Научные сотрудники различных академических институтов составляли описания потенциальных театров военных действий (в том числе зарубежных территорий), карты проходимости для разных родов войск, искали новые месторождения полезных ископаемых взамен оставшихся за линией фронта, разрабатывали в авральном порядке новые технологии для оружия будущей победы и просто составляли изо дня метеопрогнозы на основе сохранившейся сети метеостанций. Порой в поисках необходимой информации им приходилось отправиться в тыл противнику, в партизанские отряды и т. д.
Разумеется, в суровые военные годы Отто Юльевич мысленно не однажды возвращался к тем, кто защищал Арктику, тем более что многие из его сотрудников продолжали там свою деятельность в самой различной роли. Его же преемник на посту начальника ГУ СМП Папанин был облечен высокими полномочиями представителя Государственного Комитета Обороны по приемке грузов от союзников в портах Мурманск и Архангельск. Активным помощником Митрича выступал бывший комендант челюскинского аэродрома Александр Погосов, не говоря уже о полярных моряках (Воронин, Марков, Хромцов, Хлебников и многие другие) и авиаторах (Мазурук, Аккуратов, Козлов, Водопьянов, причем последний участвовал в первых налетах на Берлин). Другой видный помощник Шмидта, одновременно с ним получивший звание Героя Советского Союза за полюсную операцию, М.И. Шевелев, стал одним из командиров дальней авиации, в которой служило немало полярников. Всем участникам дрейфа СП-1 выпало в военные годы стоять на ответственных постах: в частности, Ширшову – также в качестве представителя Государственного Комитета Обороны, Кренкелю – отвечать за работу полярных станций (включая те, что оказались в зоне военных действий). Именно Папанин первым настоял на вооружении персонала полярных станций, а для некоторых стратегических пунктов добился установки артиллерии. Такие пушки при нерастерявшемся старшем лейтенанте Корнякове отразили нападение на Диксон немецкого «карманного линкора» «Адмирал Шеер» в августе 1942 года Е.К. Федоров в годы войны возглавил метеослужбу вооруженных сил. Конечно, Отто Юльевич испытал боль и гордость при известии о героической гибели «Сибирякова», в ситуации безнадежного боя сорвавшего операцию фашистских ВМС в Арктике. Созданная усилиями Шмидта арктическая трасса работала на победу, когда ее использовали боевые корабли. Если в 1936 году Шмидт вел эсминцы с Балтики на Тихий океан, то в 1942 году отряд тихоокеанцев на встречных курсах под проводкой ледоколов проломился сквозь льды с новыми кораблями на помощь Северному флоту. Все перечисленное было вкладом Шмидта в будущую победу, которым он мог заслуженно гордиться, даже находясь вдали от фронта.
У Шмидта было не меньше оснований многое сделать для победы на новом посту. Неожиданно (по крайней мере, для людей далеких от академических проблем) события стали развиваться совсем по иному сценарию.
Отто Юльевич был слишком занят лавиной дел, по сравнению с которыми изнурительные авралы за полярным кругом выглядели невинным праздником, чтобы в полной мере оценить приближение грядущих событий, во многом нарушивших его связь с большой наукой. Многие биографы Шмидта трактуют их предельно осторожно. Например, юбилейный сборник 1959 года старательно обходил эту тему, впервые освещенную в литературе в работе И. Дуэля (Дуэль,1981), однако без ссылок на документы, позднее введенные в научной обиход Л.В. Матвеевой: «В конце 1941 года О.Ю. Шмидт посетил В.Л. Комарова в Свердловске и в течение нескольких дней рассказывал ему о делах Академии, о том, как самоотверженно трудятся ученые в Казани. Встреча была теплой и сердечной… Все оставалось как будто бы без перемен в здании Казанского университета, и вместе с тем чувствовалось, что назревают какие-то события… Отто Юльевича не покидало чувство тревоги. И предчувствие его не обмануло. Вскоре по приезде в Казань Отто Юльевич узнал, что В.Л. Комаров написал письмо Сталину, оскорбленный тем, что план основных научно-исследовательских работ Академии на первое полугодие 1942 года не был доставлен ему в Свердловск. Тем самым якобы О.Ю. Шмидт игнорировал президента и отстранил его от работы» (2006, с. 190–191).
