Но постепенно горизонт перед ним проясняется, и обвинения с него сняли. 30 августа 1878 г. Скобелев назначен генерал-адъютантом к императору России, что говорит о возвращении к нему доверия.
После войны Михаил Дмитриевич занялся подготовкой и обучением вверенных ему войск в суворовском духе. 4 февраля 1879 г. утвержден в должности командира корпуса, в котором выполнял различные поручения в России и за границей и сильно сближается со славянофилами.
В январе 1880 г. Скобелев назначается командующим военной экспедиции против текинцев. Скобелев составил план, который утвержден и должен быть признан образцовым. Его цель – нанести решительный удар по туркменам-текинцам, населявшим Ахалтекинский оазис. Со своей стороны, узнав о походе, текинцы решили переселиться в крепость Денгиль-Тепе (Геок-Тепе) и ограничиться отчаянной защитой только этого пункта.
В крепости Денгиль-Тепе было 45 000 человек, из них защитников 20 000–25 000; они имели 5000 ружей, множество пистолетов, 1 орудие и 2 зембурека. Текинцы производили вылазки, преимущественно ночью, и наносили немалый урон, захватив даже однажды знамя и 2 орудия.
Скобелев сам сделал вылазку, прошел весь путь, проверил все колодцы, дороги и после этого вернулся назад к своим войскам. Затем начался штурм.
Штурм крепости был произведен 12 января 1881 г. В 11 часов 20 минут дня произведен взрыв мины. Восточная стена упала и образовала доступный обвал. Пыль еще не улеглась, когда колонна Куропаткина поднялась в атаку. Подполковнику Гайдарову удалось овладеть западной стеной. Войска теснили неприятеля, который, однако, оказывал отчаянное сопротивление. После долгого боя текинцы бросились в бегство через северные проходы, за исключением части, которая осталась в крепости и, сражаясь, погибла. Скобелев преследовал отступающего врага на протяжении 15 верст. Русские потери за всю осаду со штурмом составили 1104 человека, во время штурма было потеряно 398 человек (в том числе 34 офицера). Внутри крепости были взяты: до 5 тысяч женщин и детей, 500 персиян рабов и добыча, оцененная в 6 млн рублей.
Вскоре после взятия Геок-Тепе были высланы Скобелевым отряды под начальством полковника Куропаткина; один из них занял Асхабад, а другой прошел более чем на 100 верст на север, обезоруживая население, возвращая его в оазисы и распространяя воззвание с целью скорейшего умиротворения края. И вскоре в Закаспийских владениях Российской империи установилось мирное положение.
Ахалтекинская экспедиция 1880–1881 гг. представляет собой первоклассный образец военного искусства. Центр тяжести операции находился в сфере военно-административных вопросов. Скобелев показал, на что способны русские войска. В итоге в 1885 г. в состав Российской империи добровольно вошли Мервский и Пендинский оазисы Туркмении с городом Мервом и крепостью Кушка. 14 января Скобелев произведен в генералы от инфантерии, а 19 января награжден орденом Св. Георгия II степени, 27 апреля выехал из Красноводска в Минск. Там он продолжил заниматься подготовкой войск.
Временами Скобелев ездил в свои имения, главным образом в село Спасское Рязанской губернии. К крестьянам он относился хорошо. В это время здоровье Скобелева ухудшилось. Во время ахалтекинской экспедиции его постиг страшный удар: его мать, Ольгу Николаевну Скобелеву, убил человек, которого он хорошо знал по Балканской войне. Затем последовал другой удар: погиб император Александр II в результате террористического акта. Скобелев не был счастлив в личной жизни. Он был женат на княжне Марии Николаевне Гагариной. Супруги вскоре разошлись, а затем и развелись.
