов человек), Россия располагала кадровой сухопутной армией чуть больше 1 миллиона человек против 150-тысячной кадровой японской. Обученный контингент резервистов русской армии доходил до 4,5 миллиона человек, в то время как в Японии вместе с кадровой армией он составлял не более 800—900 тысяч. Русский военно-морской флот превосходил японский по меньшей мере вдвое.
Все это было так. Но… основные районы дислокации и комплектования русской действующей армии находились в 9—10 тысячах километров от будущего театра военных действий. Ввиду низкой пропускной способности Транссибирской магистрали в Маньчжурию можно было подвозить не более двух дивизий в месяц. На начальном этапе войны приходилось рассчитывать только на немногочисленные войска, расквартированные в Восточной Сибири и Приамурье.
Базирование русского флота на Дальнем Востоке связывалось с одним серьезным упущением в обустройстве его баз. На скором театре войны на море у России отсутствовала судоремонтная база. Броненосцы для ремонта мог принимать только один док во Владивостоке.
В Генеральном штабе русской армии отсутствовал общий план войны с Японией. Его разрабатывал самостоятельно штаб Приамурского военного округа.
Сосредоточение русских сухопутных сил по вновь составленному (куропаткинскому) плану предусматривалось в районе Ляоян — Хайчен, в центре фронта. Флангами его являлись сильные, но еще не достроенные до конца морские крепости Порт-Артур и Владивосток. Высадка противника на Квантунский полуостров исключалась. Считалось, что японцы будут наступать только в одном направлении — или на Ляоян, оставив заслон против Порт-Артура, или наоборот.
Для российских военно-морских сил план действий на Тихом океане был составлен в штабе царского наместника на Дальнем Востоке адмирала Е.И. Алексеева. В нем утверждалось, что главной целью японцев является захват Кореи и противодействие России в ее окончательном овладении Маньчжурией. Были сделаны следующие выводы:
«1) необходимо остаться обладателем Желтого моря и Корейского залива, опираясь на Порт-Артур,
2) не допустить высадки японской армии на западном берегу Кореи и
3) отвлечь часть японских морских сил от главного театра военных действии и предупредить второстепенными морскими операциями из Владивостока попытку высадки близ Приамурья».
Японцы, реально знавшие силу русской армии на Дальнем Востоке до прибытия туда подкреплений и осведомленные об обстановке в России, были уверены, что быстро добьются господства на море. План императорского командования на войну с Россией предусматривал: завоевание превосходства на море путем внезапного нападения на порт-артурскую эскадру и ее уничтожение, пленение русских кораблей в Корее и Китае;
захват Кореи и высадку в начале войны армии в Цинампо, а после завоевания господства на море и вторжения японской армии через реку Ялу в пределы Маньчжурии — высадку трех армий на Ляодунском полуострове; занятие Квантуна с Порт-Артуром, уничтожение остатков русского флота, разгром главной группировки русских войск в районе Ляояна и захват всей Маньчжурии, если же Россия не пойдет на мир — уничтожение русских корпусов по частям по мере подхода их из Центральной России; захват Уссурийского и Приамурского краев. Один из виднейших и влиятельнейших государственных деятелей Японии того времени граф Окума заявил: «Мы должны воевать с Россией из принципа. Нам необходимо перебраться на материк. Наши землевладельцы сеют хлеб на скалах. У нас нет земли, где мы могли бы работать. Нам необходимо бороться не на жизнь, а на смерть». В империи на Японских островах уже в конце XIX столетия властвовала идея о священной миссии Страны восходящего солнца по защите азиатских народов от «белых варваров». Во второй догме официальной государственной религии Японии — синто говорилось:
Объединить мир под главенством японцев — таковой считалась их историческая миссия. «Япония — центр мира, в котором благодаря исключительно счастливому положению, развитию и силе фактически сосредоточивается верховная власть над политикой и торговлей всего света».
К началу войны с Японией агентурная разведка Российской империи уже во многом не отвечала требованиям времени. Ею по-прежнему занимались военные атташе, дипломаты, представители Министерства финансов за рубежом и штабы военных округов. Разведка велась бессистемно и при отсутствии общей программы.
На работе военной разведки накануне Русско-японской войны отрицательно сказался и недостаток финансовых ассигнований — с 90-х годов по инициативе министра финансов С.Ю. Витте началось резкое сокращение всех военных расходов. Перед войной Главному штабу по смете на «негласные расходы по разведке» ежегодно отчислялась сумма в 56 тысяч рублей, распределявшаяся между военными округами. А Япония, готовясь к войне, затратила только на подготовку военной агентуры около 12 миллионов рублей золотом.
Разведка в Японии затруднялась и спецификой этой страны. Военный агент (атташе) в Европе помимо негласных источников мог почерпнуть нужную информацию из прессы и военной литературы, а в Китае продажные сановники чуть ли не сами предлагали свои шпионские услуги. В Стране восходящего солнца все официальные издания, доступные иностранцам, содержали лишь тонко подобранную дезинформацию, а императорские чиновники были спаяны железной дисциплиной и фанатичной преданностью божественному микадо.
С древних времен японцы с большим вниманием относились к искусству военного шпионажа и бдительно следили за всеми иностранными атташе, что вносило в их работу еще больше трудностей. Военным агентом в Японии в 1898 году был назначен полковник Б.П. Ванновский, пробывший в Японии почти весь предвоенный период. Из-за отсутствия сети агентуры и незнания японского языка военный агент России видел лишь то, что японцы хотели показать. Ко всему прочему Ванновский, несмотря на добросовестность, был абсолютно некомпетентен в вопросах «тайной войны». Генерал-квартирмейстер Главного штаба принял решение о замене военного агента в Токио.
Преемник Ванновского, полковник В.К. Самойлов сумел наладить сбор разведывательной информации среди дипломатического корпуса, аккредитованного в Японии, прежде всего иностранных военных атташе. Он сумел уловить интенсивный характер подготовки империи на Японских островах к войне с Россией. Так, в рапорте от 27 ноября 1903 года, среди прочего, говорилось: