В 1678 г. царь Федор Алексеевич, в память заступничества Донской иконы Божией Матери в битвах с врагами и на 100-летие обители, повелел обновить на средства царской казны старый храм и пристроить с западной стороны длинную трапезу с каменной колокольней и два боковых придела: один – во имя преподобного Сергия Радонежского (в память бывшей здесь полковой церкви), другой – во имя воина Федора Стратилата (в честь своего ангела-хранителя). Вместо обветшавшего забора вокруг монастыря поставили новую деревянную ограду с двумя каменными воротами. Были увеличены число монашествующей братии и средства на ее содержание. Отстроив и украсив Донской монастырь, царь Федор Алексеевич отделил его от Алексеевского и опять поставил во главе его игумена.
Однако и обновленный храм все же не был соборным, и в 1684 г. усердием царевны Екатерины Алексеевны (по официальной версии) в Донском монастыре было заложено обширное и прекрасное здание нового соборного храма в честь Донской иконы Божией Матери. Однако много жертвовала Донскому монастырю и царевна Софья, при которой в обители началось большое строительство. Монастырь, видимо, поддерживал ее во всех делах и начинаниях, поэтому и подготовка к крымскому походу ее фаворита князя В.В. Голицына ознаменовалась возведением Большого собора. Позднее монастырские власти не хотели вспоминать, что поддерживали царевну Софью, так и возникла официальная версия, приписывающая возведение соборного храма царевне Екатерине Алексеевне – богомольной старшей сестре Петра I.
Через год после возведения соборного храма вокруг Донской обители начали возводить новую каменную ограду в виде крепостной стены с бойницами, как обычно ограждались в те времена монастыри. Но из-за нехватки денег возведение монументальных стен в Донской обители скоро пришлось приостановить, и только благодаря завещанию думного дьяка Якова Кириллова и обету его вдовы Ирины Симоновны, оставившей монастырю средства, строительство возобновилось. Башни увенчались декоративными ажурными коронами, но особенно украсила монастырь стройная 4-ярусная Тихвинская церковь, поднявшаяся над главными (северными) воротами в 1717 г. Возводилась она на пожертвования царицы Прасковьи Федоровны – супруги царя Ивана Алексеевича. Автор проекта этой церкви неизвестен, но ученые предполагают (основываясь на некотором сходстве ее с Меньшиковой башней), что строил ее И. Зарудный. Потом эту церковь обновила императрица Анна Иоанновна, много жертвовавшая этой обители.
Большой собор монастыря – уникальное сооружение в Москве, ибо такое расположение малых глав (по сторонам света вокруг большой главы) более нигде не сохранилось. Когда в самом центре обители поднялся новый соборный храм, первоначальная церковь стала называться малой (или Старой). Иконостас соборного храма состоял из восьми ярусов икон, на которых изображалась вся ветхозаветная и новозаветная Церковь. Святыней собора являлась Донская икона Божией Матери, которая усердием благочестивых царей российских была украшена золотом, серебром и драгоценными камнями
[104].
При возведении собора под алтарем образовалось помещение, удобное для устройство усыпальницы. Когда игуменом монастыря стал Лаврентий, грузинский царь Арчил Вахтангович воспользовался этим помещением как усыпальницей для своих сыновей. Так, в 1711 г. он похоронил в особой палатке сына, привезенного из шведского плена, а потом перенес сюда с Новодевичьего кладбища прах двух других своих сыновей и устроил церковь во имя Сретения Господня, в которой и сам упокоился в 1713 г. Его семейство тоже много благодетельствовало обители: дочь царя Арчила – царевна Дарья – устроила потом в Сретенской церкви новый алтарь. В 1815 г. князья Меншиковы возобновили церковь, а княгиня А. И. Багратион украсила усыпальницу грузинских царей и особ из знатных грузинских семей иконостасом.
В 1715 г. на средства стольника И. И. Дурново были сооружены церковь во имя святого Евфимия – в память об умершем сыне майоре Ефиме Дурново. В одно время с церковью строилась и монастырская больница. В начале XIX в. князья Голицыны полностью перестроили ее и переосвятили во имя Архангела Михаила. Кроме церковных строений во второй половине XVIII в. в монастыре появились и каменные кельи.
Донской монастырь едва не сделался местом высшего церковного образования в России. В 1737 г. в Москве случился большой пожар, в котором сгорело здание Славяно-греко-латинской академии, помещавшееся в Заиконоспасской обители. Ее собирались разместить в Донском монастыре, но в нем не оказалось свободных помещений. Потом Академия была упразднена, а учрежденная вместо нее Московская духовная академия 1 октября 1814 г. была открыта в Троице-Сергиевой лавре. В мае 1835 г. по повелению императора Николая I в Донской обители было открыто Духовное училище – в здании, где прежде находился Цензурный комитет.
Формирование архитектурного ансамбля Донского монастыря завершилось к середине XVIII в., когда над западными проездными воротами была сооружена 3-ярусная колокольня. По проекту знаменитого петербургского зодчего Д. Трезини в 1730 г. ее начал строить московский архитектор И. Шедель. При возведении ее были сломаны старые монастырские ворота, но потом денег не хватило, и строилась колокольня (с перерывами) более 20 лет. Только в 1753 г. архитектор А. П. Евлашов закончил ее возведение, но капители колонн так и остались неотделанными.
В Донском монастыре мученически окончил жизнь свою архиепископ Московский Амвросий.
«В 1771 г. Москву постигла моровая язва – чума, занесенная из Турции, с которой Россия тогда воевала. Люди умирали сначала сотнями, потом тысячами, и распространился в народе слух, что одному юродивому открылось, будто бедствие великое постигло Москву за непочтение к Боголюбской иконе Божией Матери, поставленной при Варварских воротах. Никто перед этим образом 30 лет не пел молебнов, никто не ставил свеч… Под влиянием слухов народ стал собираться на Варварской площади, пришедшие священники зажгли свечи и начали петь молебны, народ начал собирать деньги на всеобщую свечу. Чтобы из-за тесноты народ не заразился друг от друга, архиепископ Амвросий повелел на время снять икону и убрать ее в церковь Кира и Иоанна на Солянке, а собранные деньги сдать в Московскую духовную консисторию.
Это распоряжение вызвало возмущение среди людей: разъяренная толпа стала кричать: «Богородицу грабят», а потом убила людей, посланных консисторией. С криками «Смерть грабителям!» люди бросились отыскивать архиепископа Амвросия в Чудовом монастыре. Не найдя его там и узнав, что он отправился в Донскую обитель, они двинулись туда и стали ломать ворота, требуя выдать жертву. В то время в монастырском храме совершалась Божественная литургия, во время которой молился и преосвященный Амвросий. Люди, вооруженные топорами, рогатинами и другими орудиями, стали ожидать конца службы. Тогда архиепископ Амвросий приблизился к престолу Божьему и со слезами стал молиться: «Господи, остави им, ибо не ведают, что творят; не введи их в напасть, но отврати стремление их, и как смертию Ионы укротилось волнение моря, так и смертию моей укротися ныне волнение сего свирепеющего народа». После молитвы он исповедался у служащего священника и, приобщившись Святых Тайн, скрылся на хорах. Когда разбушевавшиеся люди нашли его, то схватили и вывели за монастырские ворота. Ни сан архиепископский, ни добродетельная жизнь Амвросия не могли удержать народ от кровопролития. И били и терзали они его до тех пор, пока он не умер».