Эти настроения, оцениваемые как антисоветские, контрреволюционные, преобладали, несмотря на интенсивную политико-просветительную работу, привлечение средств наглядной агитации, показ кинофильмов, прославляющих советский образ жизни, чтение лекций как сотрудниками лагерей, так и представителями местного партийно-государственного актива. Агитационно-пропагандистская работа создавала необходимый фон для реализации плана агентурно-оперативных мероприятий по Старобельскому, Козельскому и Осташковскому лагерям военнопленных, утвержденному Л.П. Берией 27 октября 1939 г. с резолюцией: «Не разбрасываться. За многими не гнаться». Предписывалось: «Вызовы военнопленных как для предварительной беседы, так и в дальнейшем для вербовки обставлять таким образом, чтобы исключить расшифровку проводимой работы... В случае срыва вербовки военнопленного в общежитие не допускать, изолировав его под благовидным предлогом...» (т. 106. Л.д. 70-73).
Специальные уполномоченные и опергруппы искали в лагерях симптомы «контрреволюционной деятельности». Так, 25 ноября опергруппа докладывала Л.П. Берии, что ей удалось найти в Старобельском лагере «антисоветскую организацию военнопленных офицеров» — «офицерское подполье»: «Популярное дело создания культурно-просветительных кружков было успешно использовано для создания подпольной организации». Подвергшийся резкой критике комиссар М.М. Киршин отчитывался о налаживании сыскной работы в лагере в докладной записке о состоянии режима — об обнаружении группы, созданной «с целью проведения контрреволюционной работы под видом культпросветработы», ее филиала «под названием „Касса взаимопомощи“», о попытках организации молебна, развешивании крестов и икон, о беседах на темы «Экономика Польши», «О пчеловодстве», «Зоология», «Ботаника», о лекции «Психология плена». 24 декабря 1939 г. было выслежено совещание десяти человек, на котором «обсуждался вопрос о международном положении и мерах восстановления бывшего польского государства. Материалы об этом факте переданы О[собому] о[тделению] для дальнейшей разработки». Аналогичная информация касалась встречи группы военнопленных в общежитии, где «произносились контрреволюционные речи в защиту б[ывшей] Польши, б[ывшего] правительства и т.д.» (т. 7/43. Л.д. 245—247).
Записка Л.П. Берии в ЦК ВКП(б) И.В. Сталину содержала проект постановления Политбюро, который был автоматически превращен в постановление с датой 5 марта 1940 г., внесенное в протокол как «Вопрос НКВД СССР» под номером 144. На записке были собственноручные (подтвержденные графологической экспертизой) визы Сталина, Ворошилова, Молотова и Микояна и пометка «т. Калинин — за, т. Каганович — за» (т. 115. Л.д. 13—16). Подлинность записки и постановления Политбюро от 5 марта 1940 г. была подтверждена почерковедческой и криминалистической экспертизами.
НКВД СССР получал указание рассмотреть дела о находившихся в лагерях 14.700 польских военнопленных и содержавшихся в тюрьмах 11.000 поляков (количество давалось округленно) «без вызова арестованных и без предъявления обвинения, постановления об окончании следствия и обвинительного заключения» — на основании справок Управления по делам военнопленных НКВД СССР и справок из дел, предоставляемых НКВД УССР и НКВД БССР.
Рассмотрение дел и вынесение решений возлагалось постановлением на «тройку» в составе руководящих работников НКВД СССР — заместителей наркома В.Н. Меркулова и Б.З. Кобулова, а также начальника 1-го спецотдела Л.Ф. Баштакова. Однако как рассмотрение дел, так и вынесение решений превращалось в чисто техническую ведомственную операцию, поскольку постановление предписывало «рассмотреть в особом порядке, с применением к ним высшей меры наказания — расстрела».
