В том же 1948 г. в состав МГБ перешли Управление советников в странах народной демократии и службы «ЕМ» и «СК». На их основе 17 октября 1949 г. приказом МГБ СССР № 00333 было создано 1-е управление МГБ, на которое возлагались задачи по управлению внешней контрразведкой. Основными из этих задач были:
— контрразведывательное обеспечение совколоний;
— выявление и пресечение подрывной деятельности контрразведывательных органов капиталистических стран и эмигрантских центров, направленной против СССР.
Начальником 1-го управления 17 октября 1949 г. был назначен Георгий Валентинович Утехин, которого 4 января 1951 г. сменил Сергей Николаевич Карташов. Для выполнения поставленных перед ним задач 1-е управление имело собственные резидентуры в советских представительствах за рубежом.
Что касается КИ, то в феврале 1949 г. его статус был изменен — его передали из Совета Министров СССР в ведение МИДа. Согласно приказу, «Комитет информации не становится частью Министерства иностранных дел ни административно, ни финансово, ни организационно, оставаясь независимым учреждением. Комитет информации является секретной организацией и финансируется из специальных фондов Совета Министров СССР». В ведении КИ оставалась политическая, экономическая и научно-техническая разведка. Новым председателем КИ после ухода В. Молотова с поста министра иностранных дел с 4 марта 1949 г. стал его преемник в МИД А.Я. Вышинский, а его сменил первый заместитель министра В.А. Зорин. Как и при В. Молотове, практическое руководство работой КИ осуществлял первый заместитель А. Вышинского генерал-лейтенант Сергей Романович Савченко (с 24 августа 1949 по 2 ноября 1951 г.). Структура Комитета информации при МИД СССР включала в себя:
1-е управление (англо-американское) — полковники К.М. Кукин, А.И. Раина;
2-е управление (европейское) — полковник И.И. Агаянц;
3-е управление (ближне — и дальневосточное) — полковник A.M. Отрощенко;
4-е управление (нелегальной разведки) — полковник A.M. Коротков, А.А. Крохин;
5-е управление (разведывательной информации);
Отдел НТР — полковник Л.Р. Квасников;
Отдел «Д» — полковник А.Г. Граур;
Отдел шифросвязи;
Отдел радиосвязи;
Отдел оперативной техники;
Отдел безопасности совколоний.
Но дни КИ, как органа внешней разведки, были сочтены. 2 ноября 1951 г. во избежание ненужного параллелизма загранаппараты КИ и 1-го управления МГБ были объединены. Оставшийся после этого так называемый «маленький» Комитет информации при МИД СССР просуществовал до 1958 г., когда, утратив функции спецслужбы, был преобразован в Управление внешнеполитической информации (уже не «при», а в структуре МИД). Часть функций КИ перешла в Отдел информации ЦК КПСС (существовавший до 1959 г., его заведующим был Георгий Максимович Пушкин). Впрочем, дезинформация оставалась в ведении КИ (2-я служба или служба «Д», в ПГУ отдел дезинформации был образован в январе 1959 г. во главе с И.И. Агаянцем).
Федотов, пониженный в должности, оставался зампредом КИ до 1952 г. будучи по совместительству с мая 1949 г. членом Комиссии по выездам за границу при ЦК ВКП(б).
Служебная деятельность Федотова получала следующие оценки (из аттестации 1951 г.):
«…Приложил много усилий в деле укрепления заграничного разведаппарата, в частности в деле подбора и пополнения его соответствующими работниками, а также по отработке практических задач по организации разведработы в каждой отдельной стране. Провел целый ряд мероприятий, направленных на укрепление центрального аппарата и улучшение его работы».
В феврале 1952 г. Комитет информации был упразднен, а Федотову, 6 февраля 1952 г. освобожденному от всех должностей, выведенному за штат и направленному в распоряжении УК МГБ СССР, в течение года пришлось ждать нового назначения.
Смерть Сталина вызвала большие перемены, в том числе и в органах госбезопасности. Уже 5 марта на совместном заседании ЦК КПСС, Совет Министров и Президиума Верховного Совета СССР было принято решение об объединении МГБ и МВД СССР в единое ведомство во главе с Берией. 11 марта 1953 г. постановлением СМ СССР были назначены первые заместители министра МВД. Ими стали: член ЦК КПСС бывший министр МВД генерал-полковник Сергей Никифорович Круглов, кандидаты в члены ЦК партии генерал-полковник Богдан Захарович Кобулов и бывший первый заместитель Круглова в МВД генерал-полковник Иван Александрович Серов, заместитель по войскам — кандидат в члены ЦК КПСС генерал армии Иван Иванович Масленников.
