Кроме флотской авиации, еще 10 МБР-2 составляли 2-й отдельный морской бомбардировочный авиационный пограничный полк Приморского пограничного округа (омбапп), базировавшийся на Камчатке и находившийся в оперативном подчинении 128-й смешанной авиационной дивизии 10-й воздушной армии ВВС КА.
В скоротечной военной кампании на Дальнем Востоке МБР-2 использовались не только и не столько как морские разведчики и самолеты ПЛО (тем более что японцы не вели активных боевых действий на море), а прежде всего как дневные (японские истребители в воздухе были тоже большой редкостью) и ночные бомбардировщики, а также как транспортные самолеты. В дальневосточных условиях с капризной погодой очень кстати оказались меньшие ограничения по погоде МБР-2 и более высокая летная подготовка экипажей разведывательных полков. На Сахалине, например, за все время ведения боевых действий (с 9 августа по 3 сентября 1945 г.) выдалось всего 7 летных и 5 ограниченно летных дней.
Морская авиация ТОФ начала боевые действия через два часа после объявления войны. Первыми «отбомбились» по корейскому порту Юки (ныне Унги) 12 МБР-2 из 115-го омрап, ведомые командиром полка майором И. Нехаевым. Летающие лодки продолжали работать по целям в Юки и ночью 10 августа. При подходе к цели для скрытности и внезапности МБР-2 снижались и ложились на боевой курс на малом газу. Ведущая пара гидросамолетов сбрасывала САБы, освещая город и порт, давая выбрать цель и прицельно отбомбиться ведомой паре. По данным послевоенного обследования порта Юки, аварийно-спасательной службой ТОФ морской авиацией потоплено пять японских судов. Из них летчики 115-го омрап претендуют на потопление одного транспорта 9 августа.
9—10 августа «амбарчики» записали на свой счет еще один, на этот раз полностью подтвержденный боевой успех. Примечательно, что это произошло в Охотском море, вдали от основного района боевых действий.
Следует пояснить, что вплоть до 9 августа 1945 г. на западном побережье Камчатки действовали японские рыболовные концессии, их обслуживали японские же рыболовные суда. После объявления войны японцы, пользуясь отсутствием боевых кораблей Тихоокеанского флота в Охотском море, предприняли попытку эвакуировать свою рыболовную флотилию, вывезя при этом часть добытой рыбопродукции Тем не менее, силами 60-го морского пограничного отряда Приморского пограничного округа в районах Ичинского и Кировского рыбокомбинатов были захвачены японский плавучий крабоконсервный завод «Riuko Маги № 2» и 59 различных промысловых судов. Но еще одна большая японская краболовная база «Kasado Маги» (6003 брт) попыталась уйти. Помешать японцам могла только авиация, поэтому на поиск «беглянки» была послана пара МБР-2 из 2-го омбапп, которые и обнаружили японское судно в районе устья реки Кихчик. После атаки «Kasado Маги» загорелась и затем затонула утром 10 августа. Победа была отнесена на счет экипажа старшего лейтенанта А. Ларионова, за что он, а также штурман лейтенант А. Угрюмое и воздушный стрелок-радист И. Грачев были награждены орденами Красной Звезды.
С 11 августа побережье Кореи было затянуто густым туманом, и МБР-2 115-го омрап летали только на воздушную разведку. Но уже 13 августа в порту Сейсин сложилась критическая ситуация. Японцы, стянув значительные силы, дали высаженному в порту десанту углубиться в город, а затем с наступлением темноты начали ожесточенную контратаку. На следующие сутки, с высадкой в порту еще одного батальона морской пехоты, бой разгорелся с новой силой. Требовалась немедленная поддержка с воздуха, а погода оставляла желать лучшего — низкая облачность (нижняя кромка — 300 м), местами густой туман. Подняться в воздух смогла только пара МБР-2ВУ из 63-й оаэ ВУ с наиболее опытными экипажами. Долетев до Сейсина, гидросамолеты «отбомбились» по японской батарее на мысе Комацу (другой вопрос — насколько прицельно), но, возвращаясь домой, один из самолетов разбился, врезавшись в гору в районе мыса Гамова.
