9 февраля генералу армии Черняховскому было приказано, не давая передышки немцам и своим войскам, не позднее 20–25 февраля завершить разгром 4-й армии генерала Мюллера. Наделе борьба с хейльсбергской группировкой продолжалась 48 суток.
«В результате кровавых, бескомпромиссных и беспрерывных боев, — вспоминает Л. Н. Рабичев, — как наши, так и немецкие подразделения потеряли более половины личного состава, и от крайней, ни с чем не сравнимой, усталости начали терять боеспособность.
Черняховский приказывал наступать, генералы — командующие армиями, корпусами и дивизиями — приказывали, Ставка сходила с ума, все полки, отдельные бригады, батальоны и роты топтались на месте. И вот, дабы заставить измученные боями части двигаться вперед, штаб фронта приблизился к передовой на небывало близкое расстояние, а штабы армий располагались почти рядом со штабами корпусов, а штабы дивизий приблизились вплотную к полкам. Генералы старались поднять батальоны и роты, но ничего из этого не получалось, и вот наступили дни, когда как наших, так и немецких солдат охватила непреодолимая депрессия. Немцы километра натри отошли, а мы остановились».
В состав 3-го Белорусского фронта вошли 5, 28, 31-я, 2-я гвардейская, 50,3,48-я общевойсковые, 5-я гвардейская танковая, 3-я воздушная армии и 2-й гвардейский танковый корпус — всего 60 стрелковых дивизий, 3 танковых корпуса, 4 отдельные танковые бригады.
В первую очередь командующий решил уничтожить вражеские войска, оборонявшие выступ в районе Прейсиш-Эйлау, затем развить наступление на Хейлигенбейль и расчленить хейльсбергскую группировку на части. 5-й гвардейской танковой армии (155 танков и САУ) была поставлена задача во взаимодействии с 48-й наступать вдоль залива Фришес-Хафф на Браунсберг, с целью отрезать противнику пути отхода к побережью и лишить его возможности эвакуироваться на косу Фрише-Нерунг. Прикрытие главной группировки фронта со стороны Бранденбурга предусматривалось силами 5-й армии Крылова. Обеспечение с воздуха возлагалось на 1-ю воздушную армию. Вместе с авиацией Балтийского флота и 3-й воздушной армией она должна была уничтожать окруженные войска противника, срывать подвоз и эвакуацию их морем.
Общее наступление, начавшееся 10 февраля, несмотря на интенсивную огневую поддержку артиллерии, развивалось медленно. 5-я танковая не сдвинулась с места, поскольку в течение двух суток отражала контрудары немецких соединений, пытавшихся прорваться на юго-запад. А когда армия двинулась вперед, то «буквально каждый метр территории приходилось брать с боем»; погибли командир 53-й мотострелковой бригады полковник Д. Н. Долганов, командир 32-й танковой бригады подполковник С. Г. Колесников, был тяжело ранен командир 25-й танковой бригады полковник И. О. Станиславский. Только 17 февраля части 29-го танкового корпуса вышли к реке Пассарге и овладели небольшим плацдармом. Наибольшего успеха добилась 28-я армия генерала Лучинского, в полосу которой был переброшен 1-й танковый корпус со всей оставшейся бронетехникой (38 танков в 89-й бригаде и 18 самоходок в двух самоходно-артиллерийских полках). Армия обходным маневром с севера и юга при содействии правофланговых частей 2-й гвардейской армии овладела крупным опорным пунктом и важным узлом дорог — городом Прейсиш-Эйлау.
В свою очередь, противник перегруппировкой сил и средств уплотнил боевые порядки и создал резервы пехоты, танков и артиллерии. Развитая система долговременных и полевых сооружений позволяла ему, скрытно совершая маневр, закрывать образовавшиеся бреши в обороне. Среднесуточный темп продвижения советских войск не превышал 1,5–2 километра. Преодолев один оборонительный рубеж, они наталкивались на следующий и вынуждены были заново готовить и осуществлять прорыв. Особенно упорное сопротивление враг оказал в районе города Мёльзак, крупного узла дорог на пути к Хейлигенбейлю, где наступала 3-я армия. Трое суток здесь продолжались ожесточенные бои. 17 февраля Мёльзак был взят. В крайне неблагоприятных условиях, исключавших применение авиации, дивизии Горбатова отбивали одну контратаку противника за другой.
