Пока шли бои в Греции и дипломатические баталии по греческому вопросу на международных встречах, в столице Османской империи назревало исключительно важное для судеб этого государства событие. Султан Махмуд II решился на ликвидацию одного из основных бастионов феодально-клерикальной реакции – корпуса янычар. Военные действия в Греции с особой наглядностью продемонстрировали крайне низкие боевые качества турецких войск, в частности янычар, на фоне современной, по-европейски обученной армии Мухаммеда Али. Султан поспешил с проведением военной реформы также потому, что опасался, и не без оснований, роста самостоятельности и военного могущества своего египетского вассала.
Весной 1826 г. султан и Порта утвердили проект создания новых пехотных частей, «корпуса эшкинджи», который должен был быть организован и обучен по европейской военной системе; планировалось, что он будет состоять из 8 тыс. солдат и офицеров. Проект был одобрен фетвой шейх-уль-ислама. Изданный затем султанский указ содержал и положение о том, что каждая из частей янычарского корпуса обязана выделить для новых воинских формирований по 150 солдат. В короткий срок в новое войско было зачислено 5 тыс. новобранцев. Летом 1826 г. в Стамбуле начались первые военные занятия формирований «корпуса эшкинджи». Султан принял также меры по увеличению численности корпуса артиллеристов. Все это немедленно вызвало противодействие янычар, увидевших в создании нового войска еще одно посягательство на свои традиционные привилегии».
Бунт янычар начался в Стамбуле 15 июня 1826 г., через две недели после издания указа султана о формировании «корпуса эшкинджи». Бунтовщики, числом от 10 тыс. до 20 тыс., начали громить дома тех высших сановников, которых считали инициаторами проведения военной реформы; они призвали жителей столицы присоединиться к мятежу. Но горожане не поддержали янычар, в которых видели источник смуты и причину поражений в Греции. Махмуд II и его окружение проявили решительность. Около 14 тыс. солдат из «корпуса эшкинджи» и верных султану артиллерийских частей было быстро собрано для подавления бунта. Между тем янычары, уверенные в том, что их требования по традиции будут удовлетворены, заявили, что хотят немедленной ликвидации «корпуса эшкинджи» и выдачи на их суд лиц, которых они считают зачинщиками реформ. Ультиматум янычар был в резкой форме отвергнут великим везиром. После этого наступили драматические часы. Уже не янычары, а глашатаи султана и Порты начали призывать население подняться против янычар, которые фетвой шейх-уль-ислама были признаны изменниками, заслуживающими смерти. Часть горожан получила оружие и встала на сторону верных Махмуду II войск. Вскоре площадь Этмейдан, на которой собрались бунтовщики, была окружена верными султану войсками.
Янычары отказались сложить оружие и повиниться. Тогда заговорили пушки. Они буквально в упор расстреливали непокорных. Мятежники гибли тысячами на площади, а затем в казармах, где попытались укрыться от артиллерийского обстрела. По приказу султана казармы с находившимися в их стенах бунтовщиками были преданы огню. По всему Стамбулу шла охота за оставшимися в живых бунтовщиками. Бунт был подавлен за несколько часов. Всего погибло в часы мятежа или было казнено по решению специальных судов не менее 7 тыс. янычар, а около 15–20 тыс. янычар было выслано из столицы.
17 июня 1826 г. собрание высших сановников приняло историческое для Османской империи постановление о ликвидации янычарского корпуса. По этому поводу был издан специальный указ султана. В провинциях власти уничтожили десятки тысяч янычар.
Однако репрессии не ликвидировали все очаги янычарского недовольства. В октябре 1826 г. в столице вспыхнул мятеж тех янычар, которые по султанскому указу были зачислены в «корпус эшкинджи». С мятежниками, правда, расправились решительно и быстро, казнив 800 человек и сослав в глубинные районы Анатолии 2 тыс. Попытки янычар воспротивиться ликвидации корпуса и отмене своих былых привилегий отмечались и в ряде провинций, но властям во всех случаях удалось подавить эти выступления.
С уничтожением корпуса янычар не были, конечно, устранены все препятствия на пути прогресса Османской империи, но реакции был нанесен весьма ощутимый урон. Махмуд II ликвидировал также подразделения ямаков и упразднил регулярную сипахийскую конницу. Оба эти формирования были, подобно корпусу янычар, постоянным источником смуты и противодействия любым новшествам. Султан решился поднять руку и на могущественный мусульманский дервишский орден бекташи, с которым янычарский корпус был связан вековыми узами. Решение о ликвидации ордена было принято высшими светскими и духовными сановниками империи во главе с шейх-уль-исламом. В июле – августе 1826 г. руководители ордена были публично казнены, а все дервишские обители разрушены. Имущество ордена было конфисковано в пользу казны.
Летом 1826 г. султан издал указ о создании новых пехотных частей, которые также надлежало подготовить по европейскому образцу. Он повелел сформировать восемь полков нового войска численностью 12 тыс. человек. Для их обучения использовались иностранные военные инструкторы, в первую очередь французские. Кроме того, большая группа турецкой молодежи была послана для обучения в военные учебные заведения Франции. Но в провинциях комплектование нового войска и рекрутирование солдат шло весьма нелегко.
Создание новой армии происходило в условиях продолжавшихся боев с повстанцами в Греции. Войска Ибрагим-паши продолжали свирепствовать в греческих городах и селах. В июне 1826 г. они овладели Афинами, которые были оплотом повстанцев. Все более нарастал кризис в русско-турецких отношениях. Вскоре по инициативе России державы в ультимативном тоне потребовали от султана предоставить Греции автономию. Султан отклонил этот ультиматум. Военный конфликт стал неизбежен. Первое столкновение произошло на море.
В начале сентября Ибрагим-паша привел из Мореи свои корабли в Наваринскую бухту, где уже находился турецкий флот. Английская эскадра адмирала Кодрингтона блокировала выход из бухты, с тем, чтобы предотвратить возможное нападение турецко-египетского флота на греков. Вскоре туда подошла французская эскадра, а затем и русская. 20 октября 1827 г. соединенный флот вошел в бухту. Обстановка была накалена до предела. Союзники имели 26 кораблей, а турки более 80. У англо-франко-русского флота был, правда, перевес в линейных кораблях. Сражение было упорным, на долю русских моряков выпала его главная тяжесть. Турецко-египетский флот был разгромлен, было потоплено 55 кораблей. Союзники не потеряли ни одного корабля, хотя их флотилия тоже была изрядно потрепана.
Поражение турок было столь ошеломляющим, что известие о нем вызвало уныние в султанском дворце и в Порте.
После этого события части Ибрагим-паши были эвакуированы из Греции, а на берегах Морей появились французские войска. В конце декабря 1827 г. Османская империя объявила войну России. Султан и Порта видели в России главного виновника гибели своего флота и неудач в Греции. В апреле 1828 г. русское правительство ответило объявлением войны Османской империи. В конце апреля 150-тысячная русская армия форсировала Прут и заняла Дунайские княжества.
Осенью 1828 г. русский флот блокировал Стамбул, нарушив снабжение столицы. В это же время вновь усилилась борьба греческих патриотов против турок в Морее. В марте 1829 г. Англия, Франция и Россия подписали соглашение с греческим государством, признав, правда, над ним сюзеренитет султана. Махмуд II не признал это соглашение. Судьбу Греции решили победы русского оружия на балканском и кавказском театрах военных действий весной 1829 г.