Согласие адмирала Ч. Коттона на эти условия объяснялось им вниманием к многолетним дружеским отношениям России к Англии и благородными поступками начальника русской эскадры в Лиссабоне. Но истинной причиной была выгода самой Англии, дальновидные правители которой предвидели непрочность союза России с Францией и находили для самой Англии более полезным, временно отстранив эскадру Сенявина от боевой деятельности, сохранить в целости для недалекого будущего корабли своего вероятного союзника. Кроме того, правительство Англии и адмирал Ч. Коттон ясно понимали, что нападение на русскую эскадру дорого обошлось бы и самим англичанам.
Лиссабонский договор был подписан 23 августа, а 31 го эскадра Д.Н. Сенявина в составе семи кораблей и фрегата вышла из Лиссабона, ее сопровождала английская эскадра контр-адмирала Чарлза Тайлера (семь кораблей, два фрегата и бриг). Корабли «Ярослав» и «Рафаил», признанные по ветхости неспособными к выходу в море, были оставлены в Лиссабоне и разоружены. Их экипажи перешли на другие корабли, на «Ярославе» и «Рафаиле» были оставлены 30 человек.
26 сентября 1808 г. русская эскадра с поднятыми флагами вошла на Портсмутский рейд. Английское правительство потребовало немедленного съезда с кораблей адмирала, командиров и команд и спуска военных флагов. Но Д.Н. Сенявин отвечал: «Я здесь ещё не пленник, никому не сдавался, не сдамся и теперь; флаг мой не спущу днем и не отдам его, как только с жизнью моею».
Благодаря твердости, проявленной вице-адмиралом Д.Н. Сенявиным, Андреевские флаги и гюйсы были спущены только через три дня – 29 сентября, как обычно по пробитии зори, а адмиральский флаг и вымпелы ночью, как при окончании кампании. В феврале 1809 г. в Портсмут прибыли офицеры и матросы с «Ярослава» и «Рафаила», оставленные для их сдачи. 5 августа команды кораблей эскадры Сенявина, размещенные на 21 транспорте, покинули Портсмут и 9 сентября прибыли в Ригу. Для Сенявина и его штаба был предоставлен фрегат «Чампион».
Русские корабли простояли в Портсмуте до 1813 г. Из всех кораблей вернулись в 1813 г. в Россию только два корабля: «Мощный» и «Сильный», которые привезли с собой все орудия и снаряды. За остальные семь линейных кораблей и фрегат, пришедшие в ветхость, Англия заплатила как за новые.
Шлюп «Шпицберген» (капитан-лейтенант А.Р. Качалов) еще 27 сентября 1807 г. во время шторма отстал от эскадры Д.Н. Сенявина и далее следовал самостоятельно. С 2 по 6 ноября он зашел в Гибралтар и направился далее в Атлантический океан. 10 ноября у мыса Сан-Винсент шлюп встретил фрегат «Венус», шедший из Лиссабона в Средиземное море.
15 ноября шлюп подошел к устью реки Тахо, но английские корабли не пропустили его в Лиссабон, где стояла эскадра Д.Н. Сенявина. «Шпицберген» направился на север. Во время шторма он был сильно поврежден и 25 ноября 1807 г. зашел в испанский порт Виго, а затем далее в залив к местечку Портелла. Здесь «Шпицберген» простоял до 1812 г. и почти полностью сгнил. За время пребывания шлюпа в Портелла командир его А.Р. Качалов был произведен в капитаны 2 го (январь 1808 г.), а затем и 1 го ранга (март 1810 г.). 21 июня 1812 г. было получено повеление о возвращении в Россию. Но «Шпицберген» уже не мог совершить такой длинный переход, и 5 июля 1812 г. шлюп был продан в Виго на аукционе за 10 000 испанских талеров, а 16 июля экипаж на купеческих судах отправился в Россию.
Один из эпизодов войны с Англией произошел в Атлантике за тысячи миль от Лиссабона – на юге Африки. Шлюп «Диана» (лейтенант В.М. Головнин) вышел из Кронштадта 25 июля 1807 г. на Дальний Восток, для научных исследований и доставки грузов в Петропавловск. Об этой специальной цели плавания 16 пушечного шлюпа было сообщено англичанам еще до войны, и британское правительство выдало особое разрешение на свободный заход «Дианы» в английские порты даже в случае войны между обеими державами.