На следующий день по дороге на командный пункт 3-й армии осколком снаряда был убит генерал армии И. Д. Черняховский. Премьер-министр Великобритании выразил Сталину личные соболезнования в связи с гибелью «блестящего и талантливого офицера». 21 февраля в командование войсками 3-го Белорусского фронта вступил маршал А. М. Василевский, оставивший ради полководческих лавров пост начальника Генерального штаба. При первой же встрече с новым командующим командарм-3 доложил, что «…упорство противника возрастает, что из-за нелетной погоды сведения наши о нем очень ограничены. Дивизии наши, мягко говоря, неполны: они насчитывают в среднем по 3300 едоков, но не более 300 человек боевого состава. Питание хорошее, продовольствие берем на месте. Но подвоз боеприпасов затруднен из-за удаленности фронтовых складов, а одним трофейным оружием удовлетворить потребности нельзя». Наступление было остановлено, 5-я танковая армия — выведена из боя, танков в ней оставалось 76 штук. За двенадцать дней общее продвижение советских войск составило от 10 до 30 километров. Противник продолжал удерживать прибрежную полосу размером 50 на 15–25 километров.
В то время как 3-й Белорусский фронт сражался с хейльсбергской группировкой, войска 1-го Прибалтийского фронта нового состава (43-я, 39-я, 11-я гвардейская, 3-я воздушная армии, 1-й танковый корпус) вели напряженные бои на Земландском полуострове и подступах к Кёнигсбергу. Генерал Баграмян задумал сначала очистить от противника полуостров, оставив в районе Кёнигсберга необходимое количество войск для прочной блокады. Суть его решения состояла в том, чтобы ударом смежных флангов 43-й и 39-й армий на Фишхаузен выйти к западному побережью полуострова, рассечь группировку противника надвое и уничтожить по частям.
«Лично мне, — соглашается генерал Галицкий, — такое расчленение задач фронта казалось естественным и правильным. Предварительный разгром группы «Земланд» представлялся, бесспорно, более легкой задачей, чем штурм Кёнигсберга. Полная изоляция последнего от центральной части фашистской Германии, несомненно, должна была сказаться на моральном состоянии его гарнизона и облегчить овладение крепостью. Кроме того, последовательное решение задач фронта давало время армиям, предназначенным для штурма Кёнигсберга, тщательно подготовить свои армейские операции. Высвободившиеся после разгрома земландской группировки значительные силы и боевую технику также можно было использовать для усиления этих армий».
Ставка утвердила этот план 17 февраля, начать операцию намечалось 20-го.
Однако сутками раньше немцы сами внезапно нанесли два встречных удара: с запада, из района Фишхаузена, — на Кёнигсберг силами 58-й и 95-й пехотных дивизий и с востока — из города — 5-й танковой, 1-й пехотной и 561-й народно-гренадерской дивизиями. В результате трехдневных боев им удалось оттеснить войска 39-й армии, захватить ключевую позицию Метгетен и пробить вдоль южного берега Земландского полуострова коридор шириной 7–9 километров с шоссе № 131 и действующей железной дорогой. Армия Людникова понесла значительные потери. Такой казус, объясняет Баграмян, случился «из-за явного превосходства врага в пехоте и артиллерии и особенно в танках». Немцы установили другие причины: «В этом районе находились соединения 39-й армии под командованием генерал-лейтенанта Людникова. В трофейных документах, добытых во время наступления, говорилось, что при проверке боеготовности были выявлены грубые нарушения. Дисциплина в войсках слаба, сержантский состав занимается пьянством и мародерством, транспортные средства загружены трофейным тряпьем. Согласно приказу от 10 февраля гражданские должны были немедленно отводиться в тыл за 20 километров от зоны боевых действий. У русского командования были, следовательно, свои проблемы и заботы».