Несмотря на заявление о невмешательстве в политическую борьбу в России, командование корпуса и руководство чехословацкого национального Совета поддерживало русские контрреволюционные силы Украинской рады, Добровольческой армии, организации Бориса Савинкова и правых эсеров.
Вскоре чехословацкий корпус объявили автономной частью французской армии. Советское правительство поставило вопрос о переброске его в Европу.
Во второй половине марта корпус покинул Украину. Советское правительство выразило готовность переправить его по железной дороге во Владивосток, при условии лояльности военнослужащих и сдачи основной части вооружения в назначенных для этого пунктах. Чехословаки скрывали оружие от контрольных проверок, провоцировали инциденты на железнодорожных станциях, обвиняли советскую власть, что она намеренно затягивает продвижение войск по Сибирской железной дороге.
Верховный совет Антанты использовал чехословацкий корпус в качестве авангарда своих вооружённых сил на Советском Севере и в Сибири.
На совещании, проведённом в Челябинске двадцатого мая одна тысяча девятьсот восемнадцатого года, делегаты от частей чехословацкого корпуса приняли решение оружие не сдавать, ссылаясь, что без оружия не добьются у русских ни вагонов, ни паровозов. Это и стало, по сути, началом мятежа чехословацкого корпуса. Военный совет корпуса поручил подготовить координированное выступление групп чехословацких войск в Пензе, Самаре, Челябинске и в Новониколаевске подполковнику Сергею Николаевичу Войцеховскому и капитану Радоле Гайде. Двадцать пятого мая части группы Гайды захватили Мариинск. У станции Марьяновка произошёл бой между частями группы Сергея Войцеховского и красногвардейскими отрядами.
Растянувшиеся эшелоны чехословацкого корпуса от станции Ртищево до города Владивостока послужили базой для высадки вооружённых групп в городах по пути следования. До конца мая чехословаки захватили Челябинск, Новониколаевск, Пензу, Сызрань, Томск, в июне – Омск, Самару, Златоуст, Красноярск и Владивосток.
Вооружённые отряды красноярских красногвардейцев отчаянно сопротивлялись чехословацким и белогвардейским войскам на Восточном – Клюквенском и Западном – Мариинском фронтах. Не хватало оружия, боеприпасов и другого военного снаряжения. Рабочие мастерских железнодорожного депо и паровозоремонтного завода набивали патроны, изготовляли снаряды и гранаты, ремонтировали винтовки, берданки и охотничьи дробовики.
Эшелон за эшелоном уходили отряды красногвардейцев и рабочих-добровольцев на оба фронта, пытаясь обрубить сжимающиеся с востока и запада клещи белогвардейских и чехословацких войск. Погибали тысячами, тысячами попадали в плен. Губисполком и городской Совдеп гнали новые и новые отряды необученных добровольцев, но одержимых революцией, под пули контрреволюционных войск. А клещи сжимались и сжимались, норовя сломать непокорный город.
Поднялась паника. Губернские и городские партийные и советские учреждения закрылись. Почти все сотрудники ушли на фронт. Осталась лишь часть совдеповцев, отряд красногвардейцев и воинов-интернационалистов. Они готовились к эвакуации по Енисею в низовье. В городе начались мародёрство, грабежи, экспроприация у банкиров банкнот и денежных запасов, золота. Восемнадцатого июня по единственному свободному водному маршруту пароходы «Орёл», «Иртыш», «Лена», «Сибиряк», «Тобол» и «Россия» взяли курс в низовье Енисея. На судах почти пятьсот красногвардейцев, воинов-интернационалистов, часть работников губисполкома и городского исполнительного комитета, члены партийных ячеек, уцелевшие в боях, банковское золото, кредитные билеты и важные документы Совдепа.
На станции Красноярск новые власти города и «русское воинство» по-рабски коленопреклонённо встречали чехословацких «освободителей» от большевистской тирании. А за ушедшими пароходами красных послали в вдогонку пароходы «Енисей» и «Красноярск» с белогвардейцами. У села Монастырского попали в ледовый затор пароходы красных, их настигли каратели полковника Дальчевского. После небольшого боя часть красногвардейцев сдалась в плен, а другая – ушла в тайгу. Но через неделю, искусанные гнусом, голодные и поникшие духом, они вышли из тайги и угодили в руки карателям. Двести пятьдесят из пятисот, оставшихся в живых, были брошены в трюмы с зарешёченными окнами и привезены в Красноярск на расправу. После фильтрации всю верхушку большевиков, в том числе и Вейнбаума, расстреляли. Попавший в плен в бою под Клюквенной Дубровинский был арестован белочехами и в ночь на двадцать шестое октября одна тысяча девятьсот восемнадцатого года расстрелян в городе Красноярске.
После окончания подготовительной работы Временное Сибирское правительство приступило к созданию Сибирской армии. Александра Сотникова направили в Красноярск провести призыв казачества. Двадцать пятого июня он издал приказ номер один по Енисейскому казачьему войску о призыве в создающуюся Сибирскую армию:
Ǥ 1
Согласно приказу Сибирского Временного правительства я приступил к мобилизации Енисейского казачьего войска.
Справка: Предписание командира Средне-Сибирского корпуса от 18 июня 1918 года № 159.
§ 2
Приказываю: немедленно восстановить действие Войскового управления, станичных правлений. Войсковому управлению в кратчайший срок созвать Военный Совет.
§ 3
Приказываю: всем офицерам Енисейского казачьего войска и служивших в Красноярском отдельном казачьем дивизионе в трёхдневный срок со дня опубликования настоящего приказа явиться в Войсковое управление для регистрации.
Примечание: Войсковому управлению принять необходимые меры к немедленному извещению иногородних.
Атаман Енисейского казачьего войска А. Сотников».
В Туруханск приказ направили телеграфом, добавив к содержанию следующее: «Казакам, проживающим в Туруханске, явиться в Красноярск с лошадьми, обмундированием и снаряжением в формируемый Первый Енисейский казачий полк».
После создания Первого Енисейского казачьего полка Александр Сотников возвратился в Томск и готовил свой кавалерийский дивизион в составе кавалерийского полка для отправки на Восточный фронт. Назначенный в начале сентября командующим Сибирской армией генерал-майор Иванов-Ринов прибыл на автомобиле на станцию Томск-1 проверить, как идёт погрузка войск.
Железнодорожные пути были забиты войсковыми эшелонами. По перрону, озабоченные предстоящей отправкой, шныряли подвыпившие чехословаки, продавали часы, сапоги, обмундирование, папиросы бойким торговкам или меняли на вино. Осторожно пробирались среди этой воинской суеты казачьи офицеры, важно ходили с бумагами военные интенданты. Взад и вперёд, давая предупредительные сигналы, маневрировали паровозы, составляя вагоны в эшелоны. На грузовом дворе с высокого перрона по настилам закатывали на платформы орудия, заводили лошадей в теплушки, а в пульмановские вагоны грузили сено в тюках и кули с овсом.
Генерал-майор в сопровождении учтивого адъютанта и полноватого полковника зашёл к начальнику станции. У дверей кабинета скопилась целая очередь из интендантов, оформляющих погрузочные документы и выпрашивающих «хотя бы один лишний вагончик». Увидев генерала, вытянулись по стойке «смирно». Генерал махнул рукой: