Начало войны в Европе усилило опасения прибалтов быть втянутыми в события и побудило ввести в действие законы о нейтралитете. Одновременно эти страны стали рассматривать возможность экономического сближения с СССР, предложив переговоры о расширении товарооборота и возможности транзита грузов через Беломоро-Балтийский канал и северные советские порты, ввиду вероятности превращения Балтийского моря в театр военных действий. 13 сентября в Москву для консультаций по этим вопросам выехал директор эстонского Департамента внешней торговли Мери.
17 сентября 1939 года Красная Армия перешла польско-советскую границу. В тот же день государствам, состоявшим в дипломатических отношениях с Советским Союзом, в том числе и прибалтийским, была вручена нота, в которой подчеркивалось, что «в отношениях с ними СССР будет проводить политику нейтралитета». Разгром и раздел Польши, продвижение советских границ на запад, явно продемонстрировавшие советско-германское взаимопонимание, поколебали уверенность эстонцев в прочности своего положения. Встревоженный Сельтер снова встретился с германским посланником, чтобы поделиться своими сомнениями. «Учитывая непредсказуемость поведения русских, — доносил Фровейн в Берлин, — невозможно предвидеть, не будет ли экспансия этого государства в Европе направлена также против Прибалтийских государств. Возникает важный вопрос, захочет ли и сможет ли Германия в этих условиях оказать им помощь. Затем министр прочитал выдержку из турецкой газеты, в которой приводилось сообщение из Москвы, что будто бы Германия признала необходимость присоединения Прибалтийских государств и их портов к Советской России. Я немедленно заявил, что это сообщение исходит от английских агентов и имеет ярко выраженный провокационный характер».
Между тем в Кремле Сталин и Молотов уже тщательно прорабатывали сценарий «территориально-политического переустройства» Эстонии и Латвии: им планировалось сделать предложения, от которых они просто не смогли бы отказаться. «Железо было горячо», и Вождь «ковал», куда там Гитлеру. Первой на очереди была «маленькая миролюбивая Эстония».
Формальной причиной для оказания на нее политического давления стал инцидент с польской подводной лодкой «Орел».
С началом боевых действий все пять субмарин ВМС Польши вышли на боевое патрулирование в выделенные им сектора Данцигской бухты с задачей воспрепятствовать высадке германских морских десантов в районе Хеля. Подводникам, поставленным собственным командованием в самые неблагоприятные условия, пришлось действовать на ограничивающем возможности маневрирования мелководье при полном господстве сил против-1 йика на море и в воздухе. При этом полученные командирами инструкции запрещали им торпедировать не имеющие вооружения немецкие транспорты без предварительного» уведомления. В итоге, подвергнувшиеся неоднократным / атакам и получившие повреждения, никаких боевых успехов польские лодки не добились, а 14 сентября им было; Приказано по исчерпании ресурсов прорываться в Англию или идти к берегам Швеции.
Ночью 15 сентября в Таллинскую гавань под предлогом неисправности механизмов вошла подводная лодка, «Орел». На самом деле причиной тому послужили признаки тифа, выявленные у командира лодки капитана 3-го ранга X. Клочковского. Однако, согласно Международным правилам, только авария либо бедствие могли служить достаточным основанием для захода боевого корабля одной из воюющих сторон в порт нейтрального государства, позволяя при этом избежать интернирования, Клочковского немедленно поместили в госпиталь. На следующий день, несмотря на протест польской дипломатической миссии, эстонские власти, стремясь к неукоснительному соблюдению своего нейтралитета, объявили, что лодка будет интернирована. На борт поднялись жандармы и военные моряки, приступившие к разоружению судна. Были изъяты замки орудий, артиллерийские снаряды, часть торпедного боезапаса, навигационные приборы, карты и книги; выставлены эстонские часовые. Экипаж с этим решением не смирился и под руководством старшего помощника Яна Грудзинского и минера Анджея Пясецкого разработал план побега. В ночь с 17 на
18 сентября «Орел» вырвался из плена и скрылся в неизвестном направлении, имея на борту шесть торпед, которые эстонцы не успели выгрузить.
Скандал разразился грандиозный. В Таллине началось громкое расследование с поисками виновных. Берлинские газеты писали о замученных и утопленных коварными поляками эстонских часовых. Но больше всех за свое судоходство «перепугался» Советский Союз. Москва обвинила власти Эстонии в попустительстве бегству «Орла», а также объявила, что, по данным достоверных источников, в гаванях Балтийских стран, пользуясь тайной поддержкой правительственных кругов, скрываются не только польские, но и подводные лодки «других известных государств».
19 сентября Молотов заявил эстонскому посланнику Аугусту Рею, что СССР возлагает ответственность за происшествие на Эстонию и Красный Балтийский флот будет искать эту лодку по всему Финскому заливу. Тем самым была установлена морская блокада Эстонской республики, в ходе которой в ее территориальные воды неоднократно вторгались советские эсминцы, увлеченные охотой за подводными лодками и, видимо, с той же целью обстреливавшие побережье. Советская авиация в поисках укрывшихся субмарин совершала обширные полеты над территорией Эстонии. Эстонские военные получили приказ огонь по нарушителям ни в коем случае не открывать, а политики всячески демонстрировали лояльность и выражали удовлетворение действиями ни с кем вроде бы не воюющего Советского Союза «во ограждение безопасности своего судоходства».
«Здесь опасаются, — телеграфировал 21 сентября из Таллина итальянский посланник, — что под предлогом этого факта советские корабли больше не (именно не) покинут эстонские воды и установят строгую блокаду берега, что может стать подготовкой последующей оккупации страны. Демонстрация флота и осуществляемая концентрация пограничных войск служат цели окончательно убедить эстонское правительство в бессмысленности любого противодействия. Эстонский министр иностранных дел сказал мне, что оценивает положение как серьезное, но не думает, что существует опасность советской оккупации».
На этом фоне разворачивались советско-эстонские торговые переговоры. 24 сентября в Москву выехал министр иностранных дел Карл Сельтер, пожелавший лично подписать выгодное торговое соглашение. Поздним вечером того же дня он был принят в Кремле Молотовым. Присутствовали также эстонский посланник Рей и народный комиссар торговли Анастас Микоян.
После недолгой беседы об экономических проблемах Вячеслав Михайлович перешел к главному: политические отношения между Советским Союзом и Эстонией «не только не в порядке, но они — неудовлетворительны». Побег польской подводной лодки из Таллина свидетельствует о том, что эстонское правительство «или не хочет, или не может поддерживать порядок в своей стране и тем самым ставит под угрозу безопасность Советского Союза». Более того, по нашим данным, эстонцы сами отремонтировали подлодку, заправили ее топливом и организовали побег. В результате в море оказалась подлодка, представляющая угрозу для советского флота (?!). Ситуация, при которой выход из Финского залива находится в «руках других государств», нетерпима. Поэтому Молотов потребовал «заключить военный союз или договор о взаимной помощи, который вместе с тем обеспечивал бы Советскому Союзу права иметь на территории Эстонии опорные пункты или базы для флота и авиации».