Завершение экспедиции совпало с началом русско-японской войны. Колчак, будучи прежде всего морским офицером, проникнутым долгом перед Отечеством, подал ходатайство об отправке на фронт. Однако по прибытии на театр военных действий в Порт-Артур его ждало разочарование: адмирал С. О. Макаров отказался давать ему в командование миноносец. Доподлинно неизвестно, чем это решение было мотивировано: то ли он хотел, чтобы лейтенант отдохнул после полярных экспедиций, то ли полагал преждевременным назначать его на боевую должность (тем более в военных условиях!) после четырехлетнего отсутствия на флоте, то ли хотел поубавить темперамент ретивого лейтенанта. В итоге Колчак стал вахтенным начальником на крейсере «Аскольд», и только после трагической гибели адмирала смог перевестись на минный заградитель «Амур», а через четыре дня получил эскадренный миноносец «Сердитый». Так Колчак стал одним из участников легендарной обороны крепости Порт-Артур, ставшей славной страницей в истории России.
Адмирал А. В. Колчак.
Основная задача заключалась в протраливании внешнего рейда. В начале мая Колчак принял участие в постановке минных заграждений в непосредственной близости от японского флота: в результате подорвались два японских броненосца. На расставленных им минах в конце ноября подорвался японский крейсер, что стало громким успехом русского флота на Тихом океане в годы войны. В целом молодой лейтенант зарекомендовал себя в качестве отважного и инициативного командира, выгодно отличавшегося от многих сослуживцев. Правда, уже тогда проявилась и его излишняя импульсивность: во время кратковременных вспышек гнева не чурался он и рукоприкладства.
Как вспоминал адмирал Пилкин:
Говорил он очень хорошо, всегда с большим знанием дела, всегда думая то, что он говорил, и всегда чувствуя то, что думал… Речей своих не писал, образ и мысли рождались в самом процессе его речи, и потому он никогда не повторялся.
В середине октября по состоянию здоровья Колчак был переведен на сухопутный фронт и принял командование 75-мм артиллерийской батареей. Вплоть до самой сдачи крепости он находился непосредственно на передовой, ведя артиллерийскую дуэль с врагом. За заслуги и проявленную храбрость Колчак по итогам кампании был награжден Георгиевским оружием.
После возвращения из непродолжительного плена Александр Васильевич с головой окунулся в военную и научную деятельность. Так, он стал членом неформального кружка молодых морских офицеров, которые стремились исправить недостатки русского флота, выявленные в годы русско-японской войны, и способствовать его обновлению. В 1906 г. на основе этого кружка был образован Морской генеральный штаб, в котором Колчак занял должность начальника оперативной части. В это время по долгу службы он часто выступал в качестве военного эксперта в Государственной Думе, убеждая депутатов (остававшихся по большей части глухими к нуждам флота) в необходимости выделить требуемое финансирование.
Колчак на Черноморском флоте.
К сожалению, в начале 1908 г. ввиду серьезного конфликта между морским ведомством и Государственной Думой получить требуемые ассигнования не удалось.
Одновременно Александр Васильевич занимался наукой. Сначала он обрабатывал материалы полярных экспедиций, затем составлял специальные гидрографические карты, а в 1909 г. вышла фундаментальная работа «Лед Карского и Сибирского морей», которая заложила основы изучения морского льда. Любопытно то, что она была переиздана в 1928 г. Американским географическим обществом в сборнике, в который вошли труды 30 наиболее видных мировых полярников.
В мае 1908 г. Колчак покинул Морской генштаб, с тем чтобы стать участником очередной полярной экспедиции, однако в конце 1909 г. (когда корабли уже находились во Владивостоке) он был отозван обратно в столицу в военно-морское ведомство на прежнюю должность.
Памятник адмиралу Колчаку в Иркутстке.
Здесь Александр Васильевич занимался разработкой программ судостроения, написал ряд общетеоретических работ, в которых, в частности, высказывался за развитие всех видов кораблей, однако предлагал в первую очередь уделять внимание линейному флоту. Писал он и о необходимости усилить Балтийский флот ввиду опасения серьезного конфликта с Германией. А в 1912 г. для внутреннего пользования вышла книга «Служба Генерального штаба», в которой анализировался соответствующий опыт других стран.
Тогда же окончательно складываются взгляды А. В. Колчака на философию войны. Они были сформированы под влиянием идей немецкого фельдмаршала Мольтке-старшего, а также японских, китайских и буддийских философских учений. Судя по имеющимся свидетельствам, для него весь мир представлялся сквозь призму метафоры войны, под которой он понимал в первую очередь естественное («природное») для человеческого общества явление, печальную необходимость, которую необходимо принимать с честью и достоинством: «Война есть одно из неизменных проявлений общественной жизни в широком смысле этого понятия. Подчиняясь, как таковая, законам и нормам, которые управляют сознанием, жизнью и развитием общества, война является одной из наиболее частых форм человеческой деятельности, в которой агенты разрушения и уничтожения переплетаются и сливаются с агентами творчества и развития, с прогрессом, культурой и цивилизацией».
Заметим, что подобные представления о мировом историческом процессе (как о вечной войне между народами, идеями, ценностями), который управляется объективными закономерностями, были широко распространены в интеллектуальных кругах как России, так и Европы, а потому воззрения Колчака в целом мало отличались от них, хотя и обладали определенной спецификой, связанной с его военной службой и беззаветным патриотизмом.
Война дает мне силу относиться ко всему «хорошо и спокойно», я верю, что она выше всего происходящего, она выше личности и собственных интересов, в ней лежит долг и обязательство перед Родиной, в ней все надежды на будущее, наконец, в ней единственное моральное удовлетворение.
В 1912 г. он был переведен командиром на эскадренный миноносец «Уссуриец», а в мае 1913 г. назначен командовать миноносцем «Пограничник». В декабре состоялось его производство в капитаны 1 ранга, а также перевод в штаб Балтийского флота на должность начальника оперативного управления. Командующим тогда был выдающийся русский адмирал Н. О. Эссен, который благоволил ему. Уже летом 1914 г. незадолго до начала войны Колчак становится флаг-капитаном по оперативной части. На этой должности он и встретил Первую мировую войну.