Когда при Хрущеве стали выяснять, что из предъявленного Тухачевскому и другим является чистым вымыслом, то оказалось, что, за исключением намерения добиться смещения Ворошилова (что само по себе не преступление), всё остальное опровергается объективными данными документов и показаниями уцелевших свидетелей. Так, Путна показал, что когда в сентябре 1935-го узнал о своем отзыве с поста военного атташе в Англии в Москву, то сообщил об этом в Париж сыну Троцкого Льву Седову. От последнего в начале октября в Лондон был доставлен пакет с его запиской Путне и «доверительным письмом» самого Троцкого Тухачевскому. Ознакомившись с письмом, Михаил Николаевич якобы просил Путну передать Седову, что Троцкий может на него, Тухачевского, рассчитывать. Однако на суде маршал говорил о том, что получил письмо Седова, а не Троцкого, но эта нестыковка ни следователей, ни судей не волновала. Сценарий создавался в спешке, и не было времени согласовывать показания подсудимых во всех деталях. Зато удалось добиться от Путны и Тухачевского признания, что они встречались с Седовым в феврале 1936 года в парижском кафе «Вена» (встречу якобы организовал Путна).
Комиссия ЦК обратилась за информацией к бывшему парижскому резиденту НКВД в 1932–1938 годах Афанасьеву, который охотно разъяснил абсурдность всего, что говорилось по этому поводу на процессе Тухачевского: «Я возглавлял нелегальную резидентуру в Париже, которая занималась, главным образом, разработкой деятельности сына Троцкого — Седова и его окружения… Мы были в курсе дела самой засекреченной конспиративной деятельности Троцкого и Седова. Поэтому, когда ставится вопрос, могли ли иметь место встречи Седова с Тухачевским, Путной и другими военными деятелями Советского Союза, о чем говорилось на процессах, имевших место в Москве с 1936 по 1938 год, то можно утверждать, что это не соответствует действительности… Те агентурные и документальные материалы, которые мы получали в процессе разработки Троцкого, Седова, Клемана и частично РОВСа в Париже, ни прямо, ни косвенно не подтверждали те обвинения, которые выдвигались против военных деятелей Красной Армии в связи с делом Тухачевского, Корка, Гамарника, Путны и др.».
Чекисты очень плотно «пасли» Седова, окружение которого было нашпиговано секретной агентурой (предполагают, что она приложила руку к смерти сына Троцкого). Тут бы птица незамеченной не пролетела бы, а тем более маршал, первый заместитель наркома обороны…
И то же самое по другим эпизодам дела. Например, в суде Тухачевский признал: «Когда в 1932 году Ромм привез мне предложение Троцкого собирать троцкистские кадры, я согласился на это. Таким образом, я считаю начало организации нашего военного заговора с 1932 года». Тут сразу бросается в глаза явная неувязка. Если в 1935 году Тухачевский сообщал через Путну Троцкому, что тот может на него рассчитывать, то это можно понять таким образом, что ранее маршал не заявлял о своей поддержке Троцкого. А тут вдруг выясняется, что он был агентом Троцкого аж с 32-го года! Главное же, что Ромма, вместе с Тухачевским ездившего в Германию в том году, расстреляли еще в марте 37-го, и в его показания, сочиненные с начала и до конца, следователи еще не рискнули вставить имя Тухачевского — в то время второго человека в Красной армии после Ворошилова. Создать непротиворечивую картину заговора, основанную на вымышленных показаниях десятков в реальности не связанных между собой лиц, — эта задача людям Ежова явно была не под силу, особенно в те сжатые сроки, которые поставил перед ними Сталин.
Уже после окончания Второй мировой войны получила широкое распространение версия, согласно которой в фабрикации дела Тухачевского роковую роль сыграла некая «красная папка» о конспиративных связях советских военачальников с генералами рейхсвера, переданная с санкции Гитлера в провокационных целях в руки НКВД. В Советском Союзе эту историю обнародовал Хрущев в заключительном выступлении на XXII съезде партии 27 октября 1961 года: «Как-то в зарубежной печати промелькнуло довольно любопытное сообщение, будто бы Гитлер, готовя нападение на нашу страну, через свою разведку подбросил сфабрикованный документ о том, что товарищи Якир, Тухачевский и другие являются агентами немецкого генерального штаба. Этот „документ“, якобы секретный, попал к президенту Чехословакии Бенешу, и тот, в свою очередь, руководствуясь, видимо, добрыми намерениями, переслал его Сталину. Якир, Тухачевский и другие товарищи были арестованы, а вслед за тем и уничтожены».