Все это были близкие сотрудники Берии (особенно Кобулов).
Приказом МВД СССР № 002 от 14 марта 1953 г. была утверждена структура МВД. Согласно ей, были образованы 1-е Главное управление — контрразведывательное, во главе с П.В. Федотовым; внешняя разведка вошла в МВД как 2-е Главное управление, ее начальником был назначен генерал-лейтенант B.C. Рясной; 3-е управление (военной контрразведки) возглавил Гоглидзе, 4-е (секретно-политическое) — бывший помощник Берии по Совету Министров генерал-лейтенант Н.С. Сазыкин, 5-е — экономическое — генерал-лейтенант Н.Д. Горлинский 6-е — транспортное — генерал-майор П.П. Лорент, 7-е — наружное наблюдение — генерал-майор М.И. Никольский, 9-е — охраны правительства — генерал-майор С.Ф. Кузьмичев, котрольную инспекцию по проверке исполнения приказов министра — генерал-лейтенант Л.Ф. Райхман, 10-е — управление коменданта Кремля — генерал-лейтенант Н.К.Спиридонов, следчасть-генерал-лейтенант Л.Е. Влодзимирский, отдел «П» (спецпоселений) — полковник В.И. Алидин. Было образовано 7 спецотделов: учетно-архивный, секретной техники, изготовления документов, радиоконтрразведки, изготовления опертехники, перлюстрации, гохрана. Их начальниками, соответственно, стали полковники А.С. Кузнецов, Н.А. Карасев, генерал-лейтенант С.С. Бельченко, полковник Л.Н. Никитин, генерал-майор В.А. Кравченко, генерал-лейтенант А.И. Воронин, полковник Н.Я. Баулин. Отдел «М» (мобилизационный) возглавил генерал-лейтенант Н.И. Яценко, а отдел «С» (спецсвязи) — полковник П.Н. Воронин. Войсковые управления возглавили: погранвойск — генерал-майор П.И. Зырянов, внутренней охраны — генерал-лейтенант Т.Ф. Филиппов, конвойной охраны — генерал-лейтенант А.С. Сироткин, военного снабжения — генерал-майор Я.Ф. Горностаев, военно-строительное — инженер-полковник П.Н. Соколов, службы МПВО — генерал-лейтенант И.С. Шередега. Главным милиционером стал один из бывших заместителей Игнатьева, генерал-лейтенант Стаханов, главным архивистом — генерал-майор В.А. Стыров, главным кадровиком — генерал-лейтенант Обручников, главным пожарным — генерал-майор Ф.П.Петровский, главным тюремщиком — полковник М.В. Кузнецов. Отделом по контролю и инспектированию военизированной охраны руководил генерал-майор Г.П. Добрынин, ХОЗУ — генерал-лейтенант М.И. Журавлев. Вернулось на Лубянку со Старой площади бывшее ГУСС при ЦК КПСС, ставшее теперь 8-м, шифровальным, управлением, вместе со своим прежним начальником полковником И.Савченко. Секретариат МВД возглавил генерал-лейтенант С.С. Мамулов, секретариат ОСО — генерал-майор В.В. Иванов, оба старые помощники Берии. В Коллегию, кроме заместителей, вошли Федотов, Рясной, Гоглидзе, Сазыкин, Стаханов, Обручников, Мамулов. После Берии, лично курировавшего 3-е, 8-е, 9-е и 10-е управления, следчасть, управление кадров, Контрольную инспекцию, Секретариаты МВД и ОСО, вторым человеком, первым среди 1-х заместителей, был Кобулов, курировавший 1-й и 2-й главки, 7-е управление и первые 6 спецотделов. Остальные замы распределили между собой 4-е, 5-е управления, отделы «М», «П», «С», 7-й спецотдел, Центральное архивное управление и все хозяйственные подразделения (Круглое), 6-е управление, главные управления милиции и пожарной охраны, управление службы местной противовоздушной обороны, тюремное управление и отдел по контролю и инспектированию ВОХР (Серов). Войсками занимался Масленников.