Столыпинские аграрные реформы, являвшиеся частью большого Проекта государственных преобразований России, начали разворачиваться в конце 1906 года. Для модернизации сельского хозяйства требовалось создание крепкого индивидуального землевладения. Царь высоко ценил Столыпина и возлагал на него большие надежды. В октябре 1909 года, находясь в Ливадии, он писал Марии Федоровне: «Столыпин провел здесь три дня и каждый вечер просиживал со мною по два часа. У него отличный вид и весьма бодрое настроение; здесь он хорошо гулял. Теперь он в Петербурге переезжает с Елагина в дом министерства внутренних дел, так как он считает неудобным оставаться в Зимнем дворце. По-моему, он прав, и для него гораздо удобнее жить в своем доме, а не во дворце».
Но Столыпина ожидали новые непреодолимые трудности. Когда в 1911 году принятый Думой его законопроект о введении земств в губерниях Севера и Юго-Западном крае был провален в Государственном совете действиями министра внутренних дел П. Н. Дурново и Д. Ф. Трепова, Столыпин обратился к государю с прошением об отставке. Мария Федоровна попыталась вмешаться в ситуацию и защитить Столыпина.
Чтобы лучше понять ситуацию, сложившуюся в Государственном совете, императрица пригласила к себе на беседу В. Н. Коковцова, занимавшего тогда пост министра финансов.
«…Ее рассуждения, — вспоминал он, — поразили меня своей ясностью, и я даже не ожидал, что она так быстро схватит сущность создавшегося положения. Она начала с того, что в самых резких выражениях отозвалась о шагах, предпринятых Дурново и Треповым. Эпитеты „недостойный“, „отвратительный“, „недопустимый“ чередовались в ее словах, и она даже сказала: „Могу я себе представить, что произошло бы, если бы они посмели обратиться с такими их взглядами к Императору Александру III. Что произошло бы с ними, я хорошо знаю, как и то, что Столыпину не пришлось бы просить о наложении на них взысканий: Император сам показал бы им дверь, в которую они не вошли бы во второй раз“».
Пытаясь объяснить действия своего сына, Мария Федоровна сказала:
«К сожалению, мой сын слишком добр и мягок и не умеет поставить людей на место, а это было так просто в настоящем случае. Зачем же оба, Дурново и Трепов, не возражали открыто Столыпину, а спрятались за спину Государя, тем более, что никто не может сказать, что сказал им Государь и что передали они от его имени для того, чтобы повлиять на голосование в Совете. Это на самом деле ужасно, и я понимаю, что у Столыпина просто опускаются руки и он не имеет никакой уверенности в том, как ему вести дела».
«Затем, — пишет далее Коковцов, — она перешла к тому, в каком положении оказывается теперь Государь, и тут ее понимание оказалось не менее ясным… „Я совершенно уверена, — сказала Мария Федоровна, — что Государь не может расстаться со Столыпиным, потому что он очень чуток и добросовестен. Если Столыпин будет настаивать на своем, то я ни минуты не сомневаюсь, что Государь после долгих колебаний кончит тем, что уступит, и я понимаю, почему он все еще не дал никакого ответа. Он просто думает и не знает, как выйти из создавшегося положения. Не думайте, что он с кем-либо советуется. Он слишком самолюбив и переживает создавшийся кризис вдвоем с Императрицей, не показывая и вида окружающим, что он волнуется и ищет выхода. И все-таки, принявши решение, которого требует Столыпин, Государь будет глубоко и долго чувствовать всю тяжесть того решения, которое он примет под давлением обстоятельств“».
Поразительно точным был и ее прогноз дальнейшего развития событий:
«Я почти уверена, что теперь бедный Столыпин выиграет дело, но очень ненадолго, и мы скоро увидим его не у дел, а это очень жаль и для Государя и для всей России. Я лично мало знаю Столыпина, но мне кажется, что он необходим нам, и его уход будет большим горем для всех нас… Нашелся человек, которого никто не знал здесь, но который оказался и умным, и энергичным и сумел ввести порядок после того ужаса, который мы пережили всего 6 лет тому назад, и вот — этого человека толкают в припасть, и кто же? Те, которые говорят, что они любят Государя и Россию, а на самом деле губят и его и родину. Это просто ужасно».
Набиравший силу терроризм беспокоил патриотические круги русской монархической интеллигенции. Ярким свидетельством этого является эпизод, имевший место 6 января 1911 года на сцене Мариинского театра в Петербурге во время представления оперы «Борис Годунов» с участием знаменитого певца Федора Шаляпина. На спектакле присутствовали император Николай II, императрица Мария Федоровна, великая княгиня Ксения Александровна, великий князь Константин Константинович Романов, великая княжна Ольга Николаевна и другие члены императорской семьи.
После сцены Бориса Годунова с детьми занавес неожиданно поднялся и зрители увидели на сцене стоявшего на коленях Шаляпина, а за ним хор в боярских одеждах и застывший в молчаливом ожидании. И вдруг раздались первые звуки гимна «Боже, царя храни» и грянул хор. Удивительный голос Шаляпина славил русского царя. Гимн под аккомпанемент могучего оркестра Мариинского театра был повторен три раза, подхвачен публикой.
Великий князь Константин Константинович, поэт и артист, находившийся в царской ложе, позже вспоминал: «Мы не сразу поняли, в чем дело. Заметив, что поют „Боже, Царя храни“, я вскочил, за мной сидевший рядом Георгий, встала императрица, жена, маленькая Ольга, Ирина и Ксения, встал и сам государь. Сбежался оркестр и подхватил гимн, раздались в зале крики „ура!“ и рукоплескания. Гимн повторили трижды. Императрица выдвинула государя, бывшего в углу ложи и скрытого от публики занавесками, вперед, и он откланялся и актерам и публике. Давно не переживали мы минут такого подъема. Я не мог удержать слез».
Лучшие представители русского общества, писатели, поэты и философы, понимали значение роли монарха в России как верховного лидера нации. Философ Сергей Булгаков в автобиографической повести писал: «Не хочу здесь богословствовать о царской власти, скажу только, что это чувство, эта любовь родилась в душе моей внезапно, молниеносно, при встрече Государя в Ялте, кажется, в 1909 году. Когда я его увидел (единственный раз в жизни) на набережной, я почувствовал, что и Царь несет свою власть, как крест Христов, и что повиновение Ему тоже может быть крестом Христовым во имя Его. В душе моей, как яркая звезда, загорелась идея священной царской власти, и при свете этой идеи по-новому загорелись и засверкали, как самоцветы, черты русской истории; там, где я раньше видел пустоту, ложь, азиатчину, загорелась божественная идея власти Божьей милостью, а не народным произволением. Религиозная идея демократии была низвергнута во имя теократии в образе царской власти».
1 сентября 1911 года в Киевском оперном театре во время представления оперы «Сказка о царе Салтане» в присутствии царя и его семьи был смертельно ранен премьер России Петр Аркадьевич Столыпин.
«…1-го вечером в театре произошло пакостное покушение на Столыпина, — писал Николай II матери после случившегося. — Ольга и Татьяна (великие княжны, старшие дочери царя. — Ю. К.) были со мною тогда, и мы только что вышли из ложи во время второго антракта, т[ак] к[ак] в театре было очень жарко. В это время мы услышали два звука, похожие на стук падающего предмета. Я подумал, что сверху кому-нибудь свалился бинокль на голову, и вбежал в ложу.