Получив месячный отпуск 22 июня (4 июля) 1882 г., М. Д. Скобелев выехал из Минска, где стоял штаб 4-го корпуса, в Москву. Его сопровождали несколько штабных офицеров и командир одного из полков барон Розен. По обыкновению Михаил Дмитриевич остановился в гостинице «Дюссо», намереваясь 25 июня (7 июля) выехать в Спасское, чтобы пробыть там «до больших маневров». По приезде в Москву Скобелев встретился с князем Д. Д. Оболенским, по словам которого, генерал был не в духе, не отвечал на вопросы, а если и отвечал, то как-то отрывисто. По всему видно, что он чем-то встревожен. 24 июня Скобелев пришел к И. С. Аксакову, принес связку каких-то документов и попросил сохранить их, сказав: «Боюсь, что у меня их украдут. С некоторых пор я стал подозрительным».
На другой день состоялся обед, устроенный бароном Розеном в честь получения очередной награды. После обеда вечером М. Д. Скобелев отправился в гостиницу «Англия», которая находилась на углу Столешникова переулка и Петровки. Здесь жили девицы легкого поведения, в том числе и Шарлотта Альтенроз (по другим сведениям, ее звали Элеонора, Ванда, Роза). Эта кокотка неизвестной национальности, приехавшая вроде бы из Австро-Венгрии и говорившая по-немецки, занимала в нижнем этаже роскошный номер и была известна всей кутящей Москве.
Поздно ночью Шарлотта прибежала к дворнику и сказала, что у нее в номере скоропостижно умер офицер. В покойном сразу опознали Скобелева. Прибывшая полиция ликвидировала панику среди жильцов, переправив тело Скобелева в гостиницу «Дюссо», в которой он остановился.
Вокруг трагедии в московской гостинице, как снежный ком, нарастал клубок легенд и слухов. Высказывались самые различные, даже взаимоисключающие предположения, но все они были едины в одном: смерть М. Д. Скобелева связана с таинственными обстоятельствами. Передавая широко муссируемый в России слух о самоубийстве, одна из европейских газет писала, что «генерал совершил этот акт отчаяния, чтобы избежать угрожавшего ему бесчестия вследствие разоблачений, удостоверяющих его в деятельности нигилистов».
Большинство же склонялось к версии, что «Скобелев был убит», что Белый генерал пал жертвой германской ненависти. Присутствие при его смерти «немки» придавало этим слухам, казалось, бо́льшую достоверность. «Замечательно, – отмечал современник, – что и в интеллигентных кругах держалось такое же мнение. Здесь оно выражалось даже более определенно: назывались лица, которые могли участвовать в этом преступлении, направленном будто бы Бисмарком… Этим же сообщением Бисмарку приписывалась пропажа плана войны с немцами, разработанного Скобелевым и выкраденного тотчас после смерти М. Д. Скобелева из его имения».
Эту версию поддерживали и некоторые представители официальных кругов. Один из вдохновителей реакции князь Н. Мещерский в 1887 г. писал Победоносцеву: «Со дня на день Германия могла наброситься на Францию, раздавить ее. Но вдруг, благодаря смелому шагу Скобелева, сказалась впервые общность интересов Франции и России, неожиданно для всех и к ужасу Бисмарка. Ни Россия, ни Франция не были уже изолированы. Скобелев пал жертвою своих убеждений, и русские люди в этом не сомневаются. Пали еще многие, но дело было сделано».
До революции на территории Российской империи было установлено не менее шести памятников генералу М. Д. Скобелеву, но ни один из них не сохранился до нашего времени.
В 2005 г. рассматривалось предложение о сооружении памятника генералу Скобелеву в 2009 г. на площади Финляндского вокзала в Санкт-Петербурге, в 2014 г. памятник Скобелеву установили в Москве и собираются поставить второй. Оставим в стороне разговор о художественных достоинствах конного памятника и о портретном сходстве с М. Скобелевым, заметим только, что по символике сабля, вознесенная над головой, означает победу или призыв к ней, а опущенная сабля – нечто иное…