Самый тонкий лед затруднял плавание, так как в нем часто попадались отдельные мощные льдины, скрытые от наблюдателя снежной пеленой. Корабль неожиданно ударялся в ледяную глыбу и останавливался, приходилось поворачивать обратно. Так шли двое суток, то блинчатым льдом, то салом, то пробиваясь между старых торосистых льдин, постепенно забираясь все южнее и южнее, а временами и западнее.
12 сентября вышли на чистую воду и решили застопорить машину для зоологической и гидрологической станции, чего не могли себе позволить последние дни, торопясь выбраться из опасного района. При выбирании трала на «Таймыре» запутавшимся платьем был втянут между барабанами лебедки стоявший на оттяжке кочегар Беляк, получивший смертельные увечья. Несчастный скончался через полтора часа. Неожиданная потеря человека при условиях повседневной работы, к которой все уже хорошо привыкли, была для корабля тяжелым ударом. Покойный был скромным, хорошим работником, пользовался общей любовью команды и офицеров.
13-го опять вошли в сало и разбитый лед, спаянный сплошным молодым. Опять спускались к югу. Эти дни похода были тяжелы. Ввиду наступивших морозов и образования льда, который крепчал с каждым днем, экспедиция не смела тратить времени на остановки, приходилось идти круглые сутки. В темные ночи трудно было что-нибудь видеть, все время можно было с полного хода удариться в большую льдину, смотреть надо было вовсю.
Последние ночи участников экспедиции развлекали частые северные сияния, большею частью имеющие вид зеленоватой волнующейся завесы, а также дугообразные.
Утром 16-го подошли к Колючинской губе, где решили остановиться, чтобы похоронить погибшего Беляка. Место для могилы было выбрано на конце косы, отделяющей губу от океана, около имеющегося там астрономического пункта генерал-лейтенанта Жданко. На могиле поставили большой крест, который на будущее время облегчал бы вход в бухту, чтобы таким образом могила Беляка не была забыта. Во время печальной церемонии похорон на конец косы приехали на двух собачьих нартах чукчи и с любопытством смотрели на странные суда, которые ничего у них не покупают и сами не продают. Им объяснили, что под крестом лежит один из людей «менге-танге», т.е. русский, один из слуг «Тыркирыма», т.е. Солнечного Владыки, как они называют Государя Императора, и что они должны беречь могилу. Чукчи слушали с благоговением слова о Тыркирыме и знаками объяснили, что за могилой будут смотреть. Одарив их чаем, сахаром, спичками и табаком, корабли пошли в глубь бухты производить ее опись. На косе обратили на себя внимание многочисленные следы обуви культурных людей и остатки летних селений чукчей. Надо полагать, что тут один из летних рынков американской хищнической торговли. К тому же чукчи понимали некоторые английские слова, ничего не зная по-русски. Обследованием Колючинской губы закончились работы экспедиции в Ледовитом океане.
Производя опись, «Таймыр» приступил к чистке одного котла, ввиду обнаруженной накипи. Было решено идти до Дежнева под другим, но, по выходе из губы, свежевший ветер и сильные течения не позволили машине выгребать, нашедшая же пурга закрыла вход в бухту. Пришлось отдать якорь в открытом море, дойдя до достаточных глубин, и ждать сутки, пока не будет готов второй котел. Размахи качки во время отлива из бухты, когда течение ставило транспорт боком к ветру, доходили до 49 градусов на борт, что на якоре явление довольно необычное. С тревогой наблюдали за якорями, так как если бы они не выдержали напора ветра, то корабль был бы моментально прибит к берегу, но хорошие якоря и крепкие канаты держали превосходно.
На следующий день соединились с показавшимся из бухты «Вайгачем» и пошли к выходу из Ледовитого океана, а вечером 22 сентября прошли мыс Дежнева. Ветер было стих, но под утро стал опять свежеть. В 11 часов утра размахи качки дошли до 55 градусов на борт; пришлось привести против волны и ждать окончания шторма в море. До бухты Провидения оставалось миль 40. Волна, благодаря мелководью, была очень крутая.
