Первыми спецдисциплинами были «Коды» и «Основы криптографии». Основные лекторы по этим дисциплинам, полковник Борис Алексеевич Аронский и подполковник Михаил Спиридонович Одноробов, представляли два поколения советских криптологов.
Еще в апреле-мае 1941 года в советскую криптослужбу было мобилизовано около 50 молодых ученых из МГУ — математиков, физиков и выпускников Военной академии связи. Они не только смогли быстро найти в ней свое место, но и привнесли в криптоаналитическую работу новые идеи. Если «старые» криптоаналитики умели кропотливо, шаг за шагом накапливать сведения о ключе шифра противника, то математики, анализируя логические построения лишь частично известного ключа, находили алгоритмы его существенного пополнения.
Инженеры и физики начали создавать и внедрять в анализ шифров вспомогательную технику. Эти два фактора способствовали осуществлению качественного прыжка в «раскрытии» ключей, которые часто менялись. Достаточно большой вклад в становление этих методов внесли М. С. Одноробов, а также кандидаты физико-математических наук Георгий Иванович Пондопуло (1910–1996) и Михаил Иванович Соколов (1914–1998), которые преподавали новые математические методы анализа шифров и дешифровки шифропереписки.
Лекции М. С. Одноробова состояли из двух частей. Первая содержала систематизированное описание классических шифров с анализом их слабостей и подходов к их «взлому», вторая же знакомила с только опубликованной в западной прессе математической теорией стойкости секретных систем Клода Шеннона. В 1951 году был издан учебник М. С. Одноробова «Введение в криптографию», состоявший из четырех частей, общим объемом в 737 страниц.
Практические занятия по курсу состояли в дешифровке все более сложных шифров. Начиная с третьего семестра появились спецдисциплины, в которых нашли отображение новые веяния — механизированные способы шифрования, появившиеся уже после Первой мировой войны. Эти способы делились по принципу соединения с приемно-передающей техникой связи на два класса.
Один класс содержал в себе шифротехнику линейного шифрования или технику засекречивания. Второй содержал в себе шифротехнику предварительного шифрования, позволявшей быстро зашифровать или дешифровать криптограмму независимо от типа передающей техники. Первая (особенно телефонная) была чрезвычайно оперативной, но сложнее и дороже, вторая была проще и дешевле.
Курс, посвященный линейной аппаратуре, вел Евстигней Дмитриевич Щукин (1917–?). Его лекции были основаны на почти десятилетнем опыте создания и анализа техники засекречивания для телеграфной связи, выявившем целый ряд слабых сторон телеграфной линии при грубом вторжении. Е. Д. Щукин обращал особенное внимание на возможности использования таких слабостей при дешифровке, с одной стороны, и технические пути их преодоления — с другой.
Курс «Техника предварительного шифрования» в ту пору состоял из двух разделов. Первый из них заключался во всестороннем изучении особенностей механической портативной шифротехники, изобретенной в 1930-е годы шведом русского происхождения Борисом Хагелином. Полковником Михаилом Николаевичем Нестеренко и подполковником Давидом Михайловичем Трускановым было продемонстрировано, что разрекламированный критерий стойкости шифра — огромное количество ключей к нему — не всегда гарантирует невозможность его раскрытия. Обнаруженные уязвимости этих машин наряду с их широким распространением достаточно долго позволяли обеспечивать руководство СССР полезной информацией.
Второй раздел курса вел молодой криптограф-математик майор Василий Иванович Бобылев, который пришел в службу во время войны. Этот раздел базировался на анализе класса устройств, родоначальницей которого была изобретенная в конце 1920-х годов немецким инженером Шербиусом электромеханическая шифромашина «Энигма». Советские криптологи построили математическую теорию таких шифров, что дало возможность еще в ходе войны создать свои машины подобного класса, лишенные слабостей «Энигмы», и обосновать невозможность их дешифровки с помощью сверхмощной для того времени вычислительной техники.
На последнем, четвертом семестре ВШК вместе с другими спецдисциплинами преподавалась «Вспомогательная техника криптоанализа», о чем рассказывал полковник Владимир Степанович Полин. Эта техника в то время представляла собой отдельные релейные или даже многоламповые устройства, облегчавшие криптоаналитику трудоемкие процессы статистического анализа перехваченных шифроматериалов.
Уместно сказать несколько слов о первом начальнике кафедры криптографии ВШК М. И. Соколове. В начале 1941 года он был призван в армию и направлен в ГУСС. Во время войны он внес существенный вклад в разработку алгоритмов восстановления ключей некоторых шифров фашистской Германии и, отдавая много сил анализу шифротехники противника, раскрыл некоторые ее ключевые элементы, что не всегда, однако, приводило к регулярному чтению соответствующей переписки.
Полностью закономерным было его назначение на должность начальника кафедры криптографии. Заканчивал службу М. И. Соколов опять в аналитических подразделениях, внес много важного в теорию оценки параметров качества шифров, воспитал несколько молодых криптологов, доведя их до защиты кандидатских диссертаций.
Кроме того, с целью обеспечения обучения сотрудников советских криптологических подразделений приказом начальника ГУСС от 17 декабря 1952 года в соответствии с решением ЦК КПСС от 10 декабря 1952 года было организовано вечернее отделение по подготовке инженеров-криптологов с четырехлетним сроком обучения. Занятия на вечернем отделении начались 18 февраля 1953 года.
Учебный план вечернего отделения был рассмотрен на Ученом совете ГУСС и утвержден начальником ГУСС в сентябре 1952 года. В его основу был положен учебный план физико-математических факультетов педагогических институтов, срок обучения на которых также составлял четыре года, с дополнением дисциплин, знание которых было необходимо в практической деятельности разных оперативных подразделений Управления.
Планом предусматривалось изучение 24 дисциплин. Из общего числа 2216 часов (лекций — 1350 часов, групповых занятий — 866 часов) на изучение специальных дисциплин отводилось 316 часов. Ведущее место в учебном плане отводилось изучению математических дисциплин — 47 %. В отличие от дневного отделения, где слушателям по окончании обучения присваивалась квалификация «инженер-криптограф» и диплом на руки не выдавался, а вшивался в личное дело, выпускники вечернего отделения получали диплом единого для всех вузов образца с присвоением квалификации «инженер-вычислитель» по специальности «прикладная математика».
В случае окончания годовых курсов присваивалась квалификация «техник-криптограф», свидетельство на руки не выдавалось, а вшивалось в личное дело. В связи с этим выпускники нередко попадали в трудное положение, если хотели продолжить образование в гражданском вузе.
ВШК, подготовившая на протяжении 1951–1953 годов молодых высококвалифицированных специалистов-криптологов и создавшая условия для дальнейшего развития спецслужбы, даже в условиях ее неумного сокращения и раздробления, подверглась сильному сокращению в начале 1953 года (при ликвидации ГУСС). Под демобилизацию попали даже слушатели первого курса. Вместо М. И. Соколова, который оставил кафедру во время этой реорганизации, начальником был назначен его соратник Г. И. Пондопуло, который раньше курировал специальные группы подготовки криптологов на «закрытом» отделении мехмата МГУ.