Рогов поддержал Октябрьский переворот (хотя большевистские агитаторы писали, что он «революцию встретил равнодушно») и уже при большевиках стал заведующим земельным отделом исполкома Барнаульского уездного совета, членом Алтайского губернского земельного комитета, участвовал в работах по переделу земель. Современники отмечали сдержанность, степенность Григория Федоровича, его начитанность, неподкупность и верность слову. Он был хорошим семьянином — воспитывал двух дочерей и троих сыновей, не пил и не курил.
Ликвидация большевистского режима в Сибири поначалу Григория не задела, до августа 1918-го он работал в местном совете Жуланихи. Однако в августе власти разогнали совет и с помощью карательного отряда утвердили земскую управу. Карательный отряд показательно выпорол несколько десятков жителей Жуланихи, десяток сельчан были отправлены в барнаульскую тюрьму. После этого Рогов с несколькими товарищами скрылся в тайге. Его повстанческий отряд постепенно увеличивался: от 10 человек в августе 1918-го до 5–6 тысяч бойцов в ноябре 1919 года.
Летом 1919 года отряд Рогова в 300 бойцов соединился с отрядом атамана Лубкова (200 бойцов). Этот объединенный отрад, к ноябрю увеличившийся до семи тысяч повстанцев при трех орудиях, прошел рейдами 18 волостей, выдержав около 30 боев. Повстанцы разбили колчаковский полк поручика Романовского (примерно тысяча бойцов), эскадрон улан Анненкова (примерно 700 человек), Кузнецкий отрад колчаковцев, Тогульский гарнизон.
На отрады Рогова и Лубкова сильно влиял авторитет Новоселова и атамана еще одного партизанского отряда — анархиста И. Плотникова, который позднее возглавил Сорокинское восстание на Алтае. Оно началось в январе 1921 г., охватив значительную территорию Причумышья. В восстании участвовало около 5 тыс. крестьян. Повстанцам на первом этапе удалось разоружить кавалерийский красноармейский полк, но уже к концу января они были разгромлены советскими регулярными войсками.
Филипп Плотников — бывший комиссар 1-го Алейского полка партизанской армии Алтая Ефима Мамонтова, стал в оппозицию, к большевикам еще в июне 1920 года, когда в Алейской степи (Степной Алтай) он собрал до 600 человек «недовольных», в том числе немало дезертиров Красной армии. Мятежники сформировали Народную повстанческую армию, имевшую 12 полков. По оценкам штаба 26-й советской дивизии, численность повстанческой армии достигала 18 тыс. человек.
Бывший партизанский главком Западно-Сибирской крестьянской красной армии Ефим Мамонтов в служебной записке на имя председателя Сибревкома отмечает, что «нет ни одного места заключения в Алтайской губернии, где бы не томились бывшие партизаны и их командиры». Осенью 1920 года Е. Мамонтов был направлен на борьбу с Врангелем. По возвращении на Алтай над Е. Мамонтовым устанавливают надзор, агенты ЧК пытаются инсценировать контрреволюционный заговор. 25 декабря 1920 года, во время пребывания в Барнауле, Е. Мамонтов был арестован чекистами, но через несколько дней освобожден. А в начале 1922 г. он был убит в деревне Власиха в пьяной драке. Его успели сделать героем, его именем были названы улица в Барнауле, населенные пункты и район в Алтайском крае, установлен бюст в Барнауле.
Но вернемся к отряду Рогова, который проводил «классовую политику бедняков», реквизировал имущество зажиточных крестьян и купцов и «прославился» казнями зажиточных жителей сел Зыряновка и Тогула, расстрелом монахов Жуланихинского монастыря, грабежами и разрушением церквей. Несмотря на то, что рядом с известным партизаном был комиссар — большевик Матвей Ворожцов (позже — один из руководителей Губчека), Рогова не привлекли к ответственности за бандитизм, даже наоборот — разрешили управлять подконтрольными районами. Сюда для политработы были посланы 12 коммунистов, однако атаман выгнал их из отряда. Повстанцы Новоселова и Рогова выступали против коммунистической модели советской власти, а также против демократической модели Учредительного собрания, диктатуры Колчака, реставрации помещичье-монархического строя.