Около полночи «Таймыр» перестал слушаться руля. Оказалось, что лопнула рулевая цепь, корабль медленно ставило боком к ветру, и размахи качки все увеличивались, дойдя до 59 градусов на борт. Еще бы немного, и корабль должен был опрокинуться, но, вот, с большим трудом удалось перейти на ручное управление рулем и вновь привести к ветру. Ход, несмотря на полное число оборотов машины, был всего около узла. В третьем часу ночи скрылись огни «Вайгача», который штормовал поблизости. С рассветом таймырцы напрасно всматривались в горизонт, «Вайгача» не было видно.
Вечером зыбь стала стихать, хотя ветер дул с прежней силой, — это показывало близость берега, и скоро «Таймыр» стал на якорь, прикрытый от волн принадлежащим американцам островом Святого Лаврентия. В установленные часы «Таймыр» вызывал «Вайгача» по телеграфу, но ответа не было. Это не на шутку тревожило личный состав.
Только на следующий день около полдня получили телеграмму, что он тоже добрался до берега Святого Лаврентия. Оказалось, что штормом у «Вайгача» был сорван телеграф. Благодаря последним штормам, морозам, засорению котлов и накипи соли в них, расход угля очень увеличился и остававшиеся запасы не давали надежды дойти до Петропавловска. Тогда решили идти в Америку, в селение Сан-Майкель, пытаться там получить уголь и чистить котлы.
Сан-Майкель, или Михайловский редут, как он назывался раньше, был основан в 1833 году русским лейтенантом Михаилом Тебеньковым и служил одним из оплотов русского владычества на Аляске и станцией Русско-Американской Компании. В настоящее время это конечный пункт речного пароходства по реке Юкону, через него идет сообщение большого золотоносного района с Америкой и Канадой. Здесь стоит одна рота войск Соединенных Штатов, есть школа иезуитов, католическая церковь, две больницы, а посреди селения за оградой остался кусок русской территории, на котором стоит православный храм и два пустующих домика: один для священника, другой для псаломщика. Новая православная церковь построена в 1883 году на средства прихода, состоящего из 200 человек, перешедших в американское подданство, потомков русских людей и эскимосов.
Гарнизон и население встретило экспедицию чрезвычайно радушно. Офицерам и всей команде устраивались поочередно приемы, развлекали, чем могли. Благодаря случаю удалось купить необходимое количество угля у парохода, который должен был его выгрузить в Ном, но не мог это сделать, так как набережные этого города были разрушены последними штормами. Перед своим уходом экспедиция получила в подарок одно из старых русских орудий, которые стоят в бывших русских фортах и сохраняются как исторические памятники.
Приняв уголь, почистив котлы, перебрав механизмы, исправив мелкие повреждения и поломки, происшедшие во время шторма, экспедиция, напутствуемая лучшими пожеланиями американцев, 6 октября вышла в Петропавловск, куда и прибыла благополучно, переждав в море еще один шторм.
Здесь обратили опять все силы на переборку механизмов и чистку котлов, погрузили уголь и воду и пошли дальше. Несмотря на скверную осеннюю погоду, экспедиция счастливо пришла 12 ноября во Владивосток.
Развевающиеся на мачтах сигналы командующего флотилией и командира порта приветствовали корабли со сделанными открытиями и благополучным возвращением Полученные вслед за сим письма и телеграммы начальствующих лиц, родных, знакомых и разных обществ принесли много радости участникам экспедиции, показав общий интерес и внимание к порученному им делу. Наконец, приказы по Морскому ведомству, один с повелением Его Императорского Величества именовать открытые экспедицией острова «Землей Императора Николая II» и «островом Цесаревича Алексея», а другой с изъявлением особой признательности Государя Императора начальнику, монаршего благоволения офицерам и Царского «спасибо» нижним чинам, щедро вознаградили личный состав экспедиции за пережитые тяжелые дни лишения.