Реакция Верховного главнокомандующего и Председателя СНК была однозначной: «Совнаркому СССР стало известно, что представленный правительству вице-президентом АН О.Ю. Шмидтом план основных научно-исследовательских работ АН на первое полугодие 1942 года не был известен президенту АН и президент был лишен возможности предварительно ознакомиться с этим планом. Многие академики также были лишены этой возможности. Таким образом, со стороны вице-президента О.Ю. Шмидта была сделана нелояльная попытка игнорирования и фактического отстранения от руководства президента АН. Совнарком считает такое положение нетерпимым, а поведение О.Ю. Шмидта – дезорганизующим работу академии. Ввиду изложенных обстоятельств СНК СССР решил отстранить О.Ю. Шмидта от обязанностей вице-президента. Исключить его из состава президиума АН». Документ был помечен 24 марта 1942 года, что легко объясняется занятостью Сталина фронтовыми делами, складывающимися не лучшим образом.
Ответ Шмидта (также впервые опубликованный Матвеевой) последовал спустя сутки и приводится нами в извлечениях, причем с признанием собственной вины («Я действительно целиком виноват»), но с указанием целого ряда обстоятельств, важных для понимания возникшей ситуации: «…Считаю своим долгом доложить Вам об обстановке, сложившейся в АН, так как в этой обстановке кроются корни моей ошибки… На нас, новых в президиуме людей, естественно, легла главная ответственность за направление работы в Академии, за осуществление той перестройки работы, которую ЦК и СНК неоднократно требовали от АН. Тотчас же после выборов президент АН В.Л. Комаров уехал в длительный отпуск. И в дальнейшем приступы мучительной болезни часто повторялись, так что В.Л. Комаров большую часть года проводил на курорте или даче и лишь в короткие промежутки появлялся в АН. Дела, естественно, перешли в основном к вице-президентам, которых после смерти И.М. Губкина осталось два: я и Е.А. Чудаков. Работать поэтому В.Л. Комаров не мог. Председательствуя на заседаниях, часто засыпал, так что, в конце концов, просил меня председательствовать, а сам сидел рядом, изредка подавая реплики. Комаров – натура властная – как-то тяжело переживал фактическое ослабление своей роли. В этих трудных условиях я взял себе за правило: ничего не решать единолично, точно соблюдая права президиума как единственного по Уставу АН полномочного органа управления». Шмидт слишком хорошо знал характер Сталина, и покаянному тону его реакции в ответе удивляться не приходится.
Разбираться Верховному в «шашнях и кознях» на академическом Олимпе, когда тут же после Московского наступления провалился план быстрого изгнания немцев с советской территории, было, разумеется, не ко времени: зимой – весной 1942 года сразу три армии (29-я и 33-я севернее и южнее Вязьмы, а также 2-я Ударная на Волховском фронте) попали в окружение. И это – не считая стоивших большой крови неудачных попыток прорвать блокаду Ленинграда и Севастополя… А все остальное в похожей ситуации (несравнимой, однако, по масштабах событий) известный поэт образно сформулировал на солдатском, не вполне светском, но выразительном жаргоне: «…Чтоб не пер, зараза, поперек приказа, он самочинцу влепил нагоняй…» В ту кровавую пору, когда на ходу приходилось менять большую часть уставов вооруженных сил, копаться в ведомственных неурядицах, не вписывавшихся в жестокие реалии войны, было не ко времени… Определенно мартовское решение 1942 года Великого Диктатора не было ни самым ошибочным, ни чересчур жестоким, но, несомненно, Академия наук тогда потеряла одного из своих ведущих лидеров. Это понимали сами ученые, отметившие событие по-своему: «А.И. Иоффе, занявший его место, устроил собрание нашего отделения и в знак уважения оставил незанятым место, которое обычно занимал Отто Юльевич, а сам сел в стороне и председательствовал на этом собрании не с председательского места» (Александров, 1981, с. 66).