МБР-2 48-го омдрап, входившего в состав Северо-Тихоокеанской флотилии (СТОФ), с первых дней боевых действий начали вести разведку и аэрофотосъемку южносахалинских портов Торо (ныне Шахтерск), Эсуторо (Углегорск) и Усиро. Это позволило изготовить фотопланшеты всех трех портов, так как их крупномасштабные карты и планы отсутствовали. Одновременно, с 10 августа, «амбарчики» 48-го омдрап начали ночные налеты одиночными самолетами на Торо, Эсуторо и Усиро. Бомбовая зарядка МБР-2 — «ночников», — как правило, составляла четыре ФАБ-100. До ухудшения погоды 14 августа МБР-2 успели совершить 14 боевых вылетов.
В ночь на 16 августа, перед высадкой десанта в порту Торо, самолеты 48-го омдрап в течение двух часов бомбили сам порт и поселок Тайхай, а затем наносили удары по вражеским опорным пунктам и районам сосредоточения японских войск. 17 августа летающим лодкам вместе с истребителями и штурмовиками пришлось, несмотря на дождь и низкую облачность, вылетать на поддержку десантников, встретивших при продвижении на юг Сахалина упорное сопротивление японцев у города Яма-Сигай. Всего с 16 по 17 августа ВВС СТОФ произвели 174 боевых вылета для поддержки десанта, в том числе МБР-2 — 12. С 18 августа пошли сильные дожди, и авиация СТОФ из-за погоды не летала. Удары по портам Усиро и Маока МБР-2 48-го омдрап возобновили 21 августа. После прекращения боевых действий МБР-2 совместно с «Каталинами» выполняли транспортные задачи, перевозя людей, авиатехническое имущество и другие грузы.
Летающие лодки 2-го омбапп, кроме упомянутого выше эпизода с потоплением «Kasado Маги», вели воздушную разведку в зоне Петропавловской военно-морской базы и приняли участие в Курильской десантной операции.
Война с Японией стала своеобразной «лебединой песней» МБР-2. Господство в воздухе принадлежало нашей авиации, японская ПВО, как правило, подавлялась бомбардировщиками и штурмовиками, поэтому летающие лодки боевых потерь не понесли. Воевавшие на МБР-2 115-й омрап и 48-й омдрап стали Краснознаменными и, соответственно, Юкинским и Сахалинским. Сами же МБР-2 с окончанием боевых действий прослужили на Тихом океане довольно долго — в 1950 г. они еще поднимались в воздух. Но постепенно «амбарчики» уступили свое место полученным по ленд-лизу «Каталинам».
За пределами СССР
Кроме Советского Союза, МБР-2 эксплуатировались еще в двух странах — Финляндии и Корейской народно-демократической республике. Причем, если в КНДР «амбарчики» были переданы вполне официально (об этом ниже), то поставлять летающие лодки финнам никто никогда и не собирался. Все финские самолеты были трофеями так называемой «войны-продолжения» 1941–1944 гг.
Вообще, Финляндия в наибольшей степени из всех участников Второй мировой войны оснащала свои вооруженные силы трофейным оружием и боевой техникой и применяла ее в боевых действиях. Финские ВВС имели в общей сложности пять МБР-2 различных модификаций, получивших финские номера от W-181 до W-185. Номера W-183 и W-184 получили МБР-2-М-17, остальные летающие лодки относились к модификации МБР-2-М-34. Все машины финны захватили в период с 24 июня 1941 г. по 16 февраля 1942 г.
Служба МБР-2 в финских ВВС была непродолжительной. Летающие лодки использовались эскадрильями LeLv15, LeLv12 и LeLv6 как разведчики, морские спасатели и противолодочные самолеты в Ботническом и Финском заливах, для сброса листовок в районе Ладоги и решения других задач. До 7 октября 1942 г., когда состоялся последний полет финского МБР-2, они налетали от 8 до 35 ч каждый. Исключение составил МБР-2-М-17 W-184. Этот «амбарчик», ставший финским трофеем 14 августа 1941 г. в Восточной Карелии, не летал вообще, а был сразу разобран на запчасти.