Это надправовое решение придавало минимальную видимость законности в глазах исполнителей расстрелов, поскольку об этом никто другой не должен был знать, так как акция проводилась в строжайшей тайне. Она была сугубо внутриведомственным делом, сведенным до технической процедуры исполнения. Сам состав «тройки», в которой Л.П. Берия был заменен Л.Ф. Баштаковым, занимавшимся оформлением документации на расстрелянных, говорит о снижении ее ведомственного уровня на порядок даже по сравнению с особым совещанием. По запросу заместителя начальника Управления по делам военнопленных НКВД СССР И.И. Хохлова от 11 марта 1940 г. со сроком исполнения 15 марта был составлен список содержавшихся в лагерях священнослужителей (т. 3/39. Л.д. 102—103), которые были вывезены из лагерей и расстреляны. В Смоленске, по показаниям П.Ф. Климова, они расстреливались в подвале УНКВД (т. 15. Л.д. 82).
На основании постановления от 5 марта 1940 г. Сопруненко формировал в апреле—мае 1940 г. из военнопленных команды по 90—260 человек, на которых оформлял списки-предписания (с единой нумерацией для всех трех лагерей) с приказами начальникам лагерей отправлять их в УНКВД Смоленской, Калининской и Харьковской областей (т. 6/42. Л.д. 112, 113; т. 7/43. Л.д. 104—107; т. 11. Л.д. 1-361 и др.).
С 1 апреля по 19 мая 1940 г. на основании составленных П.К. Сопруненко и его заместителем И.И. Хохловым списков из лагерей военнопленных железнодорожным транспортом под охраной конвоиров 236-го полка конвойных войск НКВД СССР (т. 1/50. Л.д. 9—370) во внутренние тюрьмы НКВД и на станцию Гнездово под Смоленском, в Катынский лес отправлялись команды военнопленных.
Расстрелы осуществлялись во внутренних тюрьмах УНКВД в специально оборудованных помещениях вечером и по ночам, поодиночке, в Катынском лесу — днем, партиями. Расстрелами и захоронениями поляков занимались сотрудники комендантской службы, тюремные надзиратели и водители УНКВД названных областей. Вся непосредственная работа по отправке военнопленных на расстрел контролировалась Управлением по делам военнопленных НКВД СССР и лично П.К. Сопруненко и И.И. Хохловым, которые требовали неукоснительного соблюдения секретности и точности при отправке военнопленных в соответствии со списками-предписаниями, а также систематических докладов о ходе разгрузки лагерей (т. 11/47. Л.д. 118-122; т. 8. Л.д. 332; т. 7. Л.д. 227, 237; т. 7/43. Л.д. 103-107; т. 10/46. Л.д. 261-263; т. 20. Л.д. 39-40, 71-73, 117-118, 119). П.К. Сопруненко, в свою очередь, еженедельно составлял для отчета перед руководством НКВД СССР о проведении операции сводки о наличии военнопленных в лагерях НКВД и справки о прохождении дел (т. 10/46. Л.д. 243—335). После завершения операции по указанию П.К. Сопруненко и С.В. Нехорошева значительная часть документации о военнопленных для сокрытия факта расстрела была сожжена (т. 7/43. Л.д. 109, 151—152). Поскольку в лагеря продолжала поступать корреспонденция и запросы от родственников расстрелянных поляков, было предписано возвращать их «за ненахождением адресата» (т. 13/49. Л.д. 250; т. 10/46. Л.д. 152).
Согласно записке КГБ при СМ СССР за подписью председателя КГБ А.Н. Шелепина от 3 марта 1959 г. всего было расстреляно 21.857 человек «лиц бывшей буржуазной Польши», в том числе в Катынском лесу (военнопленных из Козельского лагеря) — 4.421 человек, из Старобельского лагеря — 3.820 человек, из Осташковского лагеря — 6.311 человек (как место расстрела указывались лагеря). 7.305 человек были расстреляны в «лагерях и тюрьмах Западной Украины и Западной Белоруссии» (т. 115. Л.д. 17—19).
Допрошенный в качестве свидетеля А.Н. Шелепин подтвердил подлинность записки и фактов, изложенных в ней.