Управление, боевая подготовка и оперативное использование истреббатальонов возлагались на органы НКВД. В связи с этим 25 июня это ведомство издало приказ «О мероприятиях по борьбе с парашютными десантами и диверсантами противника в прифронтовой полосе». Был сформирован штаб истребительных батальонов, начальником которого был назначен генерал-майор НКВД Г.А. Петров. При этом в управлениях НКВД г. Ленинграда и Ленобласти, Мурманской, Калининской, Ростовской областях, Карело-Финской, Украинской, Белорусской, Эстонской, Латвийской, Литовской, Молдавской, Грузинской республиках, а также Крымской АССР и Краснодарском крае были образованы оперативные группы истребительных батальонов.
Штатная численность каждого батальона определялась в 100–200 человек, которые должны были получить на вооружение 2 пулемета, винтовки, револьверы и гранаты. Как и сотрудники милиции, бойцы батальонов получили право использовать (в том числе временно реквизировать) автомобили, лошадей и мотоциклы.
В первую очередь эти добровольческие подразделения должны были взять под охрану предприятия, железнодорожные сооружения, мосты, электростанции. То есть те объекты, которые могли представлять наибольший интерес для немецких парашютистов. В качестве наблюдателей рекомендовалось привлекать лесников, пастухов, путевых обходчиков и сотрудников сельской милиции.
Уже в первые дни войны работа по формированию батальонов шла полным ходом. Так, в Николаевской области было сформировано 33 истреббатальона численностью 7404 человека. Для наблюдения за воздухом в регионе было построено почти 500 вышек, создано 30 групп для осуществления связи с батальонами. В Кировоградской области сформировали 32 батальона численностью почти 6 тыс. человек, в Киевской области – 62 батальона. К 19 июля 1941 г. на территории Украины действовало 533 батальона общей численностью свыше 100 тыс. человек. Однако в Прибалтике и Белоруссии, территория которых была захвачена в первые же недели войны, всю эту работу провести, естественно, не успели.
Вскоре практика создания истребительных батальонов распространилась и на города глубокого тыла. «Создан истребительный батальон из 200 человек, – сообщалось в докладной записке Ленинского райкома ВКП(б) в Курский обком. – 80 % его составляют коммунисты, остальные комсомольцы… Штаб батальона обеспечен помещением, исполком райсовета выделил батальону 4 автомашины, 3 мотоцикла, 40 лошадей и подвод и 20 велосипедов». В Сталинграде приказ о формировании восьми истребительных батальонов в областном центре, четырех в Астрахани и по одному в каждом районе был издан уже 27 июня.
«8 июля. Вчера несколько писателей – Владимир Беляев, Борис Четвериков, Михаил Розенберг и я – записались в добровольческий батальон нашего района, – вспоминал ленинградский писатель Дмитрий Щеглов. – Меня назначили командиром взвода… 12 июля. Четыре дня как сформирован взвод. Обучаю 38 человек. Здесь профессора и инженеры, руководители учреждений, актеры и плотники, наборщики и бухгалтеры. Наш взвод имеет сугубо штатский вид. Одеты все по-разному: кто в рабочей блузе, кто в куртке, кто в пиджаке».
Стоит отметить, что в начале войны советское руководство еще толком не знало, как и для чего использовать многочисленные истреббатальоны. Ибо формулировка «борьба с диверсантами и парашютистами» носила как бы обтекаемый характер. В 1941 г., начитавшись о немецких десантах в Норвегии, Голландии и на Крите, в СССР панически боялись повторения подобного. В 1941 г. добровольческие батальоны создавались в первую очередь именно для борьбы с высадкой массовых парашютных и планерных десантов. Не случайно самыми многочисленными и хорошо вооруженными были истребительные батальоны в Москве. Вскоре после начала немецких авиаударов по столице, 4 августа командующий Московским военным округом генерал-лейтенант П.А. Артемьев отдал приказ об организации обороны Москвы против авиадесантов противника. Согласно ему, на окраинах города были созданы 5 оборонительных секторов. Их боевой состав включал в себя слушателей военных учебных заведений, а также бойцов московских истребительных батальонов. В них насчитывалось свыше 26 тыс. человек, а на вооружении имелось 19 тыс. винтовок, 583 станковых и ручных пулемета, 8 орудий, 4 зенитных установки, 19 танков, 41 бронемашина и 128 мотоциклов! Плотность людского состава на 1 км2 составляла аж 350 человек. К слову сказать, штатная численность истреббатальонов в столице составляла не 100–200 человек, а все 500. Эти цифры говорят о том, насколько серьезно в Москве ждали немецких парашютистов.
Наиболее активно в первоначальной роли «истребителям» пришлось действовать в начале войны. В июне – июле 1941 г. немцы активно практиковали заброску диверсионных групп в прифронтовые районы. Впрочем, первый удар приняли на себя бойцы НКВД. Так, утром 22 июня в районе поселка Воложин в Белоруссии был выброшен небольшой десант. На его ликвидацию был брошен личный состав отдела НКВД, милиции и местный партактив. Имея на вооружении карабины, пистолеты и бутылки с горючей жидкостью, весь этот отряд вступил в бой с диверсантами. Однако десантники оказались хорошо подготовленными и сумели перебить 16 работников милиции. Еще одна аналогичная схватка имела место на окраине г. Волковыска.
Одним из первых вступили в бой истребительные батальоны Гомельской области. 4 июля один из бойцов, охранявших телеграф областного центра, заметил, что из Пионерского парка кто-то подает загадочные световые сигналы в духе героев романа Конан Дойла «Собака Баскервилей». Направленные в парк бойцы задержали двух человек, одетых в красноармейскую форму, которые пытались оказать сопротивление. При прочесывании местности были обнаружены еще два человека, являвшиеся немецкими диверсантами. На территории Дедовского сельсовета Гомельского района бойцы истребительного батальона арестовали сразу 44 человека, которые, по данным НКВД, также оказались диверсантами. А наряд Ново-Белицкого истреббатальона 4 июля задержал 10 агентов, готовивших взрыв железнодорожного моста. Затем были арестованы еще четыре человека, пойманные при подаче световых сигналов для бомбардировщиков.
В лесу в районе деревни Булавки Калинковичского района Полесской области был выброшен десант, одетый в форму сотрудников НКВД. Немцы активно использовали этот прием. Во-первых, «энкавэдэшников» повсюду боялись местные жители, во-вторых, подобный маскарад вводил в заблуждение настоящих сотрудников НКВД. Однако в данном случае появление лжеправоохранителей с воздуха было замечено наблюдателями, и на их поимку была направлена истребительная рота. Во время боя диверсанты были рассеяны в лесу.
Любопытный случай произошел при переправе отступающих советских войск через р. Березину. Потоки беженцев и солдат создавали напряженную обстановку, а порядок обеспечивал истребительный батальон Березинского района Минской области. К мосту подъехали на машине три человека в форме НКВД, один из которых, назвавшись полковником Лишаем, приказал повернуть поток беженцев и отходящие части в сторону г. Борисова. Так случилось, что командир батальона Г.И. Белявский лично знал Лишая еще по учебе в школе. Белявскому показалось подозрительным, зачем Лишай поворачивал солдат в сторону, где идут бои. Взяв с собой нескольких бойцов, командир поехал к реке. Он еще издали разглядел трех «чекистов», распоряжавшихся на мосту, но ни один из них не был похож на Лишая. Когда всех троих задержали, выяснилось, что это немецкие агенты, несколько дней назад сброшенные с самолета. Они имели поддельные документы сотрудников НКВД, а машину попросту угнали.