Расшифрованная жизнь. Мой геном, моя жизнь - читать онлайн книгу. Автор: Крейг Вентер cтр.№ 80

Тогда же мои оппоненты начали ссориться между собой. Члены небольших лабораторий секвенирования были фактически выдворены с этих важнейших совещаний, которые проводились, по сути, влиятельными геномными компаниями, возглавляемыми фигурами вроде Уотерстона и Ландера. Активнее всех идею выпустить пробный вариант секвенирования генома человека поддержал Эрик, который настаивал, чтобы этот проект был осуществлен в рамках федеральной программы, даже если в геноме останется много пробелов. А Коллинз, находящий идею партнерства со мной абсолютно неприемлемой, был вынужден делать вид, что принимает мое предложение всерьез – из опасения, что в противном случае конгресс раскритикует его за отказ от сотрудничества с частной компанией, которое могло бы сэкономить налогоплательщикам сотни миллионов долларов.

Однако некоторым ученым, не вовлеченным в геномный проект, явно нравилось видеть, что эти люди – очень небольшая группа с огромным финансированием исследований генома человека, – наконец получают по заслугам ^{140}.

А вскоре мне позвонил директор Геномного центра Стэнфордского университета Дэвид Кокс. Он объяснил, что никак не сможет присоединиться к нашему Консультативному совету; оказалось, что после моего ухода Коллинз пригласил его прогуляться по аллее, пролегающей вдоль сосен и каменных стен кампуса Колд-Спринг-Харбор, излюбленному маршруту для конфиденциальных разговоров.

«Жаль, если вы не сможете участвовать в геномном проекте», – сказал Коллинз. И было совершенно ясно, что он имел в виду. Если Кокс примет мое предложение, НИЗ прекратит финансирование его лаборатории. «Почему обязательно нужно выбирать?» – спросил Кокс. Коллинз покачал головой и задумчиво улыбнулся, будто сожалея о несовершенстве мира. «Если вы станете членом совета Крейга, – сказал он, тщательно выговаривая каждое слово, – никто в программе не захочет больше с вами работать. Придется выбирать» ^{141}.

Через два года Коллинз все равно сократил финансирование его лаборатории, и Дэвид, в конце концов, ушел из Стэнфорда и создал компанию Perlgen для картирования вариаций геномной последовательности человека. Моя мечта работать над секвенированием генома человека вместе с федеральной программой прожила недолго. Я снова был предоставлен сам себе и горел желанием начать работать.

После некоторого обсуждения мы придумали свой логотип – маленькую танцующую фигурку, с ножками в виде двойной спирали. Мы и название придумали нашей новой фирме – Celera, от латинского «ускорять».

Для проведения секвенирования методом дробовика Celera нужны были специалисты в самых разных областях. Процесс начинается с извлечения ДНК из клеток человека (крови или спермы). Следующим важным шагом является преобразование этой ДНК в простые и удобные для секвенирования фрагменты – создание так называемой геномной библиотеки – путем фрагментирования ДНК на определенные участки с помощью ультразвуковых волн или других методов. Используя несложные лабораторные процедуры, фрагментированные ДНК разделяются в зависимости от размеров. Затем можно взять отрезок заданного размера, длиной, скажем, в 2 тысячи пар оснований (2 тысячи пар нуклеотидов, или 2 кб) и вставить его в «клонирующий вектор» – набор генов бактерии E. coli, позволяющий вырастить фрагмент ДНК. Если повторить эту процедуру со всеми отрезками, полученная в результате геномная библиотека будет иметь все части генома человека, представленного в миллионах фрагментов длиной в 2000 пар оснований. Изначально фрагменты получены из миллионов полных геномов, а потому многие фрагменты содержат перекрывающиеся участки ДНК из-за случайного разбиения хромосом. Затем, путем случайного выбора клонов ДНК из такой библиотеки полного генома, можно их секвенировать и, сопоставив с помощью компьютера совпадающие участки, снова «сшить» вместе для получения копии всего генома. Как и при обучении игре на фортепьяно, изложение принципов метода достаточно несложно, но высокое качество «игры» подвластно лишь искусному исполнителю. Мне нужны были лучшие в мире специалисты, чтобы выполнить эту работу доселе невиданного масштаба.

Один из них – Хэм Смит, у него действительно золотые руки, и он лучше, чем кто-либо из известных мне людей, умеет манипулировать молекулами ДНК. Еще одним членом моей идеальной команды был Марк Адамс. Никто не разбирался в сложной технологии и не работал так быстро, как он. К тому же я мог полностью полагаться на его выбор при приеме на работу квалифицированных специалистов – у Марка удивительное чутье на людей. Я попросил Марка взять на себя организацию центра секвенирования ДНК в Celera.

Нам нужно было автоматизировать все этапы секвенирования ДНК, и я буквально вытащил из центра секвенирования TIGR Жанин Гокейн, которая работала вместе со мной в НИЗ в 1987 году, когда мы настраивали наш самый первый секвенатор. Я всегда восхищался ее мастерством и преданностью делу и знал, что могу рассчитывать на нее на все сто.

Но оставалось еще немало проблем. Я фактически не видел ни одного нового устройства в работе – они пока просто не существовали. Еще большее беспокойство у меня вызывал вопрос, как справиться с потоком результатов секвенирования, которые мы будем получать. Все производимые нами расчеты по сборке полного генома человека приводили к одному и тому же выводу: придется разработать один из самых мощных из когда-либо существовавших компьютеров, возможно, даже самый мощный на планете. Для решения этой задачи я сформировал специальную команду во главе с руководителем отдела программного обеспечения TIGR Энн Делатес Мейз. В нее вошел также Тони Керлавадж, с первых дней работавший со мной в НИЗ и сыгравший важную роль в использовании новых информационных технологий.

Наша проблема тут же заинтересовала гигантов компьютерной индустрии. Вскоре на нас обрушился шквал презентаций продукции Sun, Silicon Graphics, IBM, HP и Compaq, которая только что приобрела Digital, создателей процессора «Альфа», самого мощного из существующих компьютерных процессоров (который очень нравился Энн). Каждый из лидеров хай-тек пытался убедить нас, что только их программам по плечу эта задача, всем хотелось, чтобы именно их компьютер участвовал в расшифровке генома человека. Но чем больше я начинал в этом разбираться, тем труднее становилось принимать решение. Мы посетили Compaq в Калифорнии, где я увидел впечатляющую работу коллектива, деморализованного в результате слияния компаний. Мы посетили также исследовательские лаборатории IBM в Нью-Йорке, где для министерства энергетики создавался компьютер ASCII, модернизированная версия самого мощного компьютера в мире, предназначенного для моделирования ядерных взрывов. Мне очень понравились компания IBM и ее руководство, особенно Николас Донофрио. Но представители IBM не склонны были предлагать нам подходящие варианты на выбор, настойчиво подсовывая единственное решение всех наших проблем. А мне нужна была система, которая будет работать хорошо и быстро, в соответствии с очень сложной, еще не написанной компьютерной программой. И я был готов потратить на это все сумму от 50 до 100 миллионов долларов.