2 октября 1942 года в Антроповском районе Ярославской области была задержана группа агентов-парашютистов, в прошлом военнослужащих РККА. У них были изъяты: радиостанция, один ящик с взрывчаткой, три гектографа, запас чистой бумаги для изготовления листовок, 177 600 рублей, запасные штатские костюмы, фиктивные документы и чистые бланки. Группа имела задания: создать группы из антисоветских элементов и при их помощи организовать диверсии на железнодорожном транспорте и иных объектах, теракты в отношении совпартактива, печатание и распространение листовок от имени «Боевого cоюза русских националистов» (БСРН), сбор и передачу по радио разведывательной информации. Все трое прошли обучение в разведывательно-диверсионной школе «Цеппелина» в местечке Яблонь (Польша).
2 октября 1942 года аналогичная группа была задержана в Тамбовской области. При группе были рация, ящик с взрывчаткой, 9 револьверов, гектограф, 200 листовок БСРН, 135 850 рублей, фиктивные документы и пр.
В середине лета 1943 года в Грузию были заброшены питомцы Аушвицкого лагеря «Цеппелина» с заданием активизировать национальное меньшевистское подполье и вербовать антисоветски настроенных граждан для подготовки восстания против Советской власти.
В августе 1943 года на территорию Гурьевской области Казахстана было сброшено несколько агентов «Цеппелина», казахов по национальности, с аналогичным заданием. План предусматривал ряд мероприятий вплоть до провозглашения Казахстана суверенным государством под протекторатом Третьего рейха.
Летом 1944 года в Пятигорском районе были сброшены с самолета агенты-кабардинцы. Им поручалось проведение диверсий на железнодорожном транспорте, промышленных объектах и установление связи с повстанцами Северного Кавказа. В дальнейшем предполагалось оказать им содействие в вербовке новых членов и организации терактов.
В августе 1944 года в район Майкопа было выброшено две группы (12 агентов), выпускников филиала спецшколы в местечке Брюккенорд. Группа должна была совершать диверсии в железнодорожных и промышленных объектах, установить контакты с повстанческими отрядами и использовать их при совместных акциях в горной местности, а затем поднять выступление горцев против Советской власти.
Эти и иные случаи заброски агентуры «Цеппелина» в различные национальные регионы СССР не достигли желаемого результата. Большинство агентурных групп было нейтрализовано советскими спецслужбами.
После начала советского наступления на Восточном фронте «Цеппелин» активизировал мероприятия по организации сбора разведывательной информации и подготовке диверсионных актов.
Осенью 1944 года были ликвидированы диверсанты «Цеппелина» Политов (Таврин) и Шилова. Диверсантам было поручено проведение диверсионно-террористического акта в отношении Верховного Главнокомандующего И.В. Сталина. Для выполнения этого задания Политов (Таврин) был снабжен реактивным гранатометом скрытого ношения «панцеркнакке» с комплектом бронебойных снарядов, а также различными образцами стрелкового оружия и специальными (в т. ч. отравленными) боеприпасами. Агенты были залегендированы под супругов. Таврин выдавал себя за орденоносца Героя Советского Союза, майора Красной армии, Шилова — младшего лейтенанта медицинской службы (она же радист).
Руководство «Цеппелина» делало свою ставку на разжигание сепаратистских настроений внутри многонационального СССР. При этом особое внимание уделялось созданию и поддержке уже существовавших национальных движений. Их совместные усилия были направлены на раскол Советского Союза на национальные образования и организацию марионеточных государств под протекторатом «тысячелетнего рейха». Преследуя эти цели, РСХА и Восточным министерством в 1941 — 1942 годах был создан ряд национальных комитетов, игравших роль национальных правительств в изгнании. Так, были созданы грузинский, армянский, азербайджанский, туркестанский, северокавказский, волжско-татарский и калмыцкий национальные комитеты. Перед их членами была поставлена задача по привлечению и организации работы среди национальных кадров из числа эмигрантов, перебежчиков и военнопленных. «Внутренности» этих национальных комитетов были пронизаны агентурой различных немецких спецслужб. Члены этих комитетов использовались для ведения национальной пропаганды среди военнопленных, подбора из их среды потенциальных разведчиков и диверсантов для последующей заброски в советский тыл. Национальные комитеты также играли важную роль в создании разнообразных «туземных» формирований немецких вооруженных сил, подготовке кадров для работы в будущих «государствах» после победы Германии. Так, «Цеппелином» был создан «Туркестанский национальный комитет» (ТНК), члены которого принимали участие в подборе кадров и создании специального органа «Арбайтсгемайншафт «Туркестан», представлявшего собой «теплицу» для выращивания национальных кадров для будущего «Великого Туркестана». «АТ Туркестан» возглавлял кадровый сотрудник немецкой разведки, специалист по восточной проблематике штурмбаннфюрер СС доктор медицинских наук Ольцша Райнер.
«Предприятие «Цеппелин» с момента его создания и до окончания войны вело свою работу в тесном контакте с органами абвера, ОКВ и Восточным министерством. «Цеппелин» был подчинен VI управлению РСХА и в качестве реферата 6Ц входил в отдел, отвечавший за проведение разведывательных мероприятий в СССР и странах Ближнего Востока.
Главным руководящим звеном «Цеппелина» являлся Руководящий штаб, который до весны 1943 года находился в Берлине.
Руководящий штаб состоял из аппарата начальника органа и трех отделов, разделенных на подотделы:
отдел Ц1 — отвечал за комплектование и оперативное руководство низовыми органами и снабжение агентуры техническими средствами и снаряжением, имел 5 подотделов;
отдел Ц2 — отвечал за обучение агентуры, имел в своем составе 4 подотдела:
подотдел Ц2А — подбор и обучение русской агентуры,
Ц2Б — то же, из казаков,
Ц2Ц — то же, из уроженцев Кавказа и Закавказья,
Ц2Д — то же из уроженцев Средней Азии;
отдел Ц3 — обрабатывал материалы о деятельности особых лагерей «Цеппелина», фронтовых команд и агентуры, переброшенной в советский тыл.
В начале 1945 года штаб «Цеппелина» вместе с VI управлением РСХА был эвакуирован в южные районы Германии. Большинство руководителей «Цеппелина» после окончания военных действий оказалось в западной оккупационной зоне.
Фронтовые команды «Цеппелина»
Особая команда «Цеппелина» при айнзатцгруппе «А»
Была сформирована в апреле 1942 года и придана оперативной группе «А» полиции безопасности и СД на северном участке Восточного фронта. Штаб команды дислоцировался в Гатчине (Ленинградская область). В зону ответственности команды входили северные районы БССР, Калининской области РСФСР и другие районы Северной России вплоть до Финляндии. Главное внимание в работе особой команды уделялось основной цели германских войск на данном участке фронта — Ленинграду.
Группа вела в небольших масштабах подготовку агентуры. В апреле 1943 года вся подготовленная командой агентура была направлена в особый приемно-распределительный лагерь в местечке Замберг (Нижняя Силезия). В июне 1943 года команда была расформирована, на ее базе создана «Ауссенкоманда-I» с прежними функциями.