20 апреля 1808 г. шлюп зашел в Саймонстаун, где был окружен английскими судами и задержан впредь до получения разрешения из Лондона о продолжении плавания. Заходя в английский порт, командир шлюпа не знал о начале войны.
Англичане, не считаясь ни с какими протестами командира шлюпа, задержали «Диану» и тринадцать месяцев держали его под строжайшем надзором.
«Диана» была отведена в самую глубину залива и поставлена на двух якорях между неприятельскими военными судами и под пушками крепости. Паруса у шлюпа были отвязаны, провизия и вода намеренно отпускались на «Диану» в количестве, которого хватало только на несколько дней. Полностью шлюп не был захвачен только потому, что у В.М. Головнина имелись документы, выданные в Лондоне на право захода в английские порты.
В.М. Головнин тем не менее сумел обмануть бдительность англичан и исподволь приготовился к долгому плаванию. Пробыв более года в плену, 16 мая 1809 г. ночью, воспользовавшись крепким ветром и темнотой, экипаж обрубил якорные канаты, и шлюп вышел в океан под штормовыми стакселями, не замеченный англичанами. В океане были подняты брам-стеньги, поставлены паруса, и через 40 дней, сделав переход в 6 тысяч миль и обогнув Австралию, «Диана» зашла на остров Танна (Ново-Гебридский архипелаг). 25 сентября 1809 г. шлюп прибыл в Петропавловск.
Русские корабли в Средиземном и Адриатическом морях
Вскоре после прихода эскадры Д.Н. Сенявина в Лиссабон фрегат «Венус» (капитан-лейтенант К.И. Андреянов) 9 ноября 1807 г. был отправлен в Средиземное море на поиск отряда капитан-командора И.А. Баратынского. 22 ноября он зашел в Палермо на Сицилии. Имея множество повреждений, фрегат был вынужден произвести основательный ремонт, для чего и вошел в гавань. Причем весь порох был свезен на берег, в сицилийские королевские погреба. При таком положении «Венуса» командир фрегата получил известие о разрыве с Англией.
Пришедший 27 декабря 1807 г. в Палермо с эскадрой из пяти линейных кораблей и двух фрегатов вице-адмирал Э. Торнбоут, в связи с началом военных действий между Россией и Англией потребовал сдачи русского фрегата, несмотря на нахождение его в нейтральном порту.
Он задержал сицилийскую канонерскую лодку, которая направлялась к «Венусу» с принадлежавшим фрегату порохом. На требование английского вице-адмирала Э. Торнбоута о сдаче фрегата К.И. Андреянов, ответив, что «фрегат взлетит на воздух, но не сдастся», приготовился защищаться до последней возможности и потом взорваться.
Собранный К.И. Андреяновым из офицеров «Венуса» военный совет, единогласно постановил: «1) остаться в гавани; 2) купить в городе на свои деньги пороху в количестве, достаточном для огня ружейного и пушек верхнего дека; и 3) в случае если англичане не произведут нападение на шлюпках или абордажем, а будут действовать огнем линейного корабля, то, расстреляв весь порох, фрегат сжечь».
Извещенный об этом постановлении, российский посланник при сицилийском дворе Д.П. Татищев хотя и преклонился перед решимостью экипажа «Венуса» до конца отстаивать честь русского флага, но, для предупреждения напрасного кровопролития, поспешил принять свои меры.
К.И. Андреянов уже достал некоторое количество пороха и приготовился к бою, но Д.П. Татищев, учитывая опасность, грозившую от сожжения и взрыва в гавани «Венуса» не только ближайшим к нему англичанам, но и всем находившимся в гавани судам и самому Палермскому порту, нашел для нашего фрегата спасительный и достойный выход: «Венус» передавался королю Сицилии Фердинанду на сохранение, с обязательством возвратить фрегат России по окончании войны; личный же состав фрегата был признан гостями короля и, по желанию, мог или оставаться в Палермо, где от короля получил бы содержание, или беспрепятственно возвратиться в Россию.