Когда строительство церкви во имя святителя Алексея было завершено, в нее перенесли раку с его святыми мощами и поставили ее у стены с правой стороны. Эта церковь просуществовала около 200 лет, а в 1680 г. усердием настоятеля Чудова монастыря архимандрита Адриана (впоследствии патриарха всея Руси) вместо нее были заложены две новые церкви – под одной кровлей, но на другом месте. Одна церковь сооружалась во имя святителя Алексея, другая – во имя Благовещения Пресвятой Богородицы вместо придела, бывшего при Архангельской церкви. Новое здание почти все было вынесено за монастырь и только своей северной стороной примыкало к нему. Когда строительство обеих церквей было окончено, в них перенесли многоцелебные мощи святителя Алексея и поместили их в середине под аркой – в стене, разделяющей обе церкви
[74].
В 1501 г. каменная Архангельская церковь была разобрана и устроена заново, причем и весь монастырь тогда стал перестраиваться. Впоследствии храм этот еще несколько раз был возобновляем, но при этом всегда сохранялся древний наружный вид его. Внутри стены храма были расписаны изображениями чудес архистратига Михаила и некоторыми событиями из Священной истории. Пятиярусный иконостас его напоминал иконостас кремлевского Успенского собора, для которого он в свое время и послужил образцом.
Чудов монастырь отличался от других обителей особыми обычаями, которые потом утвердил патриарх Адриан. Чтобы иноки обители упражнялись в подвиге безмолвия, он распорядился закрывать монастырские ворота в понедельник, среду и пятницу. А чтобы иноки заботились о своем спасении и богомыслии (в особенности во время богослужений), устроил особые входы в церковь: для мужчин – в Алексеевскую, для женщин – в Благовещенскую.
В 1744 г. по указу императрицы Елизаветы Петровны в Чудовом монастыре была учреждена кафедра Московского архиерея, и с тех пор он стал называться кафедральным. После 1812 г. в монастыре долгое время размещалась Духовная консистория; потом здесь расположились Епархиальное попечительство и Духовный цензурный комитет. Со временем все эти учреждения получили свои помещения, а освободившиеся места позволили увеличить число братских келий.
Все русские князья и цари, начиная с Дмитрия Донского, чтили и посещали эту обитель, чтобы поклониться святому угоднику Алексию, и делали в него богатые вклады и пожертвования. Так что до утверждения штатов в 1764 г. Чудов монастырь был очень богат, имел много земельных угодий и около 18 000 крепостных крестьян. Число монастырской братии доходило до 300 человек; для прокормления насельников и паломников обитель имела со своих угодий большие запасы. Для хранения их нужны были большие погреба, «капустная и истопничья палаты», а также помещения для устройства кузницы, слесарной мастерской и других хозяйственных построек. Для всего этого были отведены нижние палаты монастыря, размещавшиеся под храмом святого чудотворца Алексия, митрополита Всероссийского. Храм этот свой окончательный вид обрел только в 1680–1686 гг., хотя возведение его началось еще при царе Федоре Иоанновиче.
С перенесением российской столицы в Санкт-Петербург и последовавшим при императрице Екатерины II отнятием у монастырей имений и крестьян хозяйство Чудовой обители стало приходить в упадок, число братий уменьшаться, кладовые опустели и нижние службы остались без употребления. Долгое время они пустовали, и лишь иногда в них складывали дрова и всякую монастырскую рухлядь. Чудов монастырь сделался беднейшим в Москве, хотя по значению своему всегда стоял высоко. Русские императоры, посещая «первопрестольную», после поклонения святыням Успенского собора, всегда шли в Чудов монастырь к святителю Алексею, а потом проходили в малый Николаевский дворец, до 1817 г. являвшийся местопребыванием его настоятелей. В 1818 г. здесь останавливался будущий император Николай I со своей молодой супругой. Здесь она родила сына – будущего императора Александра II, после чего дом был причислен к Дворцовому ведомству. Крестили новорожденного в Алексеевской церкви, причем прямо из купели положили на раку святителя Алексея.
Из братий Чудова монастыря немало было угодивших Богу святостью своей жизни, но между ними случались и «плевелы». По некоторым сведениям, в монастыре в 1600–1605 гг. проживал чернец Григорий Отрепьев – впоследствии самозванец Лжедмитрий. Отсюда он будто бы бежал с двумя сообщниками – иноками Варлаамом и Мисаилом – и потом объявился в Польше.
Находясь в центре Москвы, Чудов монастырь нередко был местом заключения лиц, известных в русской истории. В нем до самой смерти (до 1392 г.) томился Тверской епископ Евфимий (Вислен), обвиненный в беззакониях. В 1441 г. в монастырь заключили митрополита Исидора, участвовавшего во Флорентийском соборе и подписавшего унию
[75]. В 1504 г. святитель Геннадий (о котором говорилось выше) был оклеветан перед великим князем Василием; из Новгорода его вызвали в Москву, и он отказался от управления епархией. Местом своего уединения бывший настоятель избрал свой Чудов монастырь, где и скончался в 1515 г. В начале XVII в обители был силой подстрижен в иночество царь В. И. Шуйский, а позже боярин Кирилл Нарышкин – дед Петра I.
Во время владычества в Москве поляков в обители в жестоком заключении томился патриарх Гермоген, скончавшийся голодной смертью… Под сводами монастырских храмов лишили сана мятежного протопопа Аввакума, а позднее и его главного противника – могущественного патриарха Никона. Перед отправкой в Боровск в Чудовом монастыре пытались вернуть в лоно православной церкви неистовую боярыню Прасковью Морозову…
Вошедшие в 1812 г. в Кремль французы разместили в покоях Чудова монастыря штаб Наполеона и командование Старой гвардии, а в алтаре Архангельского храма маршал Даву устроил себе спальню.
Чудов монастырь, как митрополичий, был усыпальницей русских святителей и знатных бояр. А в начале ХХ в. в нем упокоился великий князь Сергей Александрович, с 1881 г. бывший генерал-губернатором Москвы. Он погиб 4 февраля 1905 г. от взрыва бомбы, брошенной эсером И. П. Каляевым.
Великая княгиня Елизавета Федоровна тотчас прибыла на место гибели и распорядилась положить останки буквально разорванного на куски мужа на носилки и перенести их в Алексеевский храм, где их положили близ раки святителя Алексея. Затем останки положили в гроб и перенесли в Андреевский храм монастыря, где они и находились до сооружения усыпальницы.
Проект усыпальницы великого князя Сергея Александровича разрабатывали академик В. П. Загорский и архитектор П. В. Жуковский (сын поэта). Она была сооружена в нижнем покое Чудова монастыря, и когда начали возводить храм-усыпальницу, эти палаты имели вид сараев с земляными насыпными полами, избитыми кирпичными стенами и сомкнутыми сводами.
Для дневного освещения усыпальницы был сделан оконный пролет на Царскую площадь; для входа в храм из Николаевского дворца пробили дверной проем. По окончании работ, 4 июля 1906 г., храм-усыпальница был освящен во имя преподобного Сергия Радонежского, и в тот же день гроб с останками великого князя Сергея Александровича торжественно перенесли в него и поставили в склеп, который потом закрыли и отверстие в полу заделали.