В октябре 1918 года широкую популярность приобрело имя еще одного повстанческого атамана — Петра Кузьмича Лубкова, 36-летнего крестьянина деревни Святославка Мариинского уезда Томской губернии. Лубков также был участником Первой мировой войны, георгиевским кавалером, фельдфебелем. С 1917 года он сочувствовал анархистам, хотя не состоял в их организациях. Осенью 1918 года крестьянство Сибири выступило против принудительной мобилизации в армию Сибирской Директории
, взимания государственных налогов и податей, хозяйничания в Сибири Чехословацкого корпуса. Из крестьян и рабочих Кольчугинских копей Лубков организовал партизанский отряд в 200 штыков, разгромил эшелон чехов на станции Мариинск и затем отошел к станции Антибес.
Отряд Лубкова пускал под откос колчаковские эшелоны, громил гарнизоны белых в деревнях и рабочих поселках. Большевики, закрывая глаза на анархизм атамана, считали Лубкова своим и разрабатывали планы освобождения Сибири, делая расчет на его повстанцев (впрочем, как и на бойцов Рогова и Новоселова), поэтому именовали его отряд 1-й Томской партизанской дивизией.
В декабре 1919-го, когда армия Колчака, терпя поражение за поражением, откатывалась на восток к Байкалу, партизанские соединения Рогова и Новоселова попытались установить независимый «вольный строй» на юге Восточной Сибири. 12 декабря двухтысячный объединенный отряд Рогова-Новоселова ворвался в город Кузнецк. Сначала партизаны разоружили большевистский ревком, после чего трое суток длилась «роговская чистка» Кузнецка. В городе были казнены все офицеры и чиновники, служившие в белой армии и в органах власти Колчака, были зарублены генерал Путилов и полковник Зволинский, сожжена городская тюрьма. Чекистские сводки утверждали, что в Кузнецке насчитывалось «до 800 жертв их террора, причем была масса изнасилованных женщин и девиц, а также разрушены во всем уезде почти все храмы». Хотя в этих сводках число жертв партизанского террора было явно завышено, для небольшого Кузнецка цифры впечатляющие.
Взятие города сопровождалось грабежами. В это время в Кузнецк вошло еще пять-шесть партизанских отрядов (кроме соединения Рогова), среди партизан было немало непримиримо настроенных к тем, кого они считали своими врагами, причем в круг этих врагов мог попасть практически любой и тогда расправа была недолгой. С партизанами в город вошли крестьяне окрестных деревень с целью пограбить «городских». Уголовники, выпущенные из тюрьмы, приняли самое «деятельное участие» в грабежах, они заходили в дом и, убивая хозяев, забирали все, что им приглянулось.
По жалобам населения Кузнецка Рогов проводил показательные казни виновных. После «роговского погрома» в городе говорили, что атаман разрушал артиллерийским огнем церкви, что он изнасиловал на церковном престоле купчиху и пытался сбросить с пьедестала памятник царю Александру III. В устах жителей Кузнецка Рогов превратился в архетип бандита и убийцы. Конечно, молва многое ему приписывала, но казни, безусловно, были. Да и сам атаман этого не скрывал. «Я беспощадно рубил врагов трудящихся и буду рубить, — говорил он. — Также буду бороться с Лениным и Троцким... Всякая власть является ярмом трудящихся, от которой им пользы никакой не было и не будет. Засядут везде комиссары, через сто лет будет то же, что было два с половиной года назад. Углубляй революцию, не давай ей погаснуть, поджигай мировое пламя под черными знаменами анархии!» Так или иначе, до поры до времени, пока партизаны были нужны в борьбе с белыми, Рогова и Новоселова большевики не наказывали за бандитизм и разрешали управлять подконтрольными районами.