Нелегко приходилось в то время гомельским чекистам, не имевшим достаточного опыта оперативной работы. Гомель, будучи, по сути дела, прифронтовым городом, постоянно подвергался нападениям самых разношерстных врагов советской власти — от белополяков до анархистов. В губернии активно действовали контрреволюционные элементы и иностранные шпионы, по уездам свирепствовали кулацкие банды. Алексеев участвовал, в частности, в раскрытии мятежа на Днепровской военной флотилии, стоявшей тогда в Гомеле. Однако наибольшую опасность в тот период представляла крупная боевая террористическая организация эсера Бориса Савинкова «Союз защиты Родины и свободы», отделения которой действовали на территории западных губерний РСФСР. Центр организации — так называемый «Западный областной комитет» — находился как раз в Гомеле. Оттуда нити савинковского заговора тянулись к Москве, Петрограду, Минску и другим крупным городам.
Всеми операциями комитета Борис Савинков руководил из своей варшавской резиденции.
Савинковцам удалось вовлечь в заговор представителей старой интеллигенции, а также ряд специалистов, занимавших ответственные посты в советских военных учреждениях и воинских частях. В гомельскую группу заговорщиков входили, в частности, руководители губернского и уездного военкоматов, командир учебного батальона, комендант города и некоторые другие военные работники. Из-за границы к ним поступали контрреволюционная литература, оружие и деньги.
Оперативная группа гомельских чекистов во главе с Алексеевым успешно применили метод внедрения в антисоветское подполье своего сотрудника, для которого изготовили документ, свидетельствовавший о принадлежности этого человека к организации. Документ был заверен печатью комитета, изъятой при негласном задержании одного из его руководителей. Чекистам также удалось захватить нескольких савинковских курьеров.
В результате чекистской операции были арестованы ведущие функционеры «Западного областного комитета», профилактировано свыше 300 рядовых его членов. По данным группы Алексеева, регулярными частями Красной Армии был наголову разбит сформированный на территории буржуазной Польши и вторгшийся в пределы РСФСР диверсионный отряд под командованием полковника Павловского, действия которого на советской земле отличались особой жестокостью.
В этот период Владимир Алексеев часто встречался в Гомеле с такими видными чекистами, как Сосновский, Пузицкий, Брауде, которые были направлены из Москвы Дзержинским в помощь губернской ЧК, и учился у них.
Оперативная работа группы Алексеева по ликвидации в Гомеле антисоветского подполья получила высокую оценку Дзержинского. Невольно положительную оценку проведенной операции дал и сам Савинков, который позже, на судебном процессе над ним в Москве в августе 1924 года, заявил, что он возлагал большие надежды на «Западный областной комитет», но ликвидация последнего чекистами «поколебала его веру в возможность свержения советской власти путем заговора».
После разгрома савинковского заговора Владимир Алексеев, которому только исполнился 21 год, был назначен начальником секретно-оперативной части и заместителем председателя губернской ЧК.
В конце 1921 года возникла критическая ситуация в Башкирии, где сложились ненормальные отношения между местной ЧК и национальным башкирским руководством. В Башкирии уже была установлена советская власть, но некоторые местные советские работники, не разобравшись в обстановке, а иногда и отдавая дань пережиткам прошлого, проявляли открытое недоверие к башкирским руководителям. Ответной реакцией стали вспышки буржуазного национализма среди башкир. Обострилась национальная рознь между башкирами и татарами. Тяжело сказались на настроениях людей неурожай и голод. В целях исправления создавшегося положения ЦК РКП (б) принял решение сменить руководство ЧК автономной республики. В.П. Алексеев был назначен заместителем председателя Башкирской ЧК.
Вспоминая о своей работе в Башкирии, Владимир Павлович, в частности, писал:
«Мне довелось активно участвовать в этом большом деле. В конце 1921 года по инициативе ЦК партии с группой работников Гомельской губернской ЧК я был направлен в Башкирию и выполнял там обязанности заместителя председателя ЧК автономной республики. Нас послали туда в связи с тем, что в Башкирии не все шло гладко с созданием местного государственного аппарата, возникали разногласия на почве межнациональных отношений.
По приезде в Уфу мы, изучив обстановку, в корне изменили направление деятельности Башкирской ЧК, пресекли высокомерие, элементы великодержавного шовинизма, имевшие место в коллективе местных чекистов, ввели в аппарат ЧК национальные кадры, установили деловые отношения с ЦИК и Совнаркомом Башкирии.
В короткий срок нам удалось нормализовать ситуацию и создать необходимые условия для становления и развития этой республики».
Владимир Алексеев оставил в Башкирии о себе хорошую память. При отъезде из Уфы ему вручили благодарственный адрес республики.
Так В.П. Алексеев впервые столкнулся с проблемами Востока, с которыми в дальнейшем был связан на протяжении всей своей разведывательной деятельности. В 1923 году Владимира Павловича перевели в Москву, в Восточный отдел ОГПУ. Два года он работал там в должности уполномоченного под непосредственным руководством замечательного советского чекиста Якова Христофоровича Петерса. В этот период ему не раз приходилось видеть на работе, совещаниях и на отдыхе Дзержинского и его ближайших соратников.
Следует отметить, что Восточный отдел был специально создан в рамках ВЧК—ОГПУ в связи с особенностями чекистских задач, вытекавших из требований и установок партии по национальному вопросу. Позднее Я.Х. Петере был направлен в Среднюю Азию с тем, чтобы на месте принимать меры по устранению различного рода осложнений, возникавших там на почве национальных отношений.
В 1923 году В.П. Алексеев поступил на Восточный факультет Военной академии Красной Армии, где в течение двух лет изучал японский язык без отрыва от основной работы в Восточном отделе. Выпускной экзамен по языку у Владимира Алексеева принимал выдающийся деятель международного коммунистического движения, основатель компартии Японии Сэн Катаяма.
В ноябре 1924 года на уполномоченного Восточного отдела ОГПУ Алексеева была составлена служебная характеристика, в которой, в частности, отмечалось:
«.. .Подбирать работников и руководить ими может. Инициативен. Энергичен и дисциплинирован. Обладает большой работоспособностью. Признавать свои ошибки не любит, хотя делает из них правильные выводы. Умеет настроить работников на выполнение задач. При проведении чекистских операций проявляет большую выдержку.
Учится на Восточном факультете академии, готовит себя для работы по Японии. Безусловно в дальнейшем может быть использован на более ответственной работе».
По мере подавления контрреволюционных выступлений внутри страны центр антисоветской деятельности к середине 1920-х годов начал постепенно перемещаться за границу, что потребовало от органов ОГПУ значительного усиления разведывательной работы за рубежом. В числе первых чекистов, переведенных из контрразведки на разведывательную работу, оказался и Алексеев. По окончании академии в 192S году он был зачислен в аппарат Иностранного отдела ОГПУ.