Как же родилась эта версия? Впервые тезис о роли германских спецслужб в деле Тухачевского высказал ставший невозвращенцем бывший советский разведчик-нелегал Вальтер Кривицкий в 1940 году, незадолго до своего загадочного самоубийства. Однако подробный рассказ о будто бы проведенной Имперским главным управлением безопасности (РСХА) под руководством ее шефа Рейнхарда Гейдриха операции по дискредитации Тухачевского появился только в 1953 году в мемуарах бывшего офицера 6-го управления РСХА (управления внешней разведки) Вильгельма Хёттля «Секретный фронт» (на немецком языке книга вышла под псевдонимом Вальтер Хаген). В главе «Как фальшивомонетчики убили советского маршала» он писал: «11 июня 1937 года советское информационное агентство ТАСС вызвало мировую сенсацию, сообщив, что по приказу наркома внутренних дел восемь старших генералов Красной Армии, среди которых бывший заместитель наркома обороны маршал Советского Союза Тухачевский, арестованы и предстали перед военным судом. Судебный процесс никаких сюрпризов не принес. Советская юридическая система была уже хорошо знакома миру, и пародия на юстицию, фарсовые судебные процессы против троцкистской оппозиции в 1936 году, вместе с обилием не вызывающих доверия признаний обвиняемых, были еще свежи в людской памяти. Никто потом не удивился, когда утверждалось, что Тухачевский и его товарищи признались, что они организовали подпольное оппозиционное движение, что они были в связи с верховным военным командованием враждебной СССР державы и передавали сведения о Красной Армии. Также не были неожиданностью осуждение обвиняемых и их скорая казнь. То, что судебное заседание под председательством Ульриха, главы Военной коллегии, и с участием Генерального прокурора Вышинского в качестве государственного обвинителя было закрытым, породило множество комментариев. Никто, однако, не знал, какие события привели к осуждению Тухачевского, и никто позднее не поверил разоблачению, будто глава германской секретной службы сыграл решающую роль в этом деле.
Гейдрих решил использовать свою тайную организацию против Советского Союза в 1935 году. Первоначально он имел в своем распоряжении лишь скудные денежные средства и вынужден был довольствоваться информацией из вторых рук, получаемой из-за границы и особенно от живущих в Германии русских эмигрантов. Эмиграция в Германии имела тесные связи с парижской эмигрантской колонией, которая вместе с колонией в Белграде имела наибольшее значение в Европе. Гейдрих таким образом смог через своих агентов установить контакт с центральным комитетом эмиграции в Париже. Здесь его представитель завязал отношения с бывшим белым генералом Скоблиным, чьей женой была знаменитая оперная певица Надежда Плевицкая. Эта чета занимала важное, хотя в некотором степени двусмысленное положение в среде парижской эмиграции, поскольку считалось, что им нельзя полностью доверять. Агент Гейдриха выяснил, что Скоблин поддерживает превосходные отношения с самыми высокими кругами в Москве. Это само по себе было удивительным, поскольку ни в каком другом случае эмигрантская секретная служба не имела успеха в проникновении в верхние эшелоны советской иерархии. В последующей работе со Скоблиным немецкий агент выяснил, что, подобно своему печально знаменитому соотечественнику Евно Азефу, который попеременно продавал революционеров царской полиции и наоборот, генерал работал на обе стороны — как за Советский Союз, так и против него. Двойная игра Скоблина не казалась Гейдриху достаточным основанием для отказа от его использования, а Скоблин, со своей стороны, проявил полную готовность, за какую-то цену, добавить германскую секретную службу в список своих работодателей. От него Гейдрих получал сведения, вплоть до конца 1936 года, что Тухачевский планирует захватить власть с помощью Красной Армии и избавиться от Сталина и большевистского режима в целом. Была ли эта информация истинной, остается открытым вопросом, поскольку шеф НКВД Ежов, который предоставил Вышинскому свидетельства против Тухачевского, вскоре сам был казнен. Из свидетелей того, как готовился процесс, вряд ли кто сейчас остался в живых, и ожидать, что Вышинский, маршал Ворошилов, игравший важную роль, или сам Сталин когда-либо заговорят, было бы чересчур оптимистичным. Данный вопрос в любом случае не имеет большого значения для решения проблемы. Единственный вопрос, по-настоящему имеющий значение, это действительно ли свидетельство, что Тухачевский составил заговор против Сталина, было сфабриковано таким же образом, как и свидетельство о его предательских связях с некой